Совершив переход Финским заливом, "Олег" 27 апреля 1906 г. пришел в Кронштадт и сразу начал выгружать боезапас. Сдав снаряды и мины, крейсер с помощью буксиров прошел Морским каналом на Большую Неву, к пристани Нового Адмиралтейства. Отслужив панихиду по убитым в бою у острова Цусима, начали сдавать в порт имущество по всем частям. 30 мая спустили гюйс, флаг и вымпел, окончив кампанию. С корабля сняли орудия и отправили их на Обуховский завод для ремонта. Начались демонтаж рангоута, разборка машин и систем.
Командир "Олега" еще в Маниле разработал "ведомость необходимых изменений и переделок" крейсера, чтобы повысить его боевую ценность. Перечень предложений включал более 50 пунктов, составленных на основе опыта войны. Предлагалось снять с корабля всю мелкую артиллерию, оставив только крупную в башнях и казематах, убрать мостики, прожекторы опустить на палубу надстроек и коечные сетки. Управление осуществлять только из боевой рубки. Все плавсредства заменить на металлические. Установить между палубами постоянные трубы для загрузки угля. Пробить дверь из машинного отделения в кормовое котельное, улучшить осушительную систему, усилить вентиляцию и т.п.
Были среди предложений и оригинальные, например, "заменить стационарные дымовые трубы на конструкцию из асбестового полотна на проволочном каркасе". Из других рекомендаций, высказанных офицерами крейсера, можно упомянуть о предложении установить на главной палубе две 152-мм и четыре 120-мм башни. Но капитан 1 ранга Добротворский заметил по поводу последнего проекта, что лучше забронировать ватерлинию, чем артиллерию. Предлагалось установить броневой пояс толщиной 2", по высоте от жилой палубы до места примыкания скоса броневой палубы к борту. Однако эти инициативы не встретили понимания у руководства морского ведомства. Как всегда, не нашлось средств.
Июнь 1907 г. застал крейсер на Неве в вооруженном резерве с сокращенным экипажем под командованием старшего офицера капитана 2 ранга Игнатьева 1-го. Каждый день на корабле трудилось полторы сотни мастеровых от разных заводов. Ремонтные работы шли довольно быстро - руководство Морского министерства спешило ввести крейсер в строй. В октябре опробовали машины, провели испытание наливом воды междудонного пространства. В конце ноября ударили морозы, Нева стала, но вокруг корабля вырубили майну и каждый день ее чистили.
17 декабря 1907 г. приказом по морскому ведомству № 276 крейсер "Олег" был перечислен из 2-го флотского Королевы эллинов экипажа в Гвардейский экипаж вместо крейсера 1 ранга "Диана". Событие это произошло тихо, без особых торжеств. Старая команда сдала казенные койки и чемоданы и убыла, ее место заняли нижние чины в алых погонах с крейсера "Диана". Новым командиром корабля стал капитан 1 ранга Гире 1-й, старшим офицером - флигель-адъютант капитан-лейтенант Фабрицкий.
После Нового года велись работы по покраске внутренних помещений и монтажу систем. В помощь команде из экипажа направляли каждый день полторы сотни нижних чинов. В апреле 1908 г. были доставлены из гребного порта плавсредства, установлена новая фок-мачта.
В конце мая начали монтаж орудийных станков и щитов орудий, отремонтированных на заводе. По приказу командира порта крейсер вступил в кампанию. Командир Гвардейского экипажа контр-адмирал граф Толстой посетил корабль и "опросил претензии". В судовое расписание был введен новый пункт распорядка - обязательный осмотр пищевых баков.
Продолжавшийся почти два года ремонт несколько изменил внешний вид корабля. Из предложений Л.Ф.Добротворского были воплощены в жизнь лишь те, что не требовали больших затрат. Так, были ликвидированы верхние мостики, стоявшие на них прожектора перенесены на палубу надстроек, а средние вообще сняты вместе с площадкой. Сократилось до восьми число 75-мм орудий, снято сетевое заграждение, концевые дальномеры защитили круглыми рубками - прообразом КДП. Для производства салютов было оставлено несколько мелких орудий. Чтобы облегчить носовую часть, установили облегченную короткую мачту, наблюдательную бочку перенесли на грот-мачту. Переделали крышу боевой рубки, ликвидировав ее свес, стоивший жизни многим морякам во время Цусимы, а прорези уменьшили до необходимого минимума. В целом изменения не слишком отразились на боевых качествах крейсера.
В связи с переводом "Олега" в Гвардейский экипаж капитан 1 ранга Добротворский остался не у дел, и в середине 1908 г. был уволен в отставку, которую "подсластили" контр-адмиральским чином, мундиром и пенсией. Отставной контр-адмирал продолжал пописывать в периодические издания, отбиваясь от противников, обвинявших офицеров отряда в том, что они бежали с поля боя в Манилу. Встречались в его записках и различные предложения по переустройству флота, в частности он предлагал не строить бесполезные, с его точки зрения, линкоры, а развивать подводный флот.
Осознав, что одной из причин поражения в Русско-японской войне стала слабая подготовка офицеров, младших специалистов, которых готовили на старых кораблях, руководство флота решило основательно перестроить их обучение. Для этого был сформирован Практический отряд, в который включили новые корабли: линкоры "Слава", "Цесаревич", крейсера "Богатырь", "Диана", "Олег" и другие. По новой классификации русского флота броненосцы и крейсера 1 ранга стали именоваться линкорами и просто крейсерами. Летом они плавали в Балтийском море, зимой же уходили в теплое Средиземное. По возвращении на Балтику корабельные гардемарины сдавали экзамены комиссии морских офицеров. На все корабли Практического отряда назначались помощники старшего офицера, они заведовали обучаемыми. На "Олег" был определен капитан-лейтенант А.С.Полушкин, бывший штурман "Изумруда". Среди корабельных гардемаринов, размещенных на "Олеге", были и юнкера флота, которых отбирали среди лиц, окончивших средние учебные заведения. Проходил на крейсере практику и мичман болгарского флота Кирилл Минков.
После докования в Кронштадте "Олег" 5 июля 1908 г. выходил в Финский залив для определения девиации компасов, а через несколько дней вместе с "Цесаревичем", "Славой" и "Богатырем" направился в Ревель, где ожидался смотр в честь французского президента. Туда же на яхте "Штандарт" прибыла царская семья со свитой. Император дважды посетил "Олег"; 14 июля он обошел строй команды с наследником Алексеем на руках. После этих торжеств Практический отряд отправился в Биорке - полигон Балтийского флота, где прошли стрельбы минами, а затем - из 6-дюймовых орудий. На берегу корабельные гардемарины осваивали стрельбу из ручного оружия, а также изучали подрывные работы.
Окончив курс плаваний в заливе, отряд был готов следовать в заграничное плавание. 25 сентября Николай II проводил корабли в Биорке, выступив перед командами с напутственной речью. "Олег" отделился от отряда и зашел в Кронштадт для пополнения запаса воды (65 т). Заход оказался роковым. Следуя самостоятельно в Либаву, крейсер в условиях плохой погоды потерял место. Попытка определиться по глубинам не удалась, и 27 сентября в 8.30 на ходу 13 узлов крейсер сел на мель. Дали полный назад и пробили водяную тревогу, но "Олег" не сдвинулся с места. Произведенный обмер вокруг был неутешительным: в носу глубина составила всего 15 футов - и это при осадке корабля в 22,5 фута! К тому времени удалось определить место. Оказалось, что крейсер сел на мель у Павловской гавани, приняв огонь лесопилки за маяк Стейнорт. Для облегчения носа перегрузили часть снарядов в корму, вытравили правый якорный канат до жвако-галса, завезли стоп-анкер с кормы на 10-дюймовом перлине. Выбрали перлинь кормовым электрошпилем и дали полный назад. Но все это не принесло результата. Убедившись в невозможности сняться с мели самостоятельно, дали знать в Либаву.
Утром к месту аварии вышел "Богатырь" с начальником гардемаринского отряда. Начали собираться спасательные суда. С "Олега" для уменьшения осадки выбросили за борт часть угля. С кормы завели буксиры ледоколы № 1 и № 2, пароходы "Нептун", "Владимир" и "Либава". Крейсер дал средний ход назад своими машинами и плавно сошел с мели, но только для того, чтобы сесть на камни всем корпусом. Поднявшееся волнение стало бить крейсер о грунт. Начальник отряда, убедившись в том, что "Олег" будет снят с мели не скоро и ему потребуется длительный ремонт, приказал корабельным гардемаринам перейти с вещами на ледокол № 1 и отправил их в Либаву. Завели буксиры с носа, но, несмотря на отданный якорь и буксировку, волны продолжали гнать крейсер на берег, и 30 октября "Олег" снесло на 17-футовые глубины. Камни пропороли обшивку с правого борта, вода проникла в два котельных отделения и другие отсеки. Водолазный офицер лейтенант Яковлев осмотрел подводную часть и доложил, что корабль сидел всем корпусом, винты вырыли котлованы, лопасти правого оказались обломанными на четверть.
Изготовив из дерева, предназначенного для артиллерийских щитов, желоба, начали по ним разгружать снаряды и патроны на баржу. Одновременно отправили на по дошедший транспорт "Анадырь" вещи экипажа и часть провизии. С моря прибыл ледокол "Ермак". В качестве "дополнительной помощи" посыльное судно "Воевода" доставило следственную комиссию во главе с капитаном 1 ранга Шмидтом по делу о посадке крейсера "Олег" на мель.
Трудность положения заключалась в том, что корабль снесло бортом, и малые глубины находились перед носом. Был разработан новый план. В носовые клюзы завели три перлиня и передали их на "Владимир", "Могучий" и "Ермак", они должны были тянуть "Олег" под разными углами, чтобы развернуть его в правую сторону. Первая попытка была предпринята 2 октября, при этом крейсер подрабатывал левой машиной на малом ходу. "Олег" накренился на 6°, но с места не сдвинулся.
На следующий день прибыл пароход спасательного общества "Метеор". Ледокол № 1 доставил адмиралов Литвинова и Григоровича, последний на тот момент уже сдал должность командира Порта императора Александра III. Часть судов поставили у борта "Олега" для размыва грунта (мелкий песок). К середине дня удалось сдвинуть корабль с места и развернуть вправо на 10°, при этом лопнул 9-дюймовый стальной перлинь, поданный на "Ермак" из правого клюза.
В субботу продолжили разгрузку и завели новые перлини на "Ермак" и "Владимир". К тому моменту вокруг "Олега" собралось больше десятка судов различных ведомств. Наконец, вечером 4 октября с помощью буксиров и собственных машин крейсер сошел на глубокую воду и после осмотра подводной части водолазами, под проводкой буксиров "Владимир", "Метеор" и "Форварде" своим ходом направился в Либаву, до которой было всего 20 миль. В тот же день всему флоту и морскому ведомству был объявлен трехмесячный траур - скончался последний в истории российского флота генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович.
6 октября крейсер "Олег" ввели в док, и после откачки воды комиссия приступила к осмотру подводной части. Подсчитали первые потери. Пришло в негодность командной и офицерской провизии на сумму 2223 руб. 39 коп. Выброшено за борт 3720 пудов кардифа. Порвано стальных и растительных перлиней на 3291 руб. 20 коп.
Начиная с 10-го шп. обшивка корпуса оказалась вогнута, многие заклепки вылетели, швы разошлись, килевая коробка помята. На четвертом поясе между № 60 - 67-м шп. была обнаружена пробоина с деформацией шпангоутных угольников и флоров. Кроме того, в обшивке обоих бортов имелось множество вмятин. В носовом котельном отделении помяты фундаменты котлов, последние приподняты на 3 - 5 дюймов. Во многих местах произошло выпучивание второго дна. Повреждены оба винта, при этом у правого оторваны части лопастей. Пришли в негодность обшивка и пол в рефрижераторном отделении и носовых патронных погребах.
Предлагалось снять погнутые элементы конструкции, произвести правку после нагрева в печах, негодные детали заменить; двойное дно выправить и подкрепить дополнительными планками; котлы подтянуть до места, трубопроводы второго дна отремонтировать; заказать три лопасти для правого винта. Для ускорения ремонта прибыл полковник ККИ Моисеев с 400 рабочими Балтийского завода, привлекались и местные ремонтные организации.
Случаи посадки судов Российского флота на мель происходили достаточно регулярно. Однако ни до того, ни после не было такой резкой реакции общественности, как в случае с "Олегом". В печати появилось большое количество статей с описанием происшествия и всех сопутствующих обстоятельств, в том числе и комментарии по поводу назначения капитана 1 ранга Гирса на должность командира корабля, который хотя и был забаллотирован своими товарищами, однако, вопреки их мнению, утвержден начальством командиром крейсера для плавания с гардемаринами. Газетчики злословили, что будущих офицеров начали обучать, как сажать суда на мель. В других публикациях говорилось, будто корабельные гардемарины, самостоятельно производившие прокладку курса, указывали офицерам "Олега" на неправильный курс, но последние не обратили на это внимание. Кроме всего прочего, пресса очень заинтересовалась обстоятельствами заключения контракта с Ревельским спасательным обществом, которому было обещано 250 000 руб., притом, что общество участвовало в деле всего один день и распоряжалось казенными средствами. Контр-адмиралу Григоровичу, заключившему этот договор, даже предлагалось уйти в отставку.
В такой обстановке начался суд в Либаве. Дело было возбуждено против командира "Олега" капитана 1 ранга Гирса, старшего штурманского офицера лейтенанта Ренненкампфа и вахтенного начальника лейтенанта Вырубова. Председательствовал на суде генерал-лейтенант Александров. 5 ноября 1908 г. был вынесен вердикт: Гирса приговорили к отрешению от должности командира корабля, штурмана - к аресту в каюте с приставлением часового (по терминологии гардемаринов - "арест с пикадором"), вахтенного начальника оправдали.
Интенсивные работы по ремонту подводной части крейсера продолжались до 3 декабря. На следующий день "Олег" вышел из дока и стал под погрузку угля. На борт поднялся новый командир корабля капитан 1 ранга К.А.Плансон. Гире убыл в распоряжение экипажа, одновременно старший штурман Ренненкампф был переведен на миноносец "Послушный", а его место на крейсере занял старший лейтенант Б.Вилькицкий.
Со стоянкой в Либаве связано и одно курьезное обстоятельство. Ревизор обнаружил нехватку белого вина (32 ведра 79 чарок, что-то около 400 литров) на сумму 278 руб. 32 коп. На либавском казенном винном складе была проведена сверка с законной (эталонной) мерой крейсерских чарок 1/100, 1/150 и 1/300 ведра, при этом оказалось, что мера судовых чарок была больше.
Уже 5 декабря "Олег" поднял георгиевский вымпел и начал кампанию. Приняв уголь до полного запаса, он 21 декабря снялся с якоря и взял курс на Средиземное море.
В Гибралтаре "Олег" присоединился к гардемаринскому отряду и был отправлен в отдельное плавание для проведения учений. В конце февраля 1909 г. отряд, оставив за кормой 10 896 миль, вернулся в Либаву. Там корабельные гардемарины и ученики унтер-офицеров в конце марта сдавали экзамены.
Ввиду осложнения отношений между Грецией и Турцией крейсер "Олег" вновь был направлен на Средиземное море. 9 мая он прибыл в порт Пирей. В дальнейшем экипаж крейсера участвовал в различных мероприятиях, высаживал десант на о.Крит, а в ноябре, во время беспорядков в Греции, играл роль стационера в Пирее.
Выполнив дипломатическую миссию, "Олег" был включен в состав Отдельного отряда судов, назначенных для плавания с корабельными гардемаринами. С отрядом он встретился в Тулоне, а в Либаву вернулся только 30 марта 1910 г., проплавав в Средиземном море почти год.
Проведя лето в плаваниях по Балтике со 2-й гардемаринской ротой Морского корпуса, "Олег" в августе закончил кампанию и был поставлен в ремонт. При осмотре корабля в кронштадтском доке выяснилось, что оси гребных валов из-за износа бакоутовых подшипников просели, а на концевых валах необходимо было заменить обмазку Вилениуса. Валы пришлось демонтировать и отправить на Франко-Русский завод на баржах. После установки их на место "Олег" под проводкой ледокола "Ермак" прошел Морским каналом и встал к стенке завода. К началу 1911 г. на крейсере отремонтировали котлы с заменой трубок, по опыту эксплуатации восстановили верхний мостик над боевой рубкой, а для придания ему одинакового силуэта с "Богатырем" вернули на место хранившуюся в порту старую фок-мачту, на которую перенесли наблюдательную бочку.
В феврале 1911 г. "Олег" в составе бригады крейсеров первого резерва ("Россия", "Богатырь", "Олег", "Аврора" и "Диана") находился в совместном плавании в Балтийском море. Осенью вступил в вооруженный резерв и вновь встал к заводской стенке для завершения ремонта. В ноябре он ушел в Либаву для испытаний. Но проектной скорости ему достичь так и не удалось. Ранней весной 1912 г. на борт крейсера, стоявшего во льдах в Либаве, поднялся новый командир - капитан 1 ранга великий князь Кирилл Владимирович Романов, третий по старшинству наследник российского престола. Раньше он уже служил на "Олеге": в 1909 г. князь после четырехлетней опалы (в которую он попал за романтическую женитьбу против желания царской семьи) был возвращен на службу и назначен старшим офицером крейсера. Летом 1912 г. "Олег" посетил Стокгольм во время Олимпийских игр. Великий князь Кирилл, именно так он подписывал документы, являлся официальным представителем Российской империи на играх. Однако великий князь командовал кораблем недолго и вскоре перешел на береговую службу.
"Олег" за предвоенные годы совершил несколько походов с корабельными гардемаринами, юнкерами флота и учениками унтер-офицеров по Балтике и Средиземному морю. Заходил в Салоники для защиты соотечественников, находился в составе международной эскадры. Из последнего заграничного похода "Олег" вернулся в середине апреля 1914 г., став на якорь на Малом Кронштадтском рейде.
