Junkers 88R
Эта модификация была создана в ответ на необходимость иметь более современный тяжелый истребитель.
Junkers 88R-1
Самолет Ju 88R-1 представлял собой дальнейшее развитие самолета Ju 88C-6. Вместо двигателей Jumo 211 на самолет Ju 88R-1 установили двигатели BMW 801 MA мощностью 1176 кВт/1600 л.с. другой отличительной чертой этого самолета были широкие створки, закрывающие убранные шасси. У самолетов поздних выпусков была усилена система охлаждения, поскольку опыт эксплуатации выявил перегрев двигателей.
Схема вооружения самолетов Ju 88R-1 была похожа на ту. что применяли на Ju 88C-6. Вместо пулеметов МG 81 устанавливали крупнокалиберные МG 131. Некоторые машины оснащались Schrage Musik. На самолетах использовали радары FuG 202 Lichtenstein BC 1 и FuG 212 Lichtenstein C-1.
Junkers 88R-2
Самолеты этого типа сменили на конвейере предыдущую модель. Отличительной чертой самолетов Ju 88R-2 были двигатели BMW 801D мощностью 1250 кВт/1700 л.с. система охлаждения этих двигателей была переделана. Кабина была защищена дополнительной броней. Самолеты оснащались радарами FuG 202 Lichtenstein BC и FuG 212 Lichtenstein C-22. Дополнительно устанавливали устройство IFF типа FuG 25 и радиостанцию FuG 16 ZY. На выхлопные трубы самолетов устанавливали пламегасители.
Из-за нехватки двигателей BMW 801 (которые также ставили и на истребители Фокке-Вульф Fw 190A) выпуск самолетов Ju 88R-2 прекратили в начале 1944 года.
