Junkers 88S
В середине 1942 года воздушный комиссариат приказал доработать серийный самолет Ju 88А-4. При этом основные элементы планера должны были быть сохранены. Построенный прототип Ju 88SV-I (Ju88V93) сохранил неизмененными фюзеляж и оперение бомбардировщика Ju 88А-4. Вместо двигателей Jumo 211 на самолет поставили BMW 80ID. Вместо винтов VS-1I использовали трехлопастные VDM. Дополнительной модификацией было использование брони, защищающей кабину пилота, как это практиковалось на самолетах Ju 88C и Ju 88G. С самолетов сняли воздушные тормоза, автомат вывода из пикирования и бомбодержатели ETC. Самолет брал бомбы только на внутреннюю подвеску. Оборонительное вооружение состояло из пулемета МG 811. установленного в лобовом окне (этот пулемет обслуживал штурман). МG 131 в задней установке и МG 81Z в подфюзеляжной гондоле.
В Ju 88S были переделаны 146 бомбардировщиков Ju 88A-4 на заводе фирмы Хеншель (Берлин-Шёнефельд) и еще 30 Ju 88A-4 переделали в мастерских Люфтганзы (DHL, Берлин-Штаакен).
Junkers 88S-1
Ju 88S-1 был очередной модификацией самолета. Из конструкции убрали Подфюзеляжную гондолу, оборонительное вооружение сократили до одного МG 131 в задней установке. Также уменьшили бронезащиту кабины пилота. На самолетах этой модификации вновь вернулись к внешней подвеске бомб - под крыльями установили бомбодержатели ETC 1000. В заднем бомбоотсеке можно было устанавливать дополнительный бензобак. Двигатели BMW 801D заменили на BMW 801G-2, оснащенные устройством форсирования GM 1, которое впрыскивало в топливную систему двигателя окись азота (N2O). Ее впрыскивание позволяло поддерживать мощность двигателей на больших высотах. Баллоны с N2O помещали в заднем бомбоотсеке. Использование GM I позволило 'увеличить скорость самолета на 45 км/ч, а потолок на 1400 метров. На самолеты устанавливали радары FuG 217 Neptun R-1, которые сообщали о том, что самолет попал в сферу действия локатора самолета противника. Радиооборудование дополняло устройство опознания "свой-чужой" FuG 25, радиоальтиметр FuG 101 и УКВ-радиостанция FuG 16ZY.
Junkers 88S-2
Весной 1944 года выпустили небольшую серию самолетов Ju 88S-2. Как и самолет Ju 88A-15. новый бомбардировщик был оборудован расширенным бомбоотсеком, позволяющим принимать до 3000 кг бомб. Бомбодержатели ETC 1000, форсирующее устройство GM 1 и дополнительные топливные баки были сняты. На самолетах использовали двигатели BMW 801TJ с турбо-наддувом. Оборонительное вооружение усилили двумя пулеметами МG 811 . неподвижно укрепленными в хвостовой части бомбоотсека.
Junkers 88 S-3
Это был последний вариант бомбардировщика, таки самолетов было построено совсем немного. Двигатели БМВ заменили на Jumo 213. Винты VS 111. Форсирующее устройство GM 1 и турбонаддув позволяли развивать мощность 1691 кВт/2300 л.с. и достичь максимальную скорость 621 км/ч.