Захваченный китайцами Ki-27 вероятно имел верхние поверхности темно-зеленого цвета и нижние - светло-серые (или был оставлен японский светлый серо-зеленый цвет). Обтекатели колес были также темно-зеленого цвета. Опознавательные знаки Гоминьдана - белая двенадцатиконечная звезда на фоне темно-синего диска - были нанесены на верхние и нижние поверхности крыла. На половине высоты киля белым цветом был нанесен позывной "Р-5015".
Ki-27, захваченный Советами в боях за Халхин-Гол, сохранил первоначальную японскую заводскую окраску на протяжении испытаний. Лишь японские опознавательные знаки заменили красными звездами (на крыльях и фюзеляже).
Ki-79, которые после войны использовались китайскими коммунистами, обычно сохраняли японскую схему окраски - либо они целиком были окрашены в желтый цвет, либо верхние поверхности и борт были темно-зелеными, а низ - желтым, или темно-зеленый верх, а низ светлый серо-зеленый или неокрашенный металл. В дальнейшем камуфляжная окраска вероятно полностью удалялась. Ki-79 ВВС Гоминьдана поначалу несли практически все ранние варианты опознавательных знаков. Они представляли собой красную пятиконечную звезду (размер и форма могли варьироваться в широких пределах) с китайским иероглифом в центре. Звезда наносилась на верхнюю и нижнюю поверхности крыла и на обе стороны хвостовой части фюзеляжа. Иногда на руль направления дополнительно наносились чередующиеся красные и белые полосы (четыре красных и три белых). В 1949 году были введены новые опознавательные знаки, которые остаются неизменными по сей день.
Все Ki-27 ВВС Маньчжоу-го были целиком окрашены в светлый серо-зеленый цвет. На некоторых экземплярах по обе стороны хвостовой части фюзеляжа были надписи иероглифами канджи черного цвета, содержащие патриотические лозунги, к примеру, "Защитник Родины... " и номер. Знаки национальной принадлежности - круглые кокарды, нижняя половина которых была желтого цвета, а верхняя состояла из горизонтальных полос красного, голубого, белого и черного (коричневого?) цветов -наносилась только на верхнюю и нижнюю поверхности крыла.
По окраске верхних поверхностей и бортов схемы камуфляжа тайских Ki-27 можно разбить на две группы: или однотонный темно-зеленый, или пятнистый темно-серого, темно-зеленого, светло-зеленого и коричневого цветов в различных сочетаниях. На нижних поверхностях обычно оставалась японская заводская окраска светлого серо-зеленого цвета. Хвостовую часть фюзеляжа охватывала узкая белая полоса, скопированная с японской "боевой полосы". На некоторых экземплярах на борта фюзеляжа наносили тактические номера черного цвета. После войны с большинства самолетов тайских ВВС (включая все уцелевшие Ki-27) удалили камуфляж. До сентября 1945 года использовались боевые опознавательные знаки в виде красного прямоугольника с белым силуэтом бегущего слона; они наносились с обеих сторон крыла и на вертикальном оперении (частично на киле, частично на руле). Существуют фотографии одного тайского Ki-27, на которых видно, что руль направления несет чередующиеся полосы цветов национального флага (красный-белый-синий-белый-красный). Это очень редкая комбинация двух типов обозначений, потому что когда использовался прямоугольник со слоном, полосы обычно не наносились. Возможно на снимке представлен один из последних Ki-27, сфотографированный во второй половине 1945 года, когда стали восстанавливать довоенные обозначения, включая полосы на руле.
Индонезийские Ki-79 видимо имели две схемы окраски: полностью светлый серо-зеленый (нижние поверхности могли быть неокрашенными) или темно-зеленый верх и борта и светло-серый низ. Однако, более вероятно, что эти машины, до того как они были перекрашены, просто несли одну из стандартных японских схем окраски - либо целиком желтые, либо темно-зеленый верх и желтый, серо-зеленый или неокрашенный низ. О том, что самолеты не перекрашивались, по крайней мере, в начальный период эксплуатации, можно судить по первоначально использовавшимся индонезийским опознавательным знакам. Это были красно-белые круги (красная - верхняя половина и белая - нижняя), которые представляли собой "модифицированные" японские Хино-мару. Их дополнял руль направления, окрашенный в красный и белый цвета (красный - верх, белый - низ). Позже ввели новые знаки национальной принадлежности в виде красных и белых прямоугольников. Опознавательные знаки наносились на верхней поверхности крыла и по бортам фюзеляжа.
Сохранившийся в военном музее Джакарты Ki-79 имеет верхние поверхности темно-зеленого цвета и светло-серые нижние. Покрытие глянцевое и, возможно, по оттенку не соответствует тому, что было полвека назад. На хвосте изображение летящего мифического крылатого бога Горуды и маленький белый номер "01".
