Специальных портовых сооружений, исполняющих заказы ВМФ, в Японии практически не было до 1871 г., когда соорудили небольшой сухой деревянный док в Йохикаваджима (Iohikawajima) около Токио, а также эллинг для постройки небольших судов. Но мощностей арсеналов в Осака и Токио для удовлетворения потребностей немногочисленного флота пока хватало.
Организованное в начале 1872 г. морское министерство получило в своё заведование док и небольшое адмиралтейство в Йокосуке, принадлежавшие ранее министерству народных работ. Порт в этом городе, построенный французскими инженерами, стал первым военным в стране и начал быстро развиваться. Его возможности расширялись с каждым годом: в 1873 г. в Йокосуке начали постройку колёсной яхты "Джинкеи" ("Jinkei", 1450 т) и канонерской лодки "Сейки" ("Seiki", 817 т), которые в марте 1875 г. сошли на воду. В 1878 г. "Сейкп" отправилась в дальний поход по европейским портам Средиземного моря. Японцам, активно перенимающим голландские, английские, французские правила кораблестроения и службы, пришло время показывать свой флаг иностранным державам.
В 1886 г. морское министерство смогло уделять больше внимания береговой обороне. Часть средств, выделяемых ранее для строительства кораблей, перераспределялась в пользу портовых укреплений и сооружений. Особенное внимание обращалось на порт в Йокосуке, уже имевший три сухих дока. Первый, построенный в 1867 г., второй в 1874 г. и третий в 1880 г., имели длину по 93,88; 119,48 и 153,01 м соответственно. Там же модернизировались мастерские и судостроительное оборудование. Но своих руководителей отрасли с инженерной подготовкой и, главное, опытом в стране пока не было.
После визита в Европу и США заместителя военно-морского министра вице-адмирала С. Кабаяма па должность главного корабельного инженера японского флота пригласили известного французского судостроителя Луи Эмиля Бертипа (Louis Emile Bertin). 2 февраля 1886 г. Бертин, подписавший трёхлетний контракт с японским правительством, с женой и тремя детьми прибыл в Йокосуку. Позднее договор продлили ещё на год. Бертин помог правильно организовать работу адмиралтейства в Йокосуке и руководил постройкой на его стапелях крейсеров "Хасидате", "Такао" ("Такао"), посыльного судна (авизо, крейсера) "Яйеяма" ("Yaeyama").
Кроме работ в Йокосуке, он консультировал военно-морское министерство, наблюдал за размещением, строительством и деятельностью арсеналов флота, руководил кораблестроительным отделом. Тогда же Бертин спроектировал серию крейсеров типа "Мацусима". Все четыре года он работал без французских сотрудников. Ему помогали и сами при этом учились японские инженеры, получившие образование во Франции.
В 1898 г., когда на службе у японского морского министерства уже не находилось ни одного европейца, в порту Йокосука снова велись работы по его расширению, увеличению мастерских и улучшению оснащения, признаваемого недостаточным для постройки броненосца и крейсера водоизмещением 15 000 и 9 500 т соответственно. Оба корабля намечалось заложить в Йокосуке ещё судостроительной программой 1895 г.
С развитием флота мощностей адмиралтейства в Йокосуке стало недостаточно, поэтому правительство приняло решение о строительстве сухих доков, эллингов, механических и судостроительных мастерских в портах Куре (во внутреннем Японском море) п Сасебо (на о. Кюсю в заливе Омура, около Нагасаки). Работы в Куре начались в 1886 г., и к середине 1898 г. там имелись два сухих дока (133,2 и 141,7 м), обширные мастерские и орудийный завод, изготовлявший 120-, 150-мм и малокалиберные орудия. Если в Куре к октябрю 1898 г. уже спустили первый крейсер (авизо) "Мияко", то в Сасебо эллингов для кораблей ещё не было, но уже имелся сухой док длиной 132,9 м, открытый в декабре 1895 г.
В 1888 г. на японскую службу пригласили французского инженера Беллара (Bellar), который на правительственном Оногамском заводе около Кобе стал наблюдать за постройкой миноносок и сборкой тех, что были изготовлены в Европе и в разобранном виде доставлены в Японию. Верфь в Оногаме просуществовала с 1885 по 1895 гг. и успела построить три канонерские лодки: однотипные "Акаги" ("Akagi") и "Майя" ("Maya"), по 614 т, "Ошима" ("Oshima", 1889 т), шлюп (винтовой корвет) "Ямато" ("Yamato", 1476 т) и учебные корветы Канджей" ("Kanji"), "Манджей" ("Manji"), по 877 т. К 1898 г. предприятия верфи переместились частью в Куре, а частью в Сасебо.
К июлю 1889 г. военно-морская комиссия, участвовавшая в работе над планом обороны страны, подготовила свои предложения. Последовало распоряжение императора, разделившее Японию на 5 морских округов (Йокосука, Куре, Сасебо, Майдзуру, Морорап), каждый из которых должен иметь адмиралтейство и порт с приписанными кораблями. Правда, поначалу лишь три первых из них имели оборудование, позволявшее обеспечивать корабельную службу, и весь флот был временно разделён между ними. Создание военно-морской базы в Майдзуру началось в 1897 г, а её адмиралтейство, оснащаемое мощными судостроительными средствами, оборудовалось в удобной бухте Амарубе. Планировалось соорудить три сухих дока.
Порту Майдзуру в конце XIX века придавалось большое стратегическое значение, как расположенному на берегу Японского моря, достаточно близко от Владивостока. На строительство его береговых батарей выделялись значительные суммы с той целью, чтобы ко времени завершения судостроительной программы 1895 г. (к 1902 г.) Майдзуру оказался готов принять предназначенные для него корабли. Порт Морорап па о. Хоккайдо, первоначально планировавшийся для организации одной из баз флота, позднее развиваться не стал. Вместо него правительство предполагало использовать бухту Оминато (Ominato) в северной части залива Аомори. В 1889 г. началась интенсивная постройка батарей для обороны Токийского залива. Позднее начались работы для защиты проливов Симопосеки, Изуми и Нарут, ведущих во внутреннее Японское море. Стали возводиться укрепления на о. Цусима и при входе в порт Йокосука.
Страна, создававшая флот и формировавшая собственную судостроительную промышленность, не забывала о защите своих берегов.
