После боя 28 июля с японским флотом часть русских кораблей прорвалась в нейтральные порты, остальные вернулись в Порт-Артур. С этого дня силы эскадры использовались в интересах сухопутной обороны. Часть орудий, снарядов с кораблей передана на сухопутный фронт. Личный состав участвовал в боях на суше до конца обороны. Огромное влияние на характер жизни и службы на кораблях оказывали бомбардировки японской осадной артиллерией. Во время обстрелов с 9 до 12 и с 14 до 17 часов приходилось прекращать все работы внутри кораблей и около них и отправлять на берег всю команду, кроме необходимого числа вахтенных.
Отдельные корабли и отряды выходили в море для поддержки войск артиллерийским огнем. Японцы вели блокадные действия, и минная война у Порт-Артура не ослабевала. Организация траления оставалась в основном прежней. Каждый корабль I ранга обслуживал траление внешнего рейда по очереди в течение 3 дней своими офицерами, матросами, паровыми катерами и шлюпками. Командир корабля в эти дни руководил непосредственно работами, в его распоряжение поступал и тралящий караван М.В. Ива- нова. Так как Н.К. Рейценштейн па крейсере "Аскольд" прорвался в Шанхай, общее руководство тралением было поручено командиру броненосца "Ретвизан" капитану 1 ранга Э.Н. Щенсновичу. Некоторое время его замещал капитан 1 ранга В.М. Зацаренный. Траление производилось ежедневно, исключая штормовую погоду. Район траления: выходной фарватер, начиная от затопленного парохода "Хайлар" между группами крепостных минных заграждений до линии, соединяющей бухту Белый Волк с Крестовой горой, затем участок рейда. Траление прохода и рейда внутри инженерного заграждения, как и раньше, находилось в заведовании контр-адмирала М.Ф. Лощинского и проводилось средствами канонерских лодок.
Однако производительность противоминных действий уменьшилась. Паровые катера с броненосцев и крейсеров, побывавших в бою 28 июля, были "настолько избиты, что пользоваться ими было невозможно".10 В строю остались только четыре корабельных паровых катера, оставленных в порту перед выходом эскадры.
Несмотря на интенсивное протраливапие выходного фарватера, обеспечить безопасность выхода кораблей эскадры в море не удавалось. Японцы продолжали ставить мины по ночам на протраленных днем участках. Кроме того, под воздействием течения, ветра м волнения, японские мимы дрейфовало на фарватер, п они появлялись там, где их никак не могли ожидать. Траление могло производиться при условии совершенно тихой погоды и при отсутствии течения: совокупность же этих условий осенью около входа в Порт-Артур представляла явление очень редкое. Уже с начала августа начали подрываться на внешнем рейде корабли и суда с небольшой осадкой.
Вечером 5 августа в трех милях от прохода па рейд подорвалась канонерская лодка "Гремящий", вышедшая для встречи пришедшего французского торгового судна "Georges". Взрыв мины произошел под левым крамболом канонерской лодки, и она стала погружаться носом. Сразу же были спущены шлюпки, и в них села часть команды. Остальные вместе с командиром и некоторыми офицерами собрались на кормовом мостике. "Гремящий" затонул на глубине 22 сажен через 26 минут после взрыва. Через 10 минут после потопления канонерской лодки к этому месту подошли портовые баркасы и катера и подобрали плававших в воде. Погибло 8 кочегаров, бывших в котельном отделении во время взрыва и не успевших оттуда выйти. Временно командующий эскадрой контр-адмирал П.П. Ухтомский в своем донесении об этом главнокомандующему отметил, что канонерская лодка выходила по протраленному фарватеру."
10 августа для обстрела японских позиций вышел эскадренный броненосец "Севастополь". Корабль не был полностью боеготов из-за того, что более половины экипажа находилась на сухопутном фронте. (На борту было около 300 человек вместо положенных 620). В связи с этим перед выходом в район, где противник ставил мины почти каждую ночь, были предприняты специальные меры. К орудиям заблаговременно подали необходимое для стрельбы по берегу количество снарядов, после чего все погреба с боезапасом были тщательно задраены, к дверям и люкам поставлены дополнительные упоры.
На рейде броненосец должен был ожидать тралящий караван с поставленными тралами, однако шаланды М.В. Иванова затралили мины при контрольном тралении и занимались очисткой тралов. Тогда командир броненосца капитан 1 ранга Н.О. Эссен принял решение следовать в бухту Тахэ за тралами четырех миноносцев. Еще два миноносца следовали за "Севастополем" и производили обвехование протраленной полосы. Оставшийся без пары миноносец Н.О. Эссен направил к тралящему каравану с приказанием протралить путь для возвращения броненосца на рейд. Маршрут был выбран с расчетом пройти между берегом и северной границей предполагаемого японского минного заграждения, которое по сведениям наблюдательной станции Золотой Горы, было поставлено накануне ночью.
Перед тем как броненосец начал поворачивать на обратный курс, оба трала впереди идущих миноносцев лопнули, и недалеко от борта броненосца всплыла мина, которая и была расстреляна первым выстрелом из 47-мм пушки с "Севастополя". Броненосец остался без тралов и стал поворачивать на обратный курс, чтобы идти по фарватеру, обозначенному буйками, навстречу тралящему каравану. Выполнение этой задачи было затруднено тем, что буйки сильным течением оказались, по-видимому, снесенными. Совершая циркуляцию на обратный курс, "Севастополь" вышел из протраленной полосы ив 11.45 коснулся скулой мины. Удар пришелся против носовой 12-дм башни. Столб от последовавшего взрыва был выше клотика фор-стеньги, броненосец быстро накренился на левый борт и получил значительный дифферент на нос.
По свидетельству командира, паники не было, у личного состава был опыт борьбы за живучесть корабля при подрыве 10 июня. В западной части рейда "Севастополь" встал на якорь, ожидая буксиров для ввода в гавань. В это время в трале взорвалась еще одна мина, и нужно было заводить новые тралы. Броненосец был введен в гавань и ошвартовался на бочках в Западном бассейне. Это был последний выход русского броненосца из Порт-Артура для обстрела сухопутных позиций. Он был сделан "вследствие усиленных просьб сухопутных начальников помочь крепости с моря; он доказал опасность и бесцельность подобных предприятий".|М Плотность минных заграждений возрастала. Японцы продолжали ставить мины специально против мелкосидящих кораблей. 11 августа миноносцы, охранявшие тралящий караван, понесли потери. В этот день охрану тралящего каравана обеспечивали миноносцы "Разящий". "Выносливый", "Расторопный". Около 18 часов на "Разящем" обнаружили несколько плавающих мни. и этот миноносец несколько удалился к югу от остальных. Две из пяти обнаруженных мин были уничтожены артиллерийским огнем, но из-за приближения темного времени суток командир прекратил расстрел мин и повернул назад к Порт-Артуру. Внезапно произошел взрыв мины под серединой переднего котельного отделения, часть офицеров н команды были выброшены за борт. Корпус погрузился почти по палубу, но оставался на плаву в полупогруженном состоянии. На помощь поврежденному кораблю полным ходом поспешили "Расторопный" и "Выносливый". С первого спустили вельбот для спасения плававших в воде. Затем "Расторопный" пришвартовался к "Разящему" борт-о-борт. принял команду и стал буксировать в порт.
В это время под носом "Выносливого" раздался взрыв мины, и миноносец стал быстро погружаться носом в воду. Корма с работающими винтами высоко поднялась, затем скрылась под водой. На "Выносливом" погибли командир лейтенант П. А. Рихтер и 11 человек. "Расторопному" удалось благополучно довести до гавани "Разящего". Русские офицеры предполагали, что "Выносливый" подорвался на минах, связанных между собой тросом. Часть команды с подорвавшихся миноносцев спасла шаланда № 23. Через несколько дней - 20 августа она сама подорвалась на мине и затонула. В этот же день батарея Ляотешаньского маяка несколько раз открывала огонь по японским миноносцам, тралившим мины против мыса Ляотешань.
Гибель паровой шаланды № 23 описал Модест Иванов: "Весь тралящий караван, имея впереди пару паровых шаланд №№ 23 и 24, шел тралить в бухту Тахэ п. подходя к Крестовой батарее, матрос на шаланде № 23 увидел с бака под водой мину от поверхности около 2 фут, причем мина была прямо на курсе. Он громко закричал "Мина!", но предпринять каких-нибудь мер уже не было никакой возможности, настолько мина была близко к шаланде, ибо она взорвалась почти одновременно с возгласом бакового матроса. Мина взорвалась под носовою частью шаланды и при взрыве вырвала часть переборки, тогда сразу масса воды хлынула на машинную переборку, та не выдержала и шаланда немедленно пошла ко дну".
Живучесть грунтоотвозных шаланд зависела от прочности и расположения водонепроницаемых переборок. Шаланда № 23, имевшая всего две водонепроницаемые переборки, после взрыва в носовой части сразу же затонула. При таком же взрыве шаланда № 14 осталась на плаву и была отбуксирована в порт. 24 августа контр-адмирал М.Ф. Лощинский был назначен заведующим морской и минной обороной порта и с этого дня и до конца осады заведовал тралением. Работы продолжались в ещё более сложных условиях из-за бомбардировок японской осадной артиллерии. Японцы не прекращали постановок мин, стараясь добиться полной блокады выхода на внешний рейд.
В 3-м часу ночи 29 августа с канонерской лодки "Отважный", дежурившей в проходе, обнаружили в расстоянии 17 кабельтов японский минный катер. Его обстреляли береговые батареи и добились двух попаданий. Катер остановился, и его стало дрейфовать в сторону открытого моря. Тогда сигнальной ракетой остановили огонь, и с "Отважного" были направлены два минных катера под командой артиллерийского офицера лейтенанта Небольсина. Приблизившись к поврежденному катеру, Небольсин увидел, что рядом еще два японских корабля, которые пытаются завести буксир и снимают людей. Русские катера выпустили две торпеды и пустили метательную мину, но промахнулись. Глубина хода торпед была установлена на один метр, и поэтому они прошли пол килем японских паровых катеров. Русские катера подошли к борту поврежденного и брошенного катера и захватили его. Катер был взят на буксир и приведен в гавань. На нем была установлена на носу 47-мм пушка, а на корме оставались стеллажи от мин (двух или трех). Как потом выяснилось, японский паровой катер принадлежал флагманскому броненосцу "Микаса" и вместе с другими использовался для постановки мин вблизи прохода.
3 сентября затралено 9 мин, из них 6 взорвалось в тралах, а три отбуксировали к Белому Волку, где уничтожили. 18 сентября Барановым разряжено 3 мины, вытащено 2 трала. Японцы наращивали интенсивность обстрелов внутреннего рейда. где стояли корабли русской эскадры. 25 сентября на внешний рейд, спасаясь от бомбардировки гавани 11-дм осадными гаубицами, вышел эскадренный броненосец "Ретвизан". Во время бомбардировки 3 октября выходил на рейд крейсер "Баян". 16 октября во время обстрела бухты Taxе получили серьёзные повреждения три из четырех оставшихся шаланд. Исправить повреждения при непрекращающихся бомбардировках было невозможно. Неповрежденной осталась лишь шаланда № 12. Поэтому траление продолжали только паровые катера. Район траления пришлось ограничить одним фарватером.
В конце октября миноносцы во время бомбардировок в дневное время отстаивались в бухте Белый Волк. 29 октября миноносец "Бдительный" по окончании бомбардировки около 4 часов дня с миноносцем "Сердитый" на буксире (последний был без паров) возвращался в гавань. Идя фарватером между берегом и минами заграждения инженерного ведомства (где обыкновенно ходили миноносцы), не доходя Маячной горы, коснулся мины, которая взорвалась. Взрывом были разрушены два кормовых отделения миноносца. Благодаря тому, что выдержала переборка между унтер-офицерским и кормовым командным помещениями, миноносец не затонул. Подошедшими миноносцами "Статный" и "Смелый" поврежденный "Бдительный" и "Сердитый" отведены в гавань.
31 октября около 9 часов утра миноносцы "Стройный" и "Сильный" стояли па якорях на внешнем рейде на обычном месте стоянки миноносцев - в бассейне, образованном берегом под батареей № 9, наружными бонами и минами инженерного ведомства. Вследствие перемены ветра и течения миноносцы начали разворачиваться, и при этом "Стройный" коснулся мины. Взрыв произошел под машинным отделением. Командир миноносца лейтенант Кузьмин-Караваев 1-й, находившийся перед взрывом в своей каюте, услышал удары о борт. Желая узнать в чем дело, он стал подниматься по трапу наверх, но произошел взрыв. Миноносец затонул через 10-15 минут. Офицеры и часть команды "Стройного" были приняты на "Сильный", который начал сниматься с якоря, чтобы доставить спасенных в гавань. Но и этот миноносец подорвался на мине. К счастью. "Сильный" удалось отбуксировать в гавань.
Официальная история так объяснила причину подрыва: "Присутствие неприятельских мин в этом районе, огороженном с моря, казалось бы, непроницаемым забором нашего сухопутного заграждения, объяснялось тем, что многие японские мины, разбросанные в разных местах по рейду, от ветра и течения перемещались и запутывались в нашем сухопутном заграждении; за последние же дни перед катастрофой с миноносцами дул свежий SO, сопровождаемый сильной зыбью, вследствие чего часть мин. перебравшись через наше заграждение, и оказалось между ними и берегом, в пространстве, которое считалось нами вполне гарантированном от мин". 9 ноября па собрании командиров миноносцев и протокол записали: "Японцы ставят мины теперь специально против миноносцев". 20-22 ноября усиленные работы по тралению проводились под руководством капитана 1 ранга Н.О. Эссена - он готовил фарватер дал перевода своего последнего неповрежденного броненосца в бухту Белый Волк. С 25 ноября вследствие выхода из строя почти всех крупных кораблей эскадры дежурство по тралению прекратилось. Руководство тралением перешло полностью под начало заведовавшего морской и минной обороной крепости. Контр-адмирал М.Ф. Лощинский приказал тралить с расчетом поддерживать важные пути для нужд крепости н миноносцев.
26 ноября "Севастополь" перешел в бухту Белый Волк. С целью уничтожить последний крупный корабль русской эскадры и не допустить его прорыв в море японцы поставили мины на его возможном пути и в течение нескольких ночей предприняли массированные атаки миноносцев. Ночью 1 декабря японский миноносец № 53. пытавшийся приблизиться к "Севастополю" со стороны берега, подорвался на мине и затонул. Погиб весь его экипаж из 18 человек.'" Возможно, что подорвался он па японской мине. После повреждения торпедой эскадренного броненосца "Севастополь" регулярное траление закончилось. Японцы к этому времени прекратили постановку мин. так как все крупные корабли эскадры вышли из строя или были потоплены огнем японской осадной артиллерии. 3 и 4 декабря паровые катера протралили входной фарватер для проводки прорвавшего блокаду парохода "Кинг Артур" и 6 декабря вывели его за тралами. В этот день вытралили последние две мины. На этом противоминные действия русской эскадры у Порт-Артура закончились.
2 декабря адмирал Того приказал адмиралу Яма-да прекратить постановку мин. а 10 декабря был распущен особый отряд траления. Личный состав возвратился па свои корабли и в части. После сдачи крепости очистка от мин рейда продолжалась силами учрежденного военного порта.