По окончании Испано-американской войны было принято решение о продолжении робот по модернизации, прерванных ею, и "Pelayo" снова направился во Францию. 12 февраля 1899 года в 14 ч он салютовал французскому флагу в Тулоне.
В соответствии с заключенным 26 декабря 1 896 года контрактом, на броненосце перебрали главные машины, установили скорострельную артиллерию в составе девяти 140-мм орудий и забронировали батарею средней артиллерии (последнее не предусматривалось контрактом, но именно так решили воспользоваться полученным после замены котлов запасом водоизмещения). Основные работы завершились к октябрю 1 899 года, и "Pelayo" ушел в Испанию, чтобы остальные роботы выполнить уже там.
Подводя итог почти 25-месячных работ, тогдашний командир броненосца капитан 1 ранга Хосе Феррандис-и-Ниньо отмечал, что завод "Forges et Chanliers de la Mediferrane'e" ремонтировал "Pelayo" по остаточному принципу, посылая рабочих но него только в том случае, если они не были нужны в других местах. Он жаловался также на отчаянную медлительность, с которой эти работы шли, причем жалобы, неоднократно направлявшиеся руководству компании, попросту им игнорировались.
По окончании модернизации броненосец вернулся к ставшим уже привычными представительским функциям. В 1 901 году он снова посетил Тулон в связи со встречей испанских высокопоставленных лиц и президента Франции Э.Лубе. На следующий год "Pelayo" доставил в Бильбао королеву-регентшу вместе с пока еще несовершеннолетним сыном Альфонсом XIII во время их официального визита в этот город, после чего королевская семья отправилась в свою летнюю резиденцию в Сан-Себастьян.
В апреле 1903 года броненосец зашел в Лиссабон, где вручили личное послание Альфонса XIII находившемуся там с визитом английскому королю Эдуарду VII. А спустя два месяца, 22 июня, "Pelayo" представлял испанский флаг в Картахене во время захода туда французского флота. В 1904 году большое значение имело присутствие броненосца в бухте Виго, где, уже в ранге короля Испании, Альфонс ХШ встретился с кайзером Вильгельмом II и в ходе конфиденциальной встречи оба монарха согласовали свои точки зрения относительно дел в Марокко.
Благодаря рассекреченной к настоящему времени переписке адмирала Феррандиса, можно утверждать, что в 1904 году Испанию посетила российская миссия, которая в связи с начавшейся Русско-японской войной вела секретные переговоры о приобретении "Pelayo" и четырех миноносцев типа "Terror". По-видимому, в полномочия миссии входило также отыскание других кораблей испанского флота, которые могли оказаться полезными России. Вполне очевидно также, что работа этой миссии не могла принести положительных результатов, поскольку Испания вряд ли смогла бы продать свои наиболее боеспособные корабли, получив при этом совершенно неизбежные политические осложнения с Великобританией.
В конце октября 1905 года "Pelayo" принял участие в больших маневрах Практической эскадры в Галисии в районе устья реки Мурос, совершенно неожиданно для всех завершившихся рано утром 28 октября гибелью новейшего крейсера "Cardenal Cisneros", который налетел но необозначенную подводную скалу э районе Мейксидоса и через некоторое время затонул. К счастью, благодаря правильно организованным спасательным работам, жертв не было.
На следующий год в составе небольшой эскадры "Pelayo" сопровождал в официальном визите короля Альфонса XIII на Канары. Во время своего турне молодой король посетил различные острова архипелага, в том числе и обе столицы - Санта-Крус-де-Тенерифе и Лас-Пальмас.
В апреле 5 907 года "Pelayo" снова оказался в центре внимания с дипломатической миссией, когда в Картахене состоялась встреча монархов Великобритании и Испании. На этой встрече Эдуард VII убеждал Альфонса XIII присоединиться к Антанте, но молодой испанский король сумел отстоять нейтральную позицию Испании в случае общеевропейской войны.
Одновременно состоялась и встреча морских министров ларда Фишера и адмирала Феррандиса (бывшего командира "Реlауо"), согласовавших ряд военно-морских аспектов в сотрудничестве двух государств, в частности, английское участие в новой большой судостроительной программе испанского флота.
"Pelayo" остается в составе Практической эскадры без особых, заслуживающих внимания событий вплоть до 1910 года, когда его ввели в док Каракки для ремонта подводной части. А в августе 191 1 года "Pelayo" стал случайным свидетелем революционного выступления на броненосце "Numancia". Подстрекаемые анархистами несколько членов команды этого старого корабля попытались захватить его. Политическая ситуация в стране в это время отличалась крайней нестабильностью: анархисты находились в жесткой оппозиции к консерваторам, а журналисты открыто выражали свое недовольство правительством. Поэтому водружение анархистского красно-черного флага даже на таком старом корабле могла спровоцировать беспорядки в стране.
Выступление удалось быстро подавить, и оно не имело политического резонанса. А для пресечения впредь подобных попыток руководство флота решило провести публичную казнь зачинщиков. 8 августа на Пласа де Рото приговор привели в исполнение. В числе зрителей экзекуции "для профилактики" присутствовал и экипаж "Pelayo".
В 1909 году с атаки испанской Мелильи начался очередной виток испано-марокканского противостояния, приведший в итоге к установлению испанского протектората над северным Марокко. Но из-за ряда причин, прежде всего ремонта, к боевым операциям в Марокко "Pelayo" смог присоединиться лишь осенью 1911 года. 5 сентября броненосец покинул Каракку и после небольшой остановки в Танжере 9 сентября прибыл в Мелилью. Здесь впервые орудиям броненосца было суждено открыть огонь по врагу.
В течение нескольких следующих дней "Реlауо" подвергал интенсивной бомбардировке позиции неприятеля в Алукемасе, уничтожив несколько населенных пунктов. Лишь 1 8 сентября броненосец ушел в Малагу для бункеровки, а 23 сентября вновь бросил якорь в Мелилье и продолжил проведение боевых операций.
1 октября "Pelayo" возвратился в Малагу, где на его борт поднялся военный министр Луке, направлявшийся в Марокко с целью посетить Чафаринос, куда корабль прибыл спустя девять дней. После короткой остановки в Мелилье 22 октября броненосец прибыл в Кадис. Весь последующий месяц броненосец "Pelayo" активно продолжал бомбардировки неприятельских позиций, возвратившись в метрополию лишь в декабре 1911 года.
29 января 1912 года вместе с крейсером "Emperador Carlos V", миноносцами "Osado" и "Audoz" броненосец зашел в Альхесирас, после чего 30 января небольшая испанская эскадра ушла в Гибралтар. В этот день туда зашло английская эскадра, сопровождавшая британскую королевскую семью, возвращавшуюся из Индии. - 5 февраля испанские корабли продолжили свае совместное плавание и ушли в Ферроль, где присутствовали на пышной церемонии спуска на воду первого испанского дредноута "Espana", по окончании чего возвратились в Картахену.
Однако не прекращающиеся боевые действия в Марокко снова потребовали присутствия там корабля с тяжелой артиллерией. "Pelayo" на этот раз принял участие в большой десантной операции в Алукемасе, обстреливая позиции неприятеля вблизи Мелильи. Причем интересно отметить, что высадка практически по тому же сценарию еще роз повторилась е сентябре 1925 года.
В конце года "Pelayo" покинул эскадру и 28 ноября отправился на ремонт в Картахену, поскольку, находясь в бухте Фондуко [остров Маон), в ночь с 22 на 23 ноября опасно помял несколько листов своей обшивки, налетев на мель.
После долгого ремонта броненосец смог присоединиться к эскадре лишь летом, когда в июне 1913 года вместе с крейсерами "Reina Regenfe" и "Emperador Carlos V" патрулировал между Сеутой и рекой Мартин, бомбардируя селения бедуинов в районе Алькасар-Сегуер - мыс Мапабата.
С 8 по 1 3 октября 1913 года "Pelayo" вместе с линкором "Espana", крейсерами "Emperador Carlos V", "Princesa de Asturias", "Reina Regenle", "Rio de la Plata", "Extremadura", миноносцами "Audaz", "Proserpina" и "Osado" присутствовал а Картахене во время визита президенто Франции Р.Пуанкаре в Испанию. Президент Франции и король Испании встретились на борту яхты "Giralda", где уточнили позицию Испании в случае общеевропейского конфпикта. Альфонс XIII заверил своего французского гостя, что Испания сохранит нейтралитет. По окончании переговоров на борту французского линкора "Diderol" президент убыл в Марсель. Кстати, появление на церемонии линкора.*Е5рапа" (эта была его первая миссий) стало весьма символичным для карьеры "Pelayo", поскольку означало, что отныне он становится кораблем второй линии.
26 декабря 1913 года вместе с крейсером "Extremadura", миноносцем "Proserpina" и канонерской лодкой "Lauria" "Pelayo" участвовал в спасении имущества и команды английского парохода, севшего на мель неподалеку от Сеуты.
Начало Первой мировой войны заставило пересмотреть дислокацию испанского флота, и для защиты национальных интересов "Pelayo" с четырьмя миноносцами был отправлен в Польму. Впрочем, воюющие страны без особой необходимости не ущемляли нейтралитет Испании, так что вскоре корабли смогли к продолжить действия против мятежного Марокко.
29 июня 1916 года, совместно с армией, военно-морские силы в составе "Pelayo" и канонерских лодок "Bonifaz" и "Alvaro de Bazdn" участвовали в операциях против берега. В этот день в Сеуте на борт "Pelayo" поднялись два перешедших на испанскую сторону араба: Хамед Бен Мохамед Эль Фази Булаиксис и Дид Мохамед Бен Хамед Булаиксис, которые через переаодчика, роль которого выполнял сержант гражданской гвардии дон Франсиско Барсели Гуэрейро, указывали наиболее достойные для бомбардировки цели на берегу. В результате в этот день корабли бомбардировали прибрежные районы Яд-эль-Марса, Барранко-де-Аи-Хихо, селения Аудек-Ебель-Долия, Аума, а также низменности Алькасар-Сегуер, Аса-ана, селения Мелиех, Яд-эль-Лиау и Аудак-Сарара. Всего с броненосца вэтат день выпустили 64 140-мми 153 57-ммснаряда.
С 1917 года "Pelayo" стала преследовать полоса неудач. Сначала 27 января в порту Танжер броненосец столкнулся с французским пароходом "Koning-Si", к счастью, отделавшись лишь легкими повреждениями. А 28 ноября, также а Танжере, скоропостижно от сердечного приступа умер на борту броненосца его командир капитан 1 ранга дон Энрике Перес Грос, занявший этот пост всего лишь 7 апреля этого же года. В январе 1918 года (по одним источникам 5, по другим 20 января) в Танжере "Pelayo" потерял свой шеститонный якорь, на следующий день, впрочем, обнаруженный водолазами и возвращенный законному владельцу.
Несколько месяцев спустя "Реlауо" вывели из состава Практической эскадры и перевели в разряд "кораблей для разнообразных поручений" - для вспомогательной службы. Фактически это событие означало конец службы броненосца как боевой единицы флота.
В июне 1919 года старый броненосец передали в распоряжение Школы морских курсантов в Ферроле. На следующий год дряхлость корабля вызвала необходимость в очередной раз стать в ремонт, где ему заменили трубки котлов. 1 2 сентября 1920 года на "Pelayo" вспыхнул пожар, который, впрочем, удалось погасить прежде, чем он смог нанести большие повреждения.
На последующая служба броненосца теперь уже была связана с Морской гвардией, в распоряжение которой его передали, по выражению официальных испанских документов, как "артиллерийский понтон". Ток что корабль на время стоп артиллерийской школой для рядовых и капралов.
3 августа 1923 года "Pelayo" официально исключили из списков флота. Руководство флота вскоре отменило свой приказ, однако его следствием стало разоружение броненосца. 1 мая 1924 года "Pelayo" снова вычеркивается из списков флота, теперь уже окончательно.
В 1925 году корпус броненосца выставляется на аукцион для продажи на металл. Но два раза он так и не привлек ничьего внимания, пока, наконец, 25 апреля 1 926 года им не заинтересовалась голландская компания. На следующий день броненосец вышел в свое последнее плавание под проводкой двух голландских буксиров к разделочному заводу в Роттердаме, где под газовыми горелками голландских рабочих закончилась целая эпоха испанского флота.
После этого сохранились только отдельные части *Ре1ауо". Так, его главную артиллерию сдали на хранение в арсенал, где она пребывала довольно долго, совершенно забытая. Что касается скорострельной артиллерии, то имеются данные, что ее использовали для береговой обороны Болеарских островов.
Снятые броневые плиты главного пояса передали в распоряжение артиллерийского полигона, где они испытывались обстрелом из крупнокалиберных орудий, полностью подтвердив высокую репутацию плит выделки завода Крезо.