Внешние отличия
Кроме расположения зенитных автоматов после увеличения их числа в ходе войны и упомянутой выше разницы в расположении якорей и формы ангаров, «Шарнхорст» и «Гнейзенау» отличались друг от друга местом установки грот-мачты, а в первые месяцы службы — и фок-мачты. После постройки оба корабля имели трубы без козырьков, а грот-мачта с двумя небольшими опорами вперед крепилась вдоль задней кромки трубы. Фок-мачта на «Шарнхорсте» стояла на кронштейнах за носовой надстройкой, а «Гнейзенау» имел вместо нее флагшток с реем на башне носового поста УАО. Затем на трубах появились козырьки, отклонявшие котельные дымы и газы назад от носовой надстройки, грот-мачту на «Шарнхорсте» перенесли в корму, установив опорами вперед между катапультой и кормовым постом УАО. Небольшую мачту-флагшток с этого поста УАО сняли. На «Гнейзенау» весной 1939 года установили фок-мачту как на «Шарнхорсте», флагшток с носового поста УАО сняли. Когда пришла пора ставить на башни постов УАО радарные посты с антеннами, такая же участь постигла и кормовой флагшток — его перенесли на крышу ангара.
Для идентификации с воздуха все крупные корабли Кригсмарине несли на полубаке изображение фашистской свастики в белом круге, и на «Гнейзенау» она была больше, чем на «Шарнхорсте».