Потопление «Равалпинли»
«Гнейзенау» (флаг нового командующего линейным флотом вице-адмирала Вильгельма Маршалла) и «Шарнхорст» в сопровождении легких крейсеров «Лейпциг», «Кёльн» и трех эсминцев 21 ноября 1939 года вышли из Вильгельмсхафена для нанесения ударов по британским патрульным судам между Исландией и Фарерскими островами. И эта операция имела целью отвлечь французские и британские корабли из южной Атлантики, где они сжимали кольцо вокруг рейдера «Адмирал граф Шпее». Как только оба линейных крейсера прошли минные поля, легкие корабли вернулись в базу. Строем пеленга, с «Гнейзенау» во главе и с «Шарнхорстом» в 20 000 м справа сзади, они на 27-узловой скорости устремились в разыгравшееся сильным штормом открытое море. От ударов волн оба корабля получили повреждения корпуса, а в носовые башни и погреба стала поступать вода. Пришлось уменьшить скорость до 12 узлов, но вскоре сигнальщики обнаружили на горизонте английские корабли. В 16.07 23 ноября с «Шарнхорста» заметили вспомогательный крейсер «Равалпинди» — бывший лайнер компании Р&О, вооруженный восемью устаревшими 152-мм орудиями. Этот корабль был крайним с востока в крейсерском патруле, который также включал новый «Ньюкастл» и устаревшие «Дели», «Калипсо» и «Сириз». В 17.03 «Шарнхорст» открыл огонь по практически беззащитному судну, а спустя восемь минут к нему присоединился «Гнейзенау». В 17.06 залп 283-мм снарядов попал в надстройку вспомогательного крейсера, убив капитана Э.Кеннеди и большинство офицеров. Среди горы обломков начались сильные пожары. Еще через 10 минут огонь германских кораблей превратил «Равалпинди» в пылающую развалину, медленно погружавшуюся в воду. Всего «Гнейзенау» израсходовал 53 283-мм снаряда и 106 —125 150-миллиметровых, а «Шарнхорст», огнем которого управлял корветтен-капитан Доминик, выпустил 89 283-мм и 109 150-мм снарядов, но и сам получил попадание 152-мм снаряда в корму. Имелись раненые и небольшие повреждения от осколков. Вице-адмирал Маршалл приказал «Шарнхорсту» подобрать уцелевших британских моряков. Однако появившийся вскоре «Ньюкастл» заставил немцев прервать это занятие и под прикрытием дымовой завесы быстро покинуть поле боя. Они легли курсом на север, чтобы, дождавшись плохой погоды, вернуться в базу. Из-за плохой видимости противники так и не смогли точно узнать друг друга. Англичане посчитали, что «Равалпинди» потопил «Дойчланд» с помощью крейсера «Эмден», поэтому они и бросили на помощь сначала только легкие крейсера, вооруженные 152-мм артиллерией. Немцы же, не зная, какие силы перед ними, упустили прекрасную возможность вслед за «Равалпинди» расправиться с четверкой крейсеров. За такую нерешительность, а также за большой расход снарядов при потоплении вспомогательного судна вице-адмирал Маршалл затем подвергся резкой критике со стороны командования, хотя немецкая пропаганда поспешила объявить этот поход крупным успехом германского оружия.
Обратный путь проходил в такую же штормовую погоду, и корабли снова получили повреждения: вода заливала носовые башни, а также — через щели между деформированными листами обшивки — носовые кубрики экипажа. Из-за недостаточной высоты борта линейные крейсера большую часть перехода принимали воду всей носовой частью, ледяные потоки заливали даже мостики и платформы носовой надстройки, так что управление пришлось перенести в боевую рубку. Союзники послали в погоню мощные силы из линкоров и линейных крейсеров («Худ», «Дюнкерк», «Нельсон», «Родней»), но рейдеры, пройдя проливом между Бергеном и Шетландскими островами, 27 ноября благополучно вернулись в Вильгельмсхафен для ремонта штормовых повреждений. Тогда же на «Шарнхорсте» произвели ремонт котлов, на «Гнейзенау», перешедшем в Киль, в течение семинедельного ремонта на военной верфи снова переделали нос, увеличив развал шпангоутов и подъем форштевня. В ноябре на него назначили нового командира — Харальда Нетцбандта.
Англичане не хотели смириться с тем, что безнаказанно упустили немецкие рейдеры и 17 декабря предприняли налет на Вильгельмсхафен силами 24 бомбардировщиков «Веллингтон». Стоявший там «Шарнхорст» в течение 8 минут вел неэффективную стрельбу своими зенитными автоматами (мешали краны и здания верфи), зато 10 самолетов сбили «мессершмитты».
11 января 1940 года «Шарнхорст» перешел в Киль, где соединился с «Гнейзенау» для учений и артиллерийской практики, которая началась 15 января. Но слишком холодная зима заставила корабли вернуться в главную базу. Преодолевая толстый лед в Кильском канале, 4 февраля «Гнейзенау» и днем позже «Шарнхорст» вышли в Вильгельмсхафен. Для «Гнейзенау» двухсуточный переход не прошел бесследно, и 10 — 15 февраля ему пришлось ремонтировать в доке ледовые повреждения, в частности, оба внешних винта. Тогда же для целей идентификации крыши башен окрасили в желтый цвет.
18 февраля «Гнейзенау», «Шарнхорст», тяжелый крейсер «Адмирал Хиппер» и два эсминца вышли из устья реки Яде для атаки британских конвоев в Норвегию и обратно. Достигнув прохода у Шетландских островов и не встретив ни одного судна, командующий операцией адмирал Маршалл 20 февраля повел соединение в базу. Обе главные боевые единицы Кригсмарине полтора месяца простояли на якорях в Вильгельмсхафене, проводя различные тренировки. Во время учений 6 марта разбился один из самолетов «Шарнхорста» и, хотя повреждения удалось исправить, оба летчика погибли. «Гнейзенау» же около месяца провел на верфи, где с его кормовой башни сняли катапульту, а с кормовой надстройки — самолетный кран.