Торпедное повреждение «Гнейзенау»
«Гнейзенау», «Адмирал Хиппер» и четыре эсминца под командованием адмирала Гюнтера Лютьенса 20 июня вышли в Норвежское море и взяли курс на Исландию. Германский морской штаб намеревался этой операцией создать у англичан впечатление прорыва крупных рейдеров через пролив между Фарерами и Исландией, а в это время провести «Шарнхорст» из Норвегии в Германию на ремонт. Когда германское соединение находилось примерно в 40 милях к северо-западу от Хальтена в условиях плохой видимости, британская подлодка «Клайд» выпустила по «Гнейзенау» полный залп из носовых аппаратов. Наблюдатели увидели торпеды слишком поздно — всего в 300 м от борта. Две прошли перед самым носом, а третья, несмотря на резко положенный на борт руль, попала в правый борт в 16 м от форштевня и очень близко к началу носового противоосколочного пояса. Броня повреждена не была, но носовая оконечность пострадала очень серьезно. Взрыв 365 кг торпекса на 3 м ниже ватерлинии разорвал листы обшивки с обоих бортов и повредил шпангоуты, так что нос держался на честном слове. Пробоина с правого борта имела длину 15 м и высоту 6 — Юм. Имелась небольшая пробоина и с левого борта, в кормовых частях образовались значительные повреждения обшивки. Вода затопила водонепроницаемые отсеки XX и XXI, скорость пришлось уменьшить из-за риска потерять большую часть носа. Боеспособность корабля и механизмы не пострадали, так что он 21 июня смог дойти до Тронхейма. Лодка донесла о координатах германского соединения, которое затем подверглось налетам авиации британского Берегового командования, в результате чего один из эсминцев получил серьезные повреждения.
В Тронхейме рабочие ремонтного корабля «Хуаскаран» временно заделали пробоины на «Гнейзенау», наварив поверх металлические полосы для дополнительной прочности. Работы закончили 19 июля. На переходе в Киль 25 — 27 июля корабль сопровождали «Адмирал Хиппер» (отделился для выполнения другого задания), легкий крейсер «Нюрнберг», четыре эсминца и шесть миноносцев. На перехват англичане послали мощное соединение Флота метрополии (линейные крейсера «Рипалс» и «Ринаун», крейсера и эсминцы), но оно не смогло обнаружить противника. Только подлодке «Суордфиш» удалось потопить один из миноносцев эскорта («Лухс»), остальные германские корабли благополучно прибыли в Киль 28 июля.
Ремонт «Гнейзенау» фирмой Ховальд Верфт в Киле длился пять месяцев. Для верфи это была первая работа на крупном боевом корабле, и рабочие проявили к морякам исключительную любезность. Например, они убрали штатные подпорки и стойки из кают младшего офицерского состава в средней части корабля, так надоевшие экипажу. Это серьезное нарушение впоследствии дало о себе знать. В то же время для сокращения срока ввода корабля в строй на нем решили не переделывать ангар и грот-мачту, как это уже было сделано на «Шарнхорсте». До 21 октября «Гнейзенау» находился в доке «D» военно-морской базы, а 14 ноября вышел на Балтику для тренировок и учений, снова вернувшись в Киль 19 декабря. Входе учений оба линейных крейсера «отстрелялись» по кораблю-цели «Гессен», отрабатывали тактическое взаимодействие с крейсером «Нюрнберг» и 2-й флотилией миноносцев. Но совместные учения с подлодками показали неудовлетворительную работу сонаров.