«Брестская» группа
Остаток года «Шарнхорст» и «Гнейзенау» провели на военной верфи Бреста, которую немцы частично восстановили после захвата и укомплектовали рабочими с военной верфи Вильгельмсхафена. После прихода немецких линейных крейсеров в Брест англичане, опасаясь их нового выхода в океан, приступили к регулярным налетам на эту базу, используя специальные 227-кг бронебойные бомбы. Достаточно привести только цифры: с 27 марта по 7 мая самолеты Командования Бомбардировочной Авиации и Берегового командования Великобритании сбросили на Брест 1013 тонн бомб и выставили 201 магнитную мину. Особенно массированными были налеты в ночь на 31 марта и 5 апреля. В ходе последнего одна 227-кг бомба упала в воду в 4 м от «Гнейзенау», стоявшего в сухом доке, но не взорвалась. Сразу же корабль вывели из дока и поставили на швартовую бочку гавани Бреста.
В ходе рейдерства «Шарнхорст» постоянно испытывал трудности с трубками перегревателей своих котлов, и только самоотверженная работа экипажа позволила избежать крупных поломок. В Бресте специалисты определили, что на замену трубок потребуется, по меньшей мере, 10 недель. Причина повреждений оказалась чисто технологической — примененный металл не соответствовал рабочим температурам. Требуемый обоими кораблями ремонт исключил их участие в операции с «Бисмарком», которая планировалась на апрель, а состоялась в мае 1941 года. Но англичане-то об этом не знали, и Брест надолго стал главной целью налетов их авиации. Пришлось закрыть корабли камуфляжными сетями, посты зениток защитить мешками с песком, а для постановки дымзавес установить вокруг базы и на подходах к ней огромное количество дымогенераторов. Приходилось принимать меры и против английской агентуры из числа рабочих верфи. Тем не менее, за время стояния в Бресте оба корабля получили серьезные повреждения.
Окруженный противоторпедными сетями и молом «Гнейзенау» 6 апреля подвергся атаке четырех торпедоносцев «Бофорт». Только один из самолетов обнаружил линейный крейсер и выпустил торпеду, после чего был сразу сбит. Торпеда с боеголовкой в 204 кг тринитротолуола попала в правый борт перед кормовой башней главного калибра (отсеки IV и V). В результате взрыва корабль принял 3050 т воды, накренился на 2 градуса и осел кормой на 1,2 м. Наружная обшивка была повреждена на площади 210 м2, в районе взрыва разрушило первую продольную переборку, броневую противоторпедную, тонкие продольные и поперечные переборки, деформировало внутреннее дно, верхнюю и среднюю платформы. Попадание пришлось в особенно уязвимое место, где через нижнюю часть противоторпедной защиты рядом с кормовой башней проходил внешний гребной вал. Коридор правого вала разрушило на длине 36 м. Ослабли все набивочные сальники в неповрежденных кормовых переборках, что привело к обширным затоплениям соседних с коридором отсеков, из-за чего вышел из строя и средний гребной вал. Серьезно оказались повреждены подшипники правого вала. Затопление вывело из строя некоторые вспомогательные механизмы, а также главные турбины в машинных отделениях № 1 и № 3. Соленая вода испортила большую часть электрического оборудования в районе повреждения, которое пришлось полностью заменить.
На момент атаки водяные и топливные цистерны были заполнены на 80%. В зоне взрыва топливные цистерны оказались разрушены и смесь нефти с соленой забортной водой проникла в центральный пост управления, кормовой пост гирокомпаса и кормовой пост управления стрельбой; часть оборудования в них вышла из строя. Погреба кормовой башни затопило только водой, что значительно упростило ее откачку. От сотрясения пострадали некоторые трансформаторы, артиллерийские телефоны, оптические приборы, гирокомпасы и другое мелкое электрооборудование. Поскольку вода просачивалась через сальниковые коробки, экипаж для сохранения водонепроницаемости широко использовал различные непористые материалы. Воду, поступившую через сальники вала в машинное отделение № 3, стали откачивать двумя насосами. После частичного восстановления водонепроницаемости к кораблю подошел спасательный буксир, который мощными помпами помог взять затопления под контроль.
«Гнейзенау» снова ввели в сухой док № 9 для ремонта, который длился несколько месяцев. В ночь на 10 апреля 47 британских бомбардировщиков сбросили на верфь Бреста около 46 тонн 227-кг бронебойных бомб. «Шарнхорст» избежал повреждений, но в «Гнейзенау» попало четыре бомбы — с правого борта у носовой надстройки. Близкие попадания в набережную засыпали корабль массой осколков. Одна бомба взорвалась на нижней бронепалубе, другая без взрыва поразила боевую рубку, третья пробила надстройку, верхнюю и батарейную палубы и взорвалась на нижней броневой, а четвертая пробила верхнюю палубу и, не взорвавшись, застряла в обломках на батарейной палубе, образовавшихся после взрыва третьей бомбы. Всего на корабле погибло 72 человека, а из 90 раненых 16 позже умерли.
Зенитным огнем удалось сбить всего один «Веллингтон».
Главную бронепалубу повредило незначительно. Внешнюю продольную переборку с правого борта около башни «Бруно» выпучило наружу с разрывом ряда сварных швов, что явилось результатом плохого качества сварки. Осколками повредило некоторые броневые плиты барбета, другие покоробило от сотрясения. Частично затопило пост управления зенитным огнем и центральный пост автоматического управления, но механизмы и орудия повреждений избежали.
Взрыв бомбы в надстройке привел к большому числу раненых и убитых, а также вывел из строя множество электрических цепей в носовой части корабля. Без электропитания остались гирокомпасы, сварочные трансформаторы, кубрики и лазареты в носовой части, серьезно повредило системы управления огнем и внутренней связи. Носовые отсеки заполнились густым токсичным газом, затруднявшим борьбу с огнем. Из предосторожности затопили погреба башни «Бруно», но как только пожары погасили, воду откачали.
Когда на борт флагмана 14 апреля прибыл адмирал Лютьенс, специалисты оценили ремонт в 4 месяца. Основную трудность представляла замена правого гребного вала. Параллельно ремонту повреждений на «Гнейзенау» и текущему ремонту котлов на «Шарнхорсте» решили провести модернизацию обоих кораблей, включавшую замену систем управления стрельбой и установку радаров, торпедных аппаратов и дополнительных 20-мм автоматов (14 на «Гнейзенау» и 18 на «Шарнхорсте»). Бой с «Чилиан Рифер» убедил адмирала Лютьенса в необходимости топить торговые суда торпедами, и корабли получили по два трехтрубных 533-мм аппарата — по бортам, перед кормовой группой 150-мм орудий. Катапульту над ангаром сняли, а все оборудование ангара заменили новым. Эти работы помешали обоим кораблям принять участие в апрельской операции «Бисмарка» и «Принца Ойгена».
С начала июня налеты возобновились и самый массированный из них состоялся 24 июля 1941 года. «Гнейзенау», надежно замаскированный сетями, больше повреждений не получал. «Шарнхорста» в Бресте не было. Он к этому времени закончил ремонт корпуса (9 июня), артиллерии (13-го, включая установку торпедных аппаратов) и механизмов (18-го). Назначенные на следующий день ходовые испытания пришлось отложить из-за недостаточного воздушного прикрытия. Только 21 июля «Шарнхорст» в сопровождении 5-й флотилии эсминцев вышел в Ла Паллис для испытаний, на которых свободно развил 30 узлов. Затем наступил черед торпедных стрельб и других упражнений, необходимых для застоявшегося в брестской мышеловке экипажа. Перед возвращением в Брест корабль стал на якорь в Ла Паллисе. Англичане, почти ежедневно производившие аэрофотосъемку Бреста, вскоре обнаружили, что штатное место «Шарнхорста» занято танкером и еще двумя судами, пришвартованными друг к другу, чтобы с воздуха создать эффект крупного корабля. Все силы разведывательной авиации бросили на поиск, и уже 23 июля один из «спитфайров» обнаружил стоявшего на якоре «беглеца». Подготовленные для очередного рейда на Брест тяжелые бомбардировщики перенацелили на Ла Паллис. Первые шесть «стирлингов» не добились попаданий, также как 30 ночных устаревших «уитли». Не удалась и попытка семи «бофортов» обставить линкор магнитными минами. И только произведенная днем 24 июля с высоты 3000 — 3700 м атака 15 «Галифаксов», вооруженных 227-кг фугасными и 454-кг бронебойными бомбами (по другим данным, первые были полубронебойными, а вторые весили 908 кг), дала результат.