«Жемчуг» : в дальневосточных водах
Утром 9 октября 1905 года контр-адмирал О.А.Энквист получил официальное извещение от американского командующего адмирала Рейтера, что отряд свободен.
На следующий день были получены замки орудий из арсенала порта Кавите и вскоре установлены на свои места. Командиру «Жемчуга» поступил приказ из Петербурга отделиться от отряда и самостоятельно следовать во Владивосток. На палубу крейсера загрузили 150 т угля. 14 октября в 12.20 «Аврора» и «Жемчуг» покинули бухту Манилы, обменявшись с американским флагманом троекратными «ура». «Аврора» вышла на определение девиации компасов, а «Жемчуг» взял курс на север. Крейсера расставались навсегда.
В это время в Петербург шли бумаги с заказами на выполнение работ, которые не были завершены в Маниле, а также и на оборудование, утраченное в ходе похода и боя. «Жемчугу» требовалось подъемное приспособление крышек цилиндров главных машин; новый вентилятор бортовых машин; 6 чугунных труб мусорных эжекторов; медные трубы холодильников; три лопасти правого винта; обшивка руля; валиковая рулевая передача; лазаретный дистиллятор; одно прожекторное рассеивающее стекло; новый совок кормового минного аппарата; 10-жильный кабель рулевого привода; паровой катер и шлюпбалка к нему; подкрепления для двух 120-мм шкафутных орудий и рельсовой минной подачи.
А во Владивостоке нарастала смута. В городе было много воинских частей, сформированных из запасных и новобранцев. Располагались они в палатках, питание получали весьма скудное, увольнение в запас задерживалось, все это вместе с агитацией подогревало недовольство. Расплодилось немало партий, стремившихся к захвату власти. В это время сюда и пришел крейсер «Жемчуг». Команда корабля представляла прекрасный материал для агитационной работы. Уже в ноябре 1905 года она числилась в докладе контр-адмирала Греве как неблагонадежная. Пока П.П.Левицкий разбирался с крамолой на транспорте «Воронеж», команда крейсера усиленно обрабатывалась береговыми агитаторами и в результате в ходе второго владивостокского восстания присоединилась с оружием к мятежному гарнизону.
10 января 1905 года на крейсер явились два вооруженных матроса и в ультимативной форме потребовали отпустить команду на берег. Старший офицер капитан 2 ранга Вяземский доложил командиру; когда тот вышел на палубу, часть матросов с винтовками уже толпилась у трапа. На приказ командира поставить оружие матросы ответили молчанием, а прибывшие агитаторы заявили, что они выступают как представители гарнизона крепости. Матросы, несмотря на увещевания офицеров, сошли на лед и отправились в город. После многотысячного митинга разношерстная толпа двинулась в центр и была встречена пулеметным огнем, появились убитые и раненые. Восставшие на некоторое время захватили город и изгнали из него верные командованию части. Присланные из Маньчжурии войска во главе с генералом Мищенко подавили восстание. Команда крейсера «Жемчуг» была разоружена и списана на берег, после чего всех матросов (1200 человек с разных судов и из Сибирского экипажа) выслали из города, а 402 моряка были отданы под суд.
В 1906 году на рейде Владивостока портовое судно «Усердный», ломая лед для прохода крейсера «Жемчуг», ударило его в нос и повредило форштевень и два листа обшивки. Крейсер, только что выведенный из дока, пришлось опять ставить на ремонт, который обошелся казне в 1400 рублей. Расследование пришло к выводу, что машина сама включилась на передний ход, хотя команда была подана на задний.
Во время третьего владивостокского восстания команда «Жемчуга» ничем себя не проявила. В ноябре 1907 года команда посыльного судна «Шилка», недовольная начальством, захватила судно, которое в это время находилось в плавании у Камчатки. Против мятежников был выслан «Жемчуг», команда которого, видимо, к тому моменту считалась вполне благонадежной. Крейсер догнал «Шилку», между ними произошло вооруженное столкновение, оба судна получили повреждения. В результате порядок был восстановлен, а сам факт бунта скрыт начальством. Возможно, это было всего лишь стихийное выступление на почве злоупотребления властью командиром и офицерами.
С мая 1906 года крейсера «Аскольд» и «Жемчуг» числились в составе Сибирского флотского экипажа. В смутное время крейсер, поизносившийся за время войны, не ремонтировался. Значительный период он находился в вооруженном резерве. Вследствие увольнения запасных, а также сокращения срока службы до 5 лет, на корабле возник некомплект личного состава, в особенности специалистов. По новой организации Сибирской флотилии «Жемчуг» в 1907 году вошел в состав Владивостокского отряда.
Несмотря на плохое техническое состояние машинной установки, крейсер ежегодно совершал плавания по бухтам Приморья и, чередуясь с канонерской лодкой «Манджур», нес станционерскую службу в Шанхае. В мае 1907 года его направили на помощь французскому крейсеру «Шанзи», севшему на камни у берегов Китая, однако к моменту прихода «француз» был разбит волнами. Кроме того, «Жемчуг» совершал непродолжительные плавания по китайским портам. В 1908 году он доставил в Японию посла гофмейстера Малевича-Малевского, а его предшественника камергера Бахметьева — во Владивосток. Курс стрельб проводился неукоснительно. Корабль ходил под одной кормовой машиной, в действии была только половина котлов. К 1909 году были заказаны трубки для холодильников и котлов, а также золотники для ЦСД и ЦНД, часть заказа выполнил Невский завод.
К этому времени сдали на берег снятые с вооружения десантные пушки Барановского (их заменили пулеметы) и ненадежные метательные мины, все еще числившиеся на вооружении паровых катеров.
С начала 1910 года «Жемчуг» находился в капитальном ремонте. В октябре и ноябре он несколько раз выходил в море для испытания машин. Крейсером в это время командовал капитан 2 ранга Вяземский, бывший первым старшим офицером «Жемчуга» (во время Первой мировой войны Вяземский в чине капитана 1 ранга погиб, командуя линкором «Слава»).
Отремонтированный крейсер кампанию 1911 года проводил в практическом плавании как флагманский корабль командующего флотилией. В мае военный министр с борта «Жемчуга» осматривал залив Петра Великого. В августе на рейде Владивостока состоялась передача Японией транспорта «Ангара», захваченного в Порт-Артуре, его сопровождали старые знакомые «Жемчуга» броненосные крейсера «Ниссин» и «Касуга» под флагом контр-адмирала Ясиро.
Кампанию 1912 года «Жемчуг» начал 15 апреля проведением минных и артиллерийских стрельб. Летом он совершил плавания по бухтам Приморья и Татарского пролива до Императорской гавани. В августе участвовал в совместных маневрах армии и флота, которые стали традиционными. Совершив осеннее плавание по бухтам залива Петра Великого, 2 ноября крейсер вступил в вооруженный резерв в бухте Золотой Рог.
Следующий год «Жемчуг», начав кампанию 5 апреля, провел в плавании вблизи своих берегов, а также в Шанхае и Ханькоу, где выполнял функции стационера. 1914 год встретил там же, охраняя российских подданных и донося об обстановке в Китае, где произошла революция. В середине мая прибыл во Владивосток и приступил к переборке машин и чистке котлов. Его командира капитана 2 ранга К.П.Иванова 13-й (императорским приказом ему было установлено числиться в списках флота под номером 13, под которым он участвовал в последнем бою крейсера «Рюрик», будучи его последним командиром) произвели в капитаны 1 ранга. В то время был принят новый статут военного ордена Георгия Победоносца, в котором восстановили положение о производстве георгиевских кавалеров в следующий чин, а Иванов 13-й за вышеупомянутый бой удостоился Георгия 4-й степени. Интересно отметить, что Иванов 13-й сменил на «Жемчуге» Иванова 6-го. Через месяц Иванов 13-й был переведен из Сибирской флотилии на Балтийский флот. В командование «Жемчугом» вступил последний его командир капитан 2 ранга барон И.А.Черкасов.