Контр-адмирал Энквист полагал, что американцы дадут возможность нашим кораблям произвести необходимые исправления и снабдят их углем. Трудно сказать, откуда взялись эти ожидания, но ответ американского правительства, которому было доложено об обстоятельствах захода русского отряда, был категоричен: 24 часа - и уход или разоружение, так как корабли пострадали не от стихийного бедствия, а в ходе боевых действий. Энквист настаивал на предоставлении времени для восстановления заделок с пробоин, снятых для осмотра перед комиссией из американских инженеров. Ответ из Вашингтона лишь подтвердил предыдущие требования. Отряд оказался в безвыходном положении. Заделать пробоины и принять полный запас угля за сутки было невозможно. К тому же с судов, пришедших в Манилу, сообщили, что в нейтральных водах русский отряд ожидают японские крейсера...
Вопрос разрешился царской телеграммой, полученной поздно вечером: "Ввиду необходимости исправить повреждения, разрешаю вам дать обязательство американскому правительству не участвовать в военных действиях. Николай". По любезному приглашению американцев в военно-морской госпиталь были отправлены тяжелораненые (с "Олега" - пять нижних чинов). По определению комиссии, для ремонта крейсера было необходимо минимум 60 суток. Американцы выделили место для стоянки крейсеров в бухте, за брек-ватором. Поступила телеграмма от императора с благодарностью и утешением, и как бы прощением за бегство с поля боя. Энквист ответил за весь личный состав верноподданническим посланием. 27 мая лейтенант американского флота принял на "Олеге" замки от орудий, офицеры дали письменное обязательство не участвовать в боевых действиях и не покидать Манилу, за нижних чинов поручился адмирал.
Контракты на ремонт корпуса "Олега" заключили с местными заводами. Поврежденные листы обшивки снимались, для чего высверливались заклепки и либо выправлялись, либо заменялись новыми. В работах принимала участие и команда. Машины же разбирать было нельзя, с моря часто налетали тайфуны, и корабли, стоя на двух якорях, еще и подрабатывали машинами, чтобы их не выбросило на берег.
На "Олеге" несколько раз проводились аукционы по распродаже вещей убитых моряков. К несчастью, список погибших вскоре пополнился: в результате срыва горловины нижнего коллектора котла № 10 были насмерть обварены два человека (кочегары Коровин и Плешко).
В воскресенье 24 июля отслужили обедницу, и командир поздравил команду "Олега" с годовщиной плавания. Для того чтобы одеть экипаж, адмирал заключил соглашение с американцами на поставку обмундирования, причем американского образца. Матросы получили ботинки со шнурками, которые в российском флоте считались "верхом разврата".
После ремонта приступили к покраске подводной части, для чего крейсер накренили. Затем взялись за покраску бортов. В середине августа в городе вспыхнула эпидемия холеры. Ограничили съезд команды на берег, провели дезинфекцию, но беда все же не миновала "Олега". Возвращаясь с берега, прапорщик по механической части Соколов упал с катера за борт и нахлебался воды, после чего с признаками холеры был помещен в береговой госпиталь. Там он 24 августа и скончался, прослужив на флоте всего один год.
Налетевший с норда шквал не застал моряков врасплох: цепи были потравлены и машины разогреты. Во время бури парусная шхуна "Сара" под американским флагом, гонимая ветром и волнами, налетела на таран "Олега" и затонула у левого борта. Команду из трех филиппинцев удалось спасти. Шхуну, чтобы она не загромождала фарватер, через несколько дней подорвали зарядами, использовав 15,7 фунта пироксилина.
Молитвой и молебном отметили 20 сентября храмовый праздник. В судовой церкви "Олега" отец Порфирий совершил обряд крещения в православную веру сына американского гражданина Делли и жены его Флоренс, новорожденный был назван Олегом в честь князя Олега Брянского чудотворца. Восприемником от купели был мичман Пилипенко.
После подписания мирного договора с Японией на русских крейсерах стали готовиться к походу: чистили подводную часть силами всех водолазов отряда, проверяли машины, принимали провизию и уголь. 10 октября 1905 г. американское правительство объявило, что отряд свободен от всяких обязательств. Из берегового арсенала были доставлены замки к 36 орудиям крейсера "Олег". Утром 15 октября, отслужив молебен, вышли на рейд, "Олег" вступил в кильватер "Авроре". Адмирал Энквист поздравил экипажи с началом похода на Родину. "Жемчуг" взял курс на Владивосток, а "Аврора" и "Олег" направились в Сайгон.
