На новую организацию, значительно больше соответствующую решению возможных боевых задач, французский флот перешел 27 августа. Теперь он состоял из Морских сил Юга под командованием адмирала Эстева, Морской дивизии Леванта под командованием адмирала Карпантье и, наконец, бывшей Средиземноморской эскадры, ставшей соединением Открытого моря под командованием Олливе. На «Альжери» по-прежнему держал свой флаг вице-адмирал Дюпла, совмещавший сразу три должности: командующего 3-й эскадрой, 1-й эскадрой крейсеров и входившей в ее состав 1-й дивизии крейсеров (включавшей «Дюпле», «Фош» и «Кольбер»).
Морские операции начались еще до объявления войны. Уже 31 августа Соединение Открытого моря конвоировало войсковой караван «R3», состоявший из семи больших пассажирских судов и перевозивший армейские части на Корсику, которой, как считалось, угрожает вторжение итальянцев. Место «Дюпле» в дивизии на это время занял «Дюкен». Затем 3-я эскадра перешла из Тулона в Оран, причем весь путь занял 16 часов. В 17 часов 3 сентября последовало формальное начало военных действий. Поскольку Италия оставалась нейтральной, обстановку на Средиземном море можно было считать стабильной. 18 сентября тяжелые крейсера покинули Оран и на следующий день прибыли в Тулон. Французы старались как можно скорее довести боеготовность наиболее востребованных боевых единиц до нужного уровня. В конце сентября «Альжери», «Дюпле» и «Фош» выходили на рейд Салэн для совместных практических стрельб главным калибром.
В эти же дни союзники получили сведения о нахождении в Атлантике германского «карманного линкора» «Адмирал граф Шпее», потопившего 30 сентября транспорт «Клемент». Французское Адмиралтейство решило принять участие в организуемой британцами охоте на «немца». Для этого организовали оперативное соединение «X» в составе быстроходного линкора «Страсбур» и двух самых современных тяжелых крейсеров — «Альжери» и «Дюпле». Англичане добавили к ним легкий авианосец «Гермес».
Подготовка к охоте началась 7 октября. «Альжери», «Дюпле» и два лидера перешли в Оран, а 10 октября вышли в океан и в сотне миль от Касабланки встретились со «Страсбуром» и «Гермесом», шедшими в сопровождении самых современных лидеров «Вольта», «Лё Фантаск» и «Лё Терибль». Впрочем, легким кораблям пришлось вернуться в Касабланку: в продолжительном крейсерстве их скорость являлась куда менее важной, чем дальность. С отрядом остался только «Вольта», и то ненадолго. После случившейся на нем аварии лидеру пришлось последовать за своими товарищами.
Между тем соединение «X», которым командовал вице-адмирал Дюпла на «Альжери», 14 октября достигло Дакара. 18-го числа крейсер в сопровождении лидера «Л'Одошес» совершил бросок во Фритаун, куда прибыл утром следующего дня. Там французского адмирала ожидал его британский коллега, командующий южноатлантической эскадрой адмирал Лайон. Адмиралы обсудили план совместных действий, и «Альжери» на другой день вернулся в Дакар.
Первый поисковый поход соединения «X» (в него теперь опять входили три лидера) состоялся с 23 по 29 октября. Эту неделю французские корабли патрулировали по контуру между Дакаром и точкой 5° с.ш. 34° з.д. 25 октября в эту «сеть», наконец-то, попалась жертва. Замеченный с борта «Альжери» транспорт без государственного флага был остановлен «Фантаском» и «Териблем». Им оказался германский пароход «Санта Фе», следовавший из Бразилии с грузом кофе и хлопка. В следующие дни были остановлены еще четыре транспорта. Следует отметить, что в первом серьезном походе у большинства французских кораблей проявилась недостаточная надежность механизмов. Постоянные поломки то на одном из них, то на другом привели к тому, что вечером 26-го Дюпла отдал приказ на возвращение. Кроме того, лидерам явно не хватало запасов топлива. Лучше других держались «вашингтонские» крейсера. В полдень 27-го они отделились от остального отряда для проверки сигнала тревоги, поступившего с английского парохода «Килдейл», сообщавшего об атаке «германскими кораблями». Через двое суток соединение «X» вернулось в Дакар.
А 7 ноября начался второй недельный (до 13 ноября) поход. На этот раз отряд взял курс прямо на запад, чуть южнее островов Зеленого мыса. Выход оказался неудачным: ни один германский транспорт перехватить не удалось, «карманные линкоры» орудовали далеко от этих мест, а «Гермес» ухитрился потерять два самолета, экипажи которых удалось спасти французским лидерам.
Отчасти из-за столь сомнительных результатов деятельности мощного соединения командование решило под благовидными предлогами прекратить патрулирование. «Страсбур» собирался домой, за ним должен был последовать «Альжери», у которого на конец года планировался очередной ремонт. Соединение «X» состояло теперь из «Гермеса», «Дюпле», подошедшего в Дакар «Фоша» и двух лидеров. Им по-прежнему командовал Дюпла, передавший свой флагман адмиралу Моро. Теперь «Альжери» возглавлял соединение «Y», включавшее также «Страсбур» и лидер «Л'Одошес». 24 октября оно отправилось на север с тем, чтобы перевести корабли в воды метрополии, часть — в Брест, часть — в Тулон. Именно в этот порт направился и «Альжери». К тому времени Средиземноморский флот прекратил свое существование, а входившие в его состав 2-я, 3-я и 4-я эскадры действовали самостоятельно, следуя непосредственным распоряжениям Адмиралтейства.
В последний день 1939 г. «Альжери» встал на ремонт в Тулонском арсенале. Работы заняли весь январь 1940 г., а 1 февраля адмирал Дюпла вновь поднял на нем свой флаг. Год начинался почти как в мирное время. Весь февраль 1-я дивизия крейсеров занималась обычными упражнениями на рейде Салэн с небольшими выходами в открытое море. В марте «Альжери» ждало более интересное задание. Вновь созданному оперативному соединению «X», имевшему теперь более чем странный состав — «Альжери» и лайнер «Бретань», предстояло перевезти в Канаду часть золотого запаса Франции — 3000 ящиков весом 147 т и стоимостью около 7 миллиардов тогдашних франков. Отряд покинул Тулон 10 марта в сопровождении трех лидеров и отправился по известному маршруту Оран — Гибралтар, и затем через Атлантику. 22 марта конвой уже у Галифакса встретили канадские корабли, а на следующий день в течение восьми часов моряки выгружали свой драгоценный груз на землю Североамериканского континента.
На обратном пути «Альжери», его «собрат» 10 000-тонный «Кольбер» и вспомогательный крейсер «Виктор Шёлыиер» эскортировали два транспорта с важным грузом — 82 самолетами, заказанными в США. Выйдя в море 29 марта, 8 апреля конвой распался. Транспорты и «Шёльшер» в сопровождении эсминцев отправились в Касабланку, а «Альжери» с «Бретанью», имевшие наибольшую дальность, взяли курс сначала на Оран, а затем на Тулон, куда и прибыли 10 апреля, попав по пути в небольшой шторм.
В это время на севере Европы происходили важные события. Сначала немцы опередили союзников в Норвегии, оккупировав эту страну и Данию. А в начале мая началось германское наступление против самой Франции, Бельгии и Голландии. Средиземноморский же флот в ожидании вступления в войну Италии продолжал вести довольно беззаботное существование, оставаясь на месте. Его в очередной раз реорганизовали; теперь он состоял из Ударного соединения («Форс де рейд»), базировавшегося на Мерс-эль-Кебир, нового соединения «X», располагавшегося восточнее, в Александрии или Бизерте, и 3-й эскадры, которая должна была оставаться в Тулоне. Последнюю (в составе 1-й дивизии крейсеров и пяти дивизионов лидеров, всего 4 крейсера и 14 «контр-торпийеров») возглавлял вице-адмирал Дюпла, по-прежнему державший флаг на «Альжери». Предполагалось, что эскадра будет охранять французское побережье от вторжения и при возможности проводить операции против объектов в Италии.
Пока же корабли 3-й эскадры продолжали учебные занятия (в основном в районе рейда Салэн). В течение мая «Альжери» несколько раз выходил в море вместе с «Дюпле» и «Кольбером». Когда, наконец, в полночь 10 июня война с Италией была объявлена, готовность эскадры достигла высокого уровня, и адмирал Дюпла запросил разрешения немедленно начать давно запланированные операции. На следующий день его корабли собрались на открытой и плохо защищенной стоянке рейда Салэн, где в течение суток ожидали приказа, которого так и не последовало. Однако как только эскадра вернулась в Тулон, поступило сообщение о бомбардировке Бизерты неприятельской авиацией. И тут, наконец, Дюпла получил долгожданное «добро» на обстрел прибрежных городов Италии.
Французские корабли еще находились у причалов, когда последовала бомбардировка Тулона с воздуха. Бомбы легли довольно точно, между «Альжери» и стоявшими мористее лидерами «Вобан» и «Шевалье Поль». По счастью, все они избежали повреждений, но боезапас зенитной артиллерии пришлось экстренно пополнять.
Операция, целью которой являлась Генуя, началась в ночь на 14 июня — с небольшим запозданием. В отличие от других военно-морских баз Италии, этот большой город, по сведениям, защищался только 152-мм батареей. В 3.50 примерно в 20 милях от мыса Вадо 3-я эскадра разделилась на две части: группу «Вадо» в составе «Альжери», «Фоша» и 5-й дивизии лидеров (3 единицы) и группу «Генуя» в составе «Дюпле» (флаг командующего группой контр-адмирала Дерьена), 7-й и 2-й дивизий лидеров. Подойдя ближе к берегу, в 4.22 группа «Вадо» легла на курс 270°, а спустя две минуты довернула на курс 200°. В 4.26 «Альжери» открыл огонь с дистанции около 70 кбт от маяка Вадо. Его целью являлись нефтяные резервуары в одноименном местечке, расстояние до которых было оценено в 77 кбт. Огневой налет продолжался 14 минут, причем в 4.31 корабли отвернули на 20° влево, следуя контуру побережья. Первое (и, как оказалось, последнее) боевое испытание для главного калибра прошло вполне успешно. Ведя стрельбу в среднем темпе, 8-дюймовки не давали пропусков; все механизмы работали исправно.
Итальянцы не остались безучастными. В рассветной мгле справа по курсу французских кораблей показались торпедные катера 13-й флотилии (MAS-534, 535, 538 и 539). В ходе короткой атаки они выпустили шесть торпед, но, опасаясь слишком сближаться с сильным быстроходным отрядом, лишь слегка попугали французов. Оба крейсера открыли по катерам огонь вспомогательным калибром; их поддержал лидер «Эгль». Начала стрельбу и итальянская береговая артиллерия, к которой присоединился флотский бронепоезд №3. Впрочем, стороны разошлись вничью, только осколками на MAS-535 были ранены три члена экипажа. В это время «Фош» совместно с 5-м дивизионом «контр-торпийеров» обстреливал металлургический завод.
Несмотря на непродолжительность обстрела, «Альжери» удалось добиться определенных результатов: на берегу горели один из резервуаров и газгольдер. Но разрывы снарядов береговой батареи стали ложиться все ближе и, хотя до сих пор корабль не испытал никаких последствий, кроме незначительного сотрясения корпуса, адмирал дал приказ на отход. Через 10 минут крейсер увеличил ход сначала до 23, потом до 26 уз. и успешно вышел из-под обстрела. Единственным пострадавшим с французской стороны стал эсминец «Альбатрос», «поймавший» 6-дюймовый снаряд. Ограниченные размеры театра позволили быстро вернуться домой: после 6-часового перехода на скорости от 25 до 27 уз. корабли 3-й эскадры в 11.30 бросили якоря в Тулоне.
Операцию «Вадо» можно считать довольно удачной, однако она уже никак не могла повлиять на общую обстановку, которая складывалась для Франции трагически. Страна проигрывала войну. Германские танки практически без сопротивления катились на юг. Правительство предпочитало вывезти все, что можно, на другой берег Средиземного моря, во Французскую Африку. 17 июня 3-я эскадра выполнила последнее боевое задание. Все четыре крейсера и три дивизии лидеров прикрывали большой конвой «6Р» в составе 17 транспортов, направлявшийся из Марселя в Оран. Корабли адмирала Дюпла проследовали до Балеарских островов и на следующий день вернулись в Тулон. На этом война для «Альжери» закончилась. До подписания соглашения о «перемирии» (фактически капитуляции) с Германией он оставался в своей базе.
