Флагман Сибирской флотилии
24 мая 1906 года крейсер, состоявший со времени постройки в Балтийском флоте, был переведен в Сибирскую флотилию, а его команда — в Сибирский флотский экипаж. Летом «Аскольд» несколько раз выходил в Амурский залив на практические стрельбы, обходил ближайшие к Владивостоку бухты, а половину осени провел в доке.
В полдень 1 февраля 1907 года «Аскольд» с новым командиром капитаном 2 ранга С.А.Глизя-ном вышел в первый послевоенный дальний поход. После захода в Шанхай направился к берегам Индокитая. Здесь 15 марта, следуя в Сайгон под проводкой лоцмана, «Аскольд» сел на мель, не обозначенную на карте. Попытки сойти с нее, работая машинами назад, сначала результата не давали, но примерно через час прилив освободил крейсер. Впоследствии при доковании между горизонтальным и боковым килем правого борта обнаружили вмятину длиной около 40 м. Посчитав, что влияния на прочность корпуса и ходовые качества она не оказывает, ее решили не исправлять.
На обратном пути «Аскольд» посетил Гонконг, Амой, Шанхай и Циндао и 30 апреля вошел в бухту Золотой Рог.
Кредиты на плавание в текущем году крейсер израсходовал, поэтому с 1 июня заступил в вооруженный резерв. Часть команды списали в экипаж, оставшиеся же вместе с рабочими порта занимались ремонтом машин и заменой 152-мм орудий.
В течение 1908 года «Аскольд» девять месяцев простоял в вооруженном резерве и лишь три месяца (с 20 августа по 20 ноября) числился в «плавании». После ухода на Балтику уцелевших после Русско-японской войны эскадренного броненосца «Цесаревич», броненосных крейсеров «Россия», «Громобой», крейсеров «Олег» «Богатырь», «Аврора», «Диана» и «Алмаз» в водах Дальнего Востока самым крупным и сильным русским кораблем оставался «Аскольд», ставший флагманским кораблем Сибирской флотилии. На время ремонтов и докований «Аскольда» флагманом становился «Жемчуг», второй и последний крейсер флотилии.
В навигации 1908—1910 годов «Аскольд» несколько раз выходил в море на пробы машин, боевую подготовку и осмотр бухт Приморского края. Текущие ремонты выполнялись силами личного состава с привлечением рабочих порта, но техническое состояние механизмов с каждым годом ухудшалось, и 1 января 1911 года крейсер стал на капитальный ремонт.
После получения разрешения морского министра бортовые надводные аппараты сняли, а порты в бортах заделали. Кроме того, с носового мостика сняли два 47-мм орудия, а на заградитель «Уссури» передали радиостанцию. Погреб мин заграждения переоборудовали в кладовую для матросского обмундирования первого срока.
Так как «Аскольд» был назначен флагманским кораблем Сибирской флотилии, по просьбе командира было увеличено сверх штата количество коек в каютах для размещения штаба.
Капитальный ремонт крейсера использовали и для совершенствования живучести корабля. Специальной системы выравнивания крена в проекте предусмотрено не было, для этой цели приходилось наполнять водой котлы. Но в 1907 году приказом по Морскому ведомству такая практика, сокращавшая срок службы котлов, была запрещена. Задачу решили, соединив приемные и отливные трубы трюмно-пожарных донок 4-го и 5-го котельных отделений с коффердамами.
К сентябрю 1912 года произвели замену трубок в котлах, изготовили и установили новые дымовые трубы, перебрали главные и вспомогательные механизмы, отремонтировали в доке забортную арматуру, руль, установили новые сальники и заменили бакаут в дейдвудных трубах. 22 сентября «Аскольд» вышел в море на испытание механизмов, однако удалось достичь скорости только в 17,46 уз.
9 ноября 1912 года «Аскольд» ушел в практическое плавание с учениками унтер-офицерами. За 3 месяца и 21 день крейсер прошел 11 038,5 мили, не имея ни одной серьезной поломки в механизмах и котлах. Состояние машин к концу плавания оказалось значительно лучше, чем при выходе из ремонта.
24 сентября 1913 года «Аскольд» вышел на испытание механизмов на полный ход. Уголь низкого качества (сучанский), недостаточно опытные в большинстве своем машинисты и кочегары, значительное обрастание подводной части корпуса определили результат: при давлении пара в котлах 16 атм и 112—120 об/мин скорость на мерной линии составила 18,4 уз. В связи с тем, что развитие контрактной скорости после капитального ремонта не являлось обязательным, а механизмы выдержали многочасовое испытание, комиссия признала их «достаточно удовлетворительными». Для достижения максимально возможного хода комиссия рекомендовала провести ряд прогрессивных испытаний после возвращения из заграничного плавания. В октябре крейсер выходил на испытание механизмов перед походом и развил скорость 20,11 уз.
Третье учебное заграничное плавание «Аскольда» продолжалось четыре месяца: с 1 ноября 1913 по 28 февраля 1914 года. На первом же переходе из Владивостока в Гензан появился стук в валопроводе средней машины и ее вывели из действия. После разобщения гребного вала и машины стук все равно продолжался. Поэтому пришлось дальнейшие переходы совершать без средней машины.
В свой последний мирный учебный поход «Аскольд» прошел по маршруту Владивосток—Гензан—Гонконг—Сайгон—Паданг—Батавия—Сурабая—Манила—Владивосток 10 711 миль. Всего за 1913 год крейсер имел 1686 ходовых часов и прошел 17 226 миль.
По возвращении во Владивосток 1 марта крейсер стал в текущий ремонт, но уже 17 апреля снова вышел в море для боевой подготовки, приняв на борт молодых матросов. 28 апреля в результате столкновения с минным заградителем «Монгугай» «Аскольд» получил повреждения и был поставлен в док. Кроме аварийного ремонта на кормовой надстройке между грот-вантами и прожекторами установили две треноги для кормовых пулеметов и сделали съемную площадку к 75-миллиметровому орудию № 7 для установки прибора обучения наводке. Более серьезные ремонтные и модернизационные работы — такие как увеличение углов обстрела 152-мм орудий — отложили на осень, когда предполагался более продолжительный ремонт перед зимним походом в заграничное плавание.
Однако события в далекой Европе резко изменили судьбу крейсера и его экипажа.