Надвигающиеся на Дальнем Востоке грозные события наконец-то заставили МТК обратить внимание не только на строительство новых, но и на ремонт и модернизацию старых кораблей. 29 апреля 1903 года управляющему Морским министерством вице-адмиралу Ф.К.Авелану был направлен доклад о том, что входящие в состав Учебно-артиллерийского отряда "Император Александр II", "Наварин" и "Память Азова" вооружены нескорострельной артиллерией среднего калибра, имеющей к тому же значительный износ стволов. По мнению комитета следовало "теперь же озаботиться" изготовлением орудий для этих кораблей, причем 305-мм орудия с их установками оставить без замены, 229-мм (на "Императоре Александре II") и 203-мм (на "Памяти Азова") заметить 203-мм с длиной ствола 45 калибров, а все 152-мм картузные - орудиями Канэ того же калибра. Ф.К.Авелан одобрил это предложение.
Ровно через три месяца старший инженер-механик Костомаров провел, по поручению МТК, обследование механизмов "Наварина". По его результатам МТК доложил Ф.К.Авелану, что машинам необходим большой ремонт, котлы имеют течи в корпусе и требуют "особо искусной работы". Поэтому броненосец предполагалось оставить зимовать в Ревеле, но поручить выполнять работы на нем мастеровым Франко-Русского завода, которые прибыли бы туда. Ф.К.Авелан согласился и с этим предложением. Однако Франко-Русский завод отказался принять заказ на ремонт котлов, поэтому 5 сентября 1903 года. МТК предложил поручить все работы Кронштадскому пароходному заводу. И вновь управляющий министерством выразил свое согласие с предложением МТК.
Уже в начале декабря 1903 гола Ф.К.Авелан распорядился "оставить "Наварин" в 1904 году без кампании, заменив его в Учебном отряде броненосцем "Император Николай I"" и в кратчайшие сроки провести на нем капитальный ремонт. Казалось бы, решение принято, но уже 11 декабря Ф.К.Авелан согласился с предложением ГУКиС отложить перевооружение и ремонт "Наварина" на зиму 1904/1905 годов, отремонтировав вначале броненосец "Император Александр II". Основанием к этому решению стало новое освидетельствование котлов "Наварина" выполненное накануне комиссией Кронштадтского порта. Броненосец на кампанию 1904 года вновь был назначен в состав Учебно-артиллерийского отряда, хотя против этого выступал командующий отрядом контр-адмирал Д.Г.Фелькерзам. Все планы Морского министерства нарушило начало Русско-японской войны. В конце апреля 1904 года на Особом совещании с участием Николая II рассматривался вопрос о посылке на Тихий океан кораблей Балтийского флота. В поход назначили и "Наварин".
Работы на броненосце резко ускорились: в мае на него уже установили отремонтированные станки и орудия главного калибра, вернули на место отремонтированные 152-мм орудия. Принятое еще в январе решение МТК заменить их на 152-мм орудия системы Канэ выполнить не представлялось возможным: сыграли свою роль и нехватка производственных мощностей, и опасение задержать отправку эскадры.
Претерпела изменения и малокалиберная артиллерия: вместо четырех 47-мм орудий на спардеке установили столько же 75-мм орудий Канэ, а два из снятых 47-мм перенесли на крыши башен; судя по фотографиям корабля, на боевом марсе вместо 37-мм орудий установили четыре пулемета. Стальную ходовую рубку решили заменить медной, так как прежняя рубка мешала работе главного магнитного компаса (хотя это было известно в течение девяти лет, работу начали только теперь). Интересно отметить, что части медной рубки, заказанные московскому фабриканту Кольчугину, пришлось, чтобы успеть к назначенному сроку, доставить в Санкт-Петербург пассажирским поездом, выкупив для этого весь вагон.
Изменился и внешний облик броненосца - на нем появилась фок-мачта. Высота ее от поверхности воды равнялась 40 м, грот-мачты -45,7 м; между мачтами был натянут леер, от которого к радиорубке шли восемь антенн "беспроволочного телеграфа:".
Основной работой на "Наварине" стал ремонт машин и котлов. В восьми котлах пришлось полностью менять все дымогарные трубки и топки, опреснители заменили новыми системы Круга производительностью до 25 т/ч. В итоге в начале июня 1904 года Наварин, как "закончивший ремонт", вышел на Большой Кронштадтский рейд. 19 июня на корабль прибыла комиссия для приема в казну отремонтированных механизмов. Броненосец покинул Кронштадтский рейд и начал испытания. Первый пробег оказался неудачным: в цилиндре низкого давления правой машины появился стук. После непродолжительного ремонта испытания возобновили и к 1 8 ч 30 мин довели число оборотов до 92. При средней осадке 8 м и мощности машин 7540 л.с. броненосец развил ход 14,8 уз.
Приказом командующего 2-й Тихоокеанской эскадрой контр-адмирала З.П.Рожественского от 23 июня 1904 года эскадренные броненосцы "Наварин", "Ослябя", "Сисой Великий" и крейсер I ранга "Адмирал Нахимов" вошли в состав 2-го броненосного отряда контр-адмирала Фелькерзама.
10 августа 1904 года вопрос о посылке эскадры был окончательно решен в Петергофе на Особом совещании у Николая II и 29 августа в 9 ч эскадра снялась с якоря и направилась в Ревель, где предстояла месячная стоянка для выполнения окончательных доделочных работ и ожидания спешно заканчивавших достройку последних кораблей. 26 сентября состоялся императорский смотр и через три дня, в 5 ч корабли 2-й Тихоокеанской эскадры покинули Ревель - большинство навсегда...
Весь долгий путь до Цусимы "Наварин" прошел в составе отряда Фелькерзама в кильватер броненосцу "Сисой Великий". 21 октября 1904 года эскадра прибыла в Танжер и вечером следующего дня разделилась: основные силы ее направились вокруг Африки, а отряд Фелькерзама - эскадренные броненосцы "Сисой Великий" и "Наварин", крейсер I ранга "Светлана", крейсеры II ранга "Жемчуг" и "Алмаз", миноносцы и транспорты - через Суэцкий канал. 12- 13 декабря корабли без каких-либо затруднений миновали канал и, после небольшого инцидента с местной администрацией в Суэце, прошли Джибути, Рас-Гафун и 15 декабря благополучно прибыли в Носси-Бе, где через 1 1 дней соединился с отрядом З.П.Рожественского.
Стоянка в Носси-Бе продолжалась больше трех месяцев - ждали "догоняющий отряд" капитана 1 ранга Л.Ф.Добротворского, вели длительную переписку с Петербургом, определяли место встречи с Отдельным отрядом контр-адмирала Н.И.Небогатова. В течение этого времени эскадра провела несколько стрельб и учений, причем корабли 2-го броненосного отряда показали значительно лучшие результаты, чем новые броненосцы типа "Бородино>. 3 марта 1905 года эскадра З.П.Рожественского вышла из Носси-Бе прошла Индийский океан и 26 апреля в бухте Ван-Фонг (Южно-Китайское море) встретилась с отрядом Н.И.Небогатова. В 5 ч утра 1 мая объединенная эскадра вышла из бухты Куа-Бе в свой последний поход.
14 мая 1905 года. Около 7 ч утра в тумане показался неизвестный корабль. Через некоторое время удалось определить, что это японский крейсер "Идзуми". Эскадра не открывала огня: дистанция 60 кб, туман и серый, сливающийся с волнами, цвет корпуса "Идзуми" сделали бы стрельбу малоэффективной. Российские корабли продолжали свой роковой путь через Корейский пролив. Через 6 ч они встретили главные силы японского флота под командованием адмирала Х.Того.
Начался бой, ставший для "Наварина" последним. Из команды броненосца осталось в живых всего три человека: сигнальщик И.Седов, кочегар П.Деркач и комендор С.Кузьмин. Поэтому все, что произошло на корабле во время боя, известно лишь со слов этих людей, каждый из которых имел весьма ограниченные сведения об обстановке на броненосце. Наиболее осведомленным из них являлся сигнальщик И.Седов: стоя у входа в боевую рубку, он слышал распоряжения командира корабля капитана 1 ранга Б.А. фон Фитингофа 1 -го и доклады офицеров.
По показаниям Седова "Наварин" получил повреждения в самом начале боя, когда 305-мм японский снаряд попал в левый борт около ватерлинии в районе носового торпедного аппарата. Это случилось около 15 ч, сразу после гибели броненосца "Ослябя". Примерно через полчаса вышел из строя получивший повреждения "Сисой Великий" и "Наварин" вступил в кильватер броненосцу "Орел". Несколько позже, пытаясь прикрыть вышедший из строя броненосец "Суворов", "Наварин" получил еще два попадания крупными снарядами в корму, еще один снаряд попал в фор-марс и его осколками смертельно ранило Б.А. фон Фитингофа и в командование кораблем вступил старший офицер капитан 2 ранга Дуркин. Перед заходом солнца в "Наварин" попало еще несколько снарядов, была сбита одна труба. Хуже всего было то, что через неплотности в заделанных в корме пробоинах проникала вода и броненосец уже имел крен в 5°. Вплоть до темноты броненосцу удавалось удерживать эскадренный ход, но затем переборки перестали выдерживать давление воды, поступавшей через пробоины у ватерлинии. Залило кают-компанию, стали заполняться смежные помещения. В довершение всего в 1 -м котельном отделении лопнула паровая магистраль, что вывело из действия три котла.
Следует упомянуть также о выдвинутой известным московским историком С.А.Балакиным версии подрыва "Наварина" на одной из мин, которые японские корабли сбрасывали по курсу русской эскадры.
Скорость корабля резко снизилась и он начал заметно отставать от эскадры. Для него, стрелявшего дымным порохом, опаснее всего было остаться в одиночестве во время торпедных атак. И беда не замедлила прийти: японские миноносцы, атаковав одинокий корабль сразу с трех сторон, добились своего. Торпеда, попавшая в кормовую часть левого борта около 22 ч, произвела настолько большие разрушения, что броненосец погрузился кормой до башни. Борьба с заливающей корабль водой продолжалась еще около 4 ч, когда во время очередной атаки торпеда попала в середину правого борта. Через несколько минут, получив еще одно торпедное попадание уже в левый борт, броненосец перевернулся и затонул в точке 1 29°51 'О и 34°54'S. Остатки команды оказались в воде...
До утра дожило около трех десятков человек. Один за другим умирали потерявшие надежду на спасение моряки. Лишь после четырнадцатичасовых страданий И.Седова подобрал японский миноносец, а П.Деркача и С.Кузьмина - английский пароход. Для 681 моряка эскадренного броненосца "Наварин" братской могилой стали свинцовые воды Японского моря.
