После прибытия на Дальний Восток "Сисой Великий" был поставлен на ремонт. В конце XIX века русские дальневосточные порты не имели практически никакой производственной базы, поэтому для ремонта корабли эскадры Тихого океана уходили, как это ни покажется странным, в Нагасаки -один из портов вероятного противника, Японии.
После завершения необходимых работ "Сисой Великий" летом 1 898 года прибыл во Владивосток, где на нем поднял свой флаг младший флагман эскадры контр-адмирал М.Г.Веселаго. В апреле 1900 года на Дальнем Востоке состоялись крупные совместные маневры флота и сухопутных войск. Эскадра, разделенная на "отряд десантной экспедиции" и "блокирующий отряд" (в него вошел "Сисой Великий"), успешно высадила десант на Квантунский полуостров. Командующий эскадрой вице-адмирал Я.А.Гильдебрандт сделал на основании опыта маневров весьма полезные выводы, в частности, о необходимости подчинения приморской крепости командованию флота. Однако отчет адмирала в Петербурге не рассматривался. Возможно, отчасти виной тому было новое обострение международной обстановки в Китае, находившемся в то время под сильным экономическим и политическим влиянием иностранных держав, Эти события нарушили планомерную боевую подготовку эскадры Тихого океана. В конце 1 898 года в китайской провинции Шаньдун, в районах, находившихся под влиянием Германии, обострилось антииностранное движение, организаторами и руководителями которого были тайные общества, известные под собирательным названием "Ихэцюань" - "Кулак во имя мира и справедливости"; европейцы именовали участников движения боксерами. Это движение носило ярко выраженную антихристианскую направленность и пользовалось симпатиями властей Китая. С самого начала событий наблюдалось слияние тайных обществ с официальными структурами. Такие организации, связанные и с тайными обществами, и с властями, получили обобщенное наименование "Ихэтуань" - "Отряды во имя мира и справедливости". Различные повстанческие организации, иногда относившиеся друг к другу весьма враждебно, были едины в своей антииностронной политике. Китайское правительство, открыто не разрывая отношений с великими державами, стремилось использовать восстание для упрочения собственного положения, начав с осени 1898 года подготовку к войне за независимость: реформировалась армия, закупалось современное оружие, формировались новые воинские части и отряды народного ополчения.
Движение ихэтуаней приобрело такой размах, что в декабре 1 899 года на встрече посланников в английском посольстве в Пекине были выработаны общие требования к китайскому руководству, касающиеся борьбы с повстанцами. В марте 1900 года дипломатический корпус направил китайскому правительству предостережение, больше напоминавшее ультиматум; корабли Англии, США, Германии, Италии и Франции провели демонстрацию силы у берегов Китая. Однако любые попытки дипломатического и силового давления но китайцев вызывали обратный эффект - еще большее их озлобление и активность В ответ на прибытие в Пекин отрядов войск для защиты дипломатических миссий в город были введены регулярные китайские войска. В мае 1900 года на рейде Току начала сосредотачиваться междунородная эскадра.
Не осталась в стороне от событий и Россия, опасавшаяся за свое влияние в Китае. 15 мая начальник эскадры Тихого океана вице-адмирал Е.И.Алексеев направил на рейд Таку отряд под флагом контр-адмирала М.Г. Веселого в составе эскадренных броненосцев "Петропавловск" и "Сисой Великий", крейсера I ранга "Дмитрий Донской", канонерских лодок "Кореец" и "Гремящий", минных крейсеров "Всадник" и "Гайдамак"; срочно были вызваны в Току крейсер II ранга "Забияка" и канонерская лодка "Сивуч", которые могли пройти бар реки Пейхо (на берегах которой стоял Таку). На следующий день, 16 мая 1900 года, началась высадка на берег морских десантов. Ответом стало нападение на иностранные дипломатические миссии в Пекине. К международной эскадре продолжали прибывать подкрепления, а Россия сосредоточила к концу мая в китайские водах практически всю свою дальневосточную эскадру.
4 июня начались боевые действия против китайской регулярной армии, после чего она вынуждено была объединиться с отрядами ихэтуаней, а Китайская империя объявила войну всем странам-агрессорам, в том числе и России. Одним из ключевых событий этой войны стал штурм международной эскадрой фортов Таку 4 июня 1900 года.
Десантная рота с броненосцев "Сисой Великий" и "Наварин" в составе 71 матросов (один - с крейсера "Разбойник") под командой лейтенанта барона фон Радена и мичмана фон Дена, имевшая одно орудие, 1 8 мая прибыла в Пекин для охраны дипломатических миссий и объединилась с отрядами других государств.
Здания иностранных миссий располагались в Пекине в пределах двух небольших кварталов между городской стеной и стеной императорского города. Первоначально осажденные предполагали, что придется вести бои только с повстанцами, но 27 мая в город прибыли регулярные китайские войска, а в 18 ч 6 июня произошло первое серьезное нападение на все миссии одновременно. Обстановку тех дней характеризуют записи в "Журнале событий русской десантной роты", который вел ее командир лейтенант Ф.В.фон Раден:
"2 июня. Пошел с 30 матросами и 15 американцами в "Нантан" - спасать христиан, которых, говорят, зверски убивают. По приходе разогнал боксеров, убив до 50 человек, и освободил до 300 христиан... из них многие были страшно изранены; в самом "Нантане"... масса изуродованных трупов женщин, детей и стариков, не успевших бежать...
8 июня. ...китайцы баррикадируют улицы и сжигают дома. Утром китайцы со стены и со всех сторон начали такую жестокую стрельбу, что пули всюду ударялись и жужжали в миссии. Одновременно было жестокое нападение на все миссии...
9 июня. До 12 часов пополудни стрельба была жестокая, зажгли голландскую миссию и разграбили ее... Кругом пылают пожары.
11 июня....Люди переутомлены ужасно... вот уже 5 дней, как мы почти не спим.
13 июня. Всю ночь тушили пожары и отбивались от китайцев... 16 июня. Ночью началась, кроме ружейной, и пушечная стрельба по миссиям...
20 июня. В 2 часа ночи под предводительством капитана Майерса (русские, англичане и американцы сделали атаку и выбили китайцев из их бастиона... 3 июля Австрийцы и итальянцы бросили свои миссии и перешли: первые - к французам, вторые - к японцам, миссии сгорели...
23 июля. Теперь у нас, на "rue des Legations" (Посольская улица. - М.Б.), баррикада стало фортом, способным противостоять даже орудийным снарядам небольших пушек. Назвали его - форт "Наварино-Сисойский"..." Непрерывные бои с китайскими войсками и повстанцами продолжались до 2 августа, когда в 2 ч ночи измученные защитники посольств услышали стрельбу за городом - на помощь прибыли русские и американские войска, к 15 ч полностью занявшие город. Трое убитых, один умерший от дизентерии и двенадцать раненых матросов - таков для "Сисоя Великого" итог "китайской войны". Сам броненосец принял участие во взятии Шан-хай-гуоня.
Весь следующий год броненосец продолжал службу в составе эскадры Тихого океана. Все настоятельнее он нуждался в ремонте и модернизации, но ни Порт-Артур, ни Владивостокский порт не имели для этого технической возможности. Пришлось в декабре 1901 года, несмотря на то, что каждый корабль был на особом счету, включить "Сисоя Великого" в отряд контр-адмирала Г.П. Чухнина, возвращавшийся на Балтику для ремонта и модернизации. Корабли, вышедшие из Порт-Артура 1 2 декабря, прибыли в Нагасаки, откуда "Сисой Великий" по приказу Г.П.Чухнина самостоятельно направился в Гонконг для небольшого ремонта машин. В середине января броненосец вновь соединился с отрядом.
"Сисой Великий" прибыл в Либаву в конце апреля 1 902 года. В мае он принял участие в военно-морском параде по случаю визита в Россию президента Франции Э.Лубе, и лишь в июне уже в Кронштадте на нем начались работы, шедшие очень медленно.
Основное внимание уделялось скорейшему введению в строй новейших кораблей - эскадренных броненосцев типа "Бородино", крейсеров "Олег", "Жемчуг" и "Изумруд", миноносцев, и средства на ремонт старых кораблей отряда Г.П.Чухнина имелись в крайне ограниченном объеме.
На "Сисое Великом" заменили артиллерию, переделали доставлявшую множество хлопот вентиляционную систему, поставили новые котлы. Однако испытания, проведенные после ремонта, выявили низкое качество заводских работ: неполадки были а машинах, котлах, рулевом управлении. Выяснилось также, что артиллерию завод заменил не в полном объеме. Только в августе ] 903 года после приказания управляющего Морским министерством МТК принял меры для ускорения работ на "Сисое Великом".
Приближалась роковая для российского флота и всей империи дата - день начала Русско-японской войны.
