Взорванный крейсер "Изумруд" оставался на камнях в бухте Св.Владимира, когда 11 сентября 1906 года туда прибыла на транспорте "Монгугай" комиссия, назначенная В.Н.Ферзеном, ставшим командиром Владивостокского порта. Осмотр крейсера показал, что кормовая часть, машинные отделения и кормовое котельное отделение разрушены, верхняя и броневая палубы загнуты взрывом вперед, задняя труба и мачта повалены. Все ценное, что можно было сравнительно легко снять с крейсера, год назад уже демонтировали и отправили во Владивосток, а три уцелевших 120-мм орудия оказались сильно поврежденными от взрывов и пожара.
На основании акта комисии В.Н.Ферзен подал в ГМШ рапорт с просьбой разрешить продать остатки "Изумруда". Разрешение было получено, объявлена первоначальная сумма в 50 000 рублей и назначены торги, которые состоялись 2 октября 1907 года. Как сообщил в ГМШ на следующий день В.Н.Ферзен, "покупателей явилось только 5 человек, от надбавки цены отказались, находя [начальную] оценку слишком высокой".
В апреле 1907 года во Владивостокский порт поступило прошение от капитана 1 разряда В.К.Богомолова, предлагавшего свои услуги в разборке крейсера. Однако ГУКиС отклонило это предложение до проведения вторичных торгов, назначенных на 16 февраля 1908 года. Эти торги окончились полным провалом - не явилось ни одного покупателя... Морское министерство предложило новому командиру Владивостокского порта контр-адмиралу Н.А.Матусевичу "снять с "Изумруда" все что можно для практики водолазов", на что последовал резонный ответ, что водолазы на Дальнем Востоке имеются "в ограниченном числе" только в Отряде подводного плавания и разборка ими остатков крейсера невозможна. В конце концов 1 8 декабря 1908 года Владивостокский порт заключил договор с "вольным механиком" А.П.Сташкевичем, который брался за разборку "Изумруда", передавая в порт снятые с крейсера части на сумму 10 000 руб; все снятое вооружение и боеприпасы передавались безвозмездно.
Компания А.П.Сташкевича попыталась обучить работе подводой партию русских рабочих, что окончилась "плачевно - после того, как один из них, Лебедев, чуть не утонул, остальные потребовали расчета"; попытка нанять водолазов в Коммерческом порту также оказалась безрезультатной - капитан порта полковник Егерман ответил, что у него "имеется только три человека", которых едва хватает для обслуживания порта.
В итоге 31 января 1909 года компания А.П.Сташкевича подала во Владивостокский порт прошение о разрешении найма японских водолазов; "участие японцев позволит также обучить русских рабочих, что даст в будущем группу подготовленных водолазов". Разрешение было получено, но участие в работах на "Изумруде" недавних врагов японцев вызвало негативную реакцию прессы, в частности столичных газет "Русское слово" и "Новое время", обвинявших предпринимателя в продаже врагу корабля-героя... Последний раз судьбой "Изумруда" заинтересовались уже в 1930-е годы: страна испытывала острый дефицит броневой стали и тогда вспомнили о броне "Изумруда"; сведения о том, было ли осуществлено это предложение, отсутствуют.
Осенью 1965 года на берегу бухты Владимира, в поселке Тимофеевка Ольгинского района Приморского края, в торжественной обстановке открыли памятник, сооруженный по проекту старшего матроса Ю.Поварницина. Высокую стелу венчает изготовленная из камня чайка, а надпись на барельефе с изображением крейсера гласит: "Крейсеру Изумруд".
Неоднократно организовывались водолазные экспедиции к останкам крейсера. Так, в 1940 году удалось поднять небольшой колокол и ряд других деталей. Спустя 1 1 лет водолаз мичман С.П.Утушкин поднял буквы корабельного названия Д и Ъ, экспонирующиеся в музее Тихоокеанского флота во Владивостоке. В 1981 году члены дальневосточного клуба аквалангистов "Горгона" с помощью С.П.Утушкина вновь обнаружили остов крейсера на глубине 8 м. От корпуса не осталось крупных выступающих частей, но в прозрачной воде четко просматривались киль и ряды шпангоутов.
Впоследствии аквалангисты нашли и подняли ряд предметов - якорь, фрагмент государственного герба России, орудийный щит от 47-мм орудия, швартовый шпиль, множество медных и латунных деталей. Часть реликвий находится в музее Дома офицеров флота в Ольгинском районе, другие поступили в музей Тихоокеанского флота во Владивостоке, несколько находок - в музей Невского завода. Когда в октябре 1905 года "Жемчуг" прибыл во Владивосток, то экипаж корабля сразу стал свидетелем стихийных митингов и собраний с массовым участием в них матросов, их вооруженных столкновений с оставшейся в подчинении властей небольшой частью войск
.В годовщину Кровавого воскресенья, 9 января 1906 года, во Владивостоке прошел митинг, в котором участвовали рабочие порта, солдаты и матросы, а на следующий день вновь состоялся митинг, перешедший в демонстрацию. Утром этого дня на крейсер "Жемчуг" явились два не служивших на нем матроса и потребовали от старшего офицера капитана 2 ранга С.С.Вяземского, чтобы команда с винтовками была немедленно отпущена на митинг. Вышедший к собравшимся на палубе вооруженным матросам командир капитан 2 ранга П.П.Левицкий предупредил их, что "в городе неспокойно, могут и убить", но ни это выступление, ни увещевания офицеров не повлияли на матросов, ушедших в город под командой унтер-офицеров. Вечером они в полном составе вернулись на крейсер.
В этот день во Владивостоке было убито 30 и ранено 56 демонстрантов, жителей города. Была ли в этом вина команды "Жемчуга" - неизвестно. Но корабельный ревизор, артиллерийский офицер крейсера "Жемчуг" лейтенант М.М.Домерщиков5, взял из корабельной кассы 22 054 руб. 76, 5 коп. вверенных ему по службе денег и передал их, по ряду косвенных свидетельств, в Комитет помощи пострадавшим. М.М.Домерщиков был арестован и отдан под суд.
С прибытием во Владивосток верных правительству частей против восставших начались репрессии. Почти вся команда "Жемчуга" была списана на берег, часть матросов - арестована, 10 человек в июне 1 906 года были осуждены военно-морским судом в селе Спасском.
Волнения на Дальнем Востоке продолжались и в 1907 году. Так, утром 17 октября к местам стоянки кораблей в бухте Золотой Рог стали стекаться на митинг рабочие Владивостокского порта и матросы. Но вместо митинга стихийно вспыхнуло вооруженное восстание. На миноносце "Скорый" был убит командир лейтенант А.П.Штер, миноносец отошел от стенки и обстрелял здания военно-окружного суда, дом губернатора, казармы стрелкового полка. Столкновения восставших с оставшимися верными правительству войсками продолжались двое суток.
В 1908 году в командование крейсером "Жемчуг" вступил капитан 2 ранга С.С.Вяземский, вскоре направивший в ГМШ донесение, что "дальнейшее плавание крейсера без надлежащего ремонта надо считать безусловно опасным в смысле сохранения хотя бы относительной исправности механизмов". Тем не менее крейсер оставался в строю, попеременно с канонерской лодкой "Манджур" неся стационерную службу в Шанхае. В июне 1908 года "Жемчуг" совершил кратковременный поход в Японию, доставив туда нового посла России. Это поход оказался для крейсера весьма трудным. Действовали только семь котлов, и вместо предполагаемой скорости 14 уз крейсер лишь временами достигал 10-11 уз, в то время как расход угля составил свыше 110 т в сутки - в пять раз больше спецификационных норм. Хотя осенью 1908 года на крейсере действовали только шесть котлов и лишь одна средняя машина, "Жемчуг" участвовал в плановых учениях, зайдя 1 октября вместе с "Аскольдом" в бухту Св.Владимира, где в это время шла разборка надводной части "Изумруда". В мае 1909 года "Жемчуг" был наконец отозван из Шанхая.
Список дефектов, составленный в сентябре 1909 года, насчитывал: 273 пункта по корпусу, 114 пунктов по минной части, 60 пунктов по артиллерии, 282 пункта по энергетической установке. Частично необходимый ремонт проводился силами экипажа: были выполнены работы по корпусу, артиллерии и минной части; в частности, в 1908 году оборудовали площадки для наводчиков 120-мм орудий, что, однако, сократило углы обстрела: вместо 60° по чертежу они составили у орудия № 1 - 50° (в корму), № 2 - 49° (в корму), № 7 - 47° (в нос), № 8 - 48° (в нос). Однако, согласно рапорту старшего офицера И.А.Черкасова, котлы и главный паропровод находились в неудовлетворительном состоянии.
В декабре 1909 года пришел черед капитального ремонта и модернизации "Жемчуга"; необходимое оборудование поставило Акционерное общество сосновицких трубопрокатных и железоделательных заводов, а все работы выполнялись силами Владивостокского механического завода. После ремонта, закончившегося в октябре 1910 года, в донесениях нового командира корабля капитана 2 ранга К.П.Иванова-Тринадцатого уже фигурировала скорость 19-20 уз и более. Изменился крейсер и внешне - с него сняли обе легкие мачты.
В 1911 году "Жемчуг" являлся флагманским кораблем Сибирской флотилии и на нем держал свой флаг ее командующий - вице-адмирал И.П.Успенский.
Осенью 1911 года по согласованному с МТК решению командующего Сибирской флотилией контр-адмирала К.А.Грамматчикова с крейсера сняли два носовых 47-мм орудия, а освободившийся погреб переделали под 120-мм боезапас.
В 1912 году "Жемчуг" проводил боевую подготовку и нес стационерную службу в китайских портах, а в сентябре принял участие в совместных маневрах флотилии и войск округа. На кампанию 1913 года "планировалось, что судно будет находиться 7 месяцев во внутреннем плавании и 5 месяцев - в вооруженном резерве". В связи с революционными событиями в Южном Китае "Жемчуг" 9 июня 1913 года был послан в Шанхай и находился там в составе международной эскадры под командованием японского адмирала Нова "для защиты европейских интересов"; с крейсера был высажен десант, который нес береговую службу на одном участке с японцами. После этого до конца года "Жемчуг" совершил несколько заграничных плаваний, в том числе - стационером в Ханькоу "для охраны интересов наших подданных и концессии", откуда вернулся во Владивосток лишь 16 мая следующего года. Крейсер поставили в док, очистили и окрасили подводную часть, перебрали механизмы и очистили котлы.
3 июня 1914 года К.П.Иванов-Тринадцатый передал крейсер новому командиру - капитану 2 ранга И.А.Черкасову. 17 июня "Жемчуг" вышел в практическое плавание с молодыми матросами в бухту Славянка, откуда вернулся 17 июля. К этому времени Сибирская флотилия перешла на повышенную боевую готовность, а все начало июля корабли вели интенсивную боевую подготовку, отрабатывая курсы артиллерийских, торпедных стрельб и минных постановок. 1 2 июля командующий флотилией контр-адмирал М.Ф. фон Шульц передал на корабли приказ: "Немедленно прибыть во Владивосток", через неделю, 19 июля, во Владивостокской крепости было введено военное положение.
В 5 ч 30 мин 20 июля 1914 года над крейсером "Аскольд" взвился флажный сигнал: "Германия объявила войну". Флотилия срочно приводилась в боевую готовность.
