Сражение
В 7:28 утра разведчик с крейсера "Тоне" обнаружил американские корабли и тут же послал радиограмму. Командование эскадры оказалось в тяжелой ситуации. На палубах авианосцев стояли готовые к вылету самолеты второго эшелона, кроме того, уже на подлете к эскадре находились самолеты, бомбившие Мидуэй, причем топливо у этих самолетов было уже на исходе. Кроме того, в районе острова летчики обнаружили еще 10 американских боевых кораблей. Нагумо, после 15-минутного раздумья, решил сперва нанести удар по американской эскадре, отложив второй налет на атолл на будущее. В 7:45 бригады аэродромного обслуживания начали спешно перевооружать самолеты торпедами и бронебойными бомбами. Разведчику, обнаружившему американскую эскадру послали радиограмму с приказом определить тип и расположение вражеских кораблей.
Спустя несколько минут, между 7:48 и 8:00, японские авианосцы были атакованы американскими бомбардировщиками В-17, взлетевшими с аэродрома на острове Мидуэй. Американцы сбросили бомбы с высоты 7000 метров, поэтому все бомбы ушли мимо. Отправленные на перехват истребители потрепали американцев, которые тем не менее еще несколько раз посылали бомбардировщики с Мидуэя. Хуже всего пришлось летчиками из отряда американских пикирующих бомбардировщиков SB2U "Vindicator" - не многим из них удалось вернуться на базу. Впервые использованные в бою новейшие бомбардировщики TBF-1 "Avenger" также не добились удовлетворительных результатов.
Гидроплан с "Тоне" продолжал вести разведку и в 8:20 сообщил состав американской эскадры, упомянув, что в ее состав могут входить авианосцы.
В 8:55 вице-адмирал Нагумо приказал начать прием самолетов, возвращающихся с Мидуэя. Все самолеты совершили посадку в течение 23 минут и в 9:18 японские корабли полным ходом начали сближение с американской эскадрой. Тем временем, на авианосцах полным ходом шло перевооружение и дозаправка вернувшихся самолетов (эта стандартная процедура занимала 90 минут), которые вскоре должны были нанести второй удар по американским кораблям.
Внезапно появились американские палубные торпедоносцы Douglas TBD-1 "Devastator". Из-за недоразумения и халатности они были практически лишены прикрытия. Вдобавок, атака пикировщиков и торпедоносцев оказалась плохо скоординирована, поэтому летящие у самой воды неповоротливые "Девастаторы" стали легкой добычей японских истребителей, которые сбили почти все американские торпедоносцы.
Примерно в 10:20 "Акаги" взял круто под ветер и подготовился к старту самолетов. Тут на японский авианосец с небес обрушились американские пикирующие бомбардировщики "Dauntless" из бомбардировочного дивизиона VB-6 (командир - 1-й лейтенант Бест (Best)). Пикировщики несли 1000-фунтовые (454 кг) бомбы. В 10:25 первая бомба детонировала в воде в 10 метрах от борта авианосца, залив полетную палубу и внутренние помещения корабля потоками воды. Вторая бомба, сброшенная экипажем 1-го лейтенанта Эдварда Дж.Крегера (Kroeger), разорвалась в районе центрального подъемника, повредив полетную палубу. Взрыв бомбы уничтожил несколько самолетов, стоявших на палубе и в ангарах, другие машины загорелись. Третья бомба, сброшенная экипажем энсина Т.Уэбера (Weber), разорвалась на самой кромке взлетной палубы, не причинив авианосцу серьезных повреждений. Однако взрыв этой бомбы вызвал пожар в топливных баках самолетов, стоявших в конце полетной палубы в ожидании старта. В 10:29 начали детонировать торпеды, подвешенные на горящих "Кейтах". Подготовленные к взлету торпедоносцы разлетелись на куски. Разлившееся по палубе горящее топливо вызвало пожар - огонь начал стремительно распространяться по кораблю. Корма авианосца окуталась клубами черного дыма. Командир аварийной команды авианосца, лейтенант Добаси тщетно пытался залить водой орудийные погреба и хранилища авиабомб - отказала система электропитания насосов. Система пожаротушения с помощью СО2 вышла из строя еще раньше, при попадании второй бомбы. В довершение картины, взрыв бомбы на корме авианосца заклинил перо руля в положении 20° на левый борт. Машины работали на "полный вперед", поэтому авианосец начал циркуляцию. Попытка управлять ходом корабля с помощью машин не удалась - корабельный телеграф также вышел из строя. Связь с машинным отделением через переговорную трубу также не работала. В 10:43 истребители "Зеро", стоявшие у правого борта напротив боевой рубки загорелись и начали взрываться. Эти взрывы нарушили радиосвязь "Акаги" с другими кораблями эскадры.
Понимая, что флагман обречен, начальник штаба Кусака попросил вице-адмирала Нагумо перенести свой флаг на борт другого корабля. В 10:46 Нагумо вместе со своим штабом покинули корабль по штормтрапу. Около 11:35 детонировали склад авиационных торпед и артпогреба на баке авианосца. Аварийные бригады боролись с пожарами. Капитан корабля, капитан 1-го ранга Аоки еще надеялся спасти авианосец. Однако ситуация определенно вышла из-под контроля и в 13:38 с борта "Акаги" на эсминец "Новаки" передали портрет императора Хирохито.
