Трагическая гибель вице-адмирала Макарова в значительной степени ослабила наступательный порыв русской эскадры, деморализовав как личный состав, так и высшее военное руководство. Опасаясь ещё больших потерь, наместник на Дальнем Востоке адмирал Е.А. Алексеев настойчиво рекомендовал временно исполняющему обязанности командующего флотом контр-адмиралу В.К. Витгефту "не предпринимать активных действий, ограничиваясь производством рекогносцировок крейсерами и отрядами миноносцев", что фактически означало свёртывание деятельности русских военно-морских сил. Этим не замедлило воспользоваться японское командование, без помех осуществив 22 апреля высадку десанта на Квантунский полуостров в районе Бицзыво и создав тем самым непосредственную угрозу Порт-Артуру со стороны суши.22 Считая, что эта операция неприятеля "вменяет морякам в священную обязанность, имея ввиду возможность обложения крепости с суши, тесно сплотиться с войсками и единодушно стать на защиту убежища родного флота и крепости", наместник в специальной телеграмме приказал немедленно передать сухопутному командованию "необходимые орудия, снаряды и требуемую к ним прислугу", приняв одновременно "самые энергичные меры к быстрой организации перекидной стрельбы судовой артиллерии по подступам к сухопутному фронту...".23
Меры по укреплению сухопутной обороны Порт-Артура обсуждались на совместном совещании морского и сухопутного командования, на котором было решено, что эскадра "отдаст...по указанию коменданта крепости все орудия, которые только возможно" и в первую очередь с ремонтирующихся тяжёлых кораблей, для чего был даже разработан специальный график. Разоружение началось уже в конце апреля, причём каждому кораблю 1 ранга вменялось оборудование определенного участка сухопутной обороны с установкой на нём как собственной артиллерии, так и снятой с других боевых единиц. Как следовало из приказа контр-адмирала Витгефта № 32 от 29 апреля 1904 г., "чужие" орудия принимались в ведение ответственного за район корабля, из состава экипажа которого комплектовались и расчёты, за исключением "комендоров-хозяев" (1-2 человека), обязанных "всегда и во всех случаях оставаться со своими орудиями". На долю "Баяна" выпало сооружение орудийных позиций на временном укреплении №5, где предполагалось установить четыре 75мм пушки с "Победы", обслуживаемые личным составом крейсера и обеспечиваемые, ввиду особых условий, всеми расходными материалами "в полуторном против положенного во время плавания количестве". В последующем аналогичные работы проводились экипажем крейсера на укреплении № 2, а также совместно с экипажем "Цесаревича" - на форту и укреплении № 4, в состав гарнизонов которых также включались "баянцы".24
Кроме того, в целях организации обороны центральной ограды крепости на кораблях началось формирование десантных батальонов, которые по особому распоряжению флагмана должны были свозиться на берег для защиты заранее назначенных рубежей. В состав одного из них, под командованием капитана 2-го ранга В.В. Шельтинги, была включена и сводная рота с "Баяна" и "Паллады", насчитывавшая 213 нижних чинов при трёх офицерах.
Помимо задач сухопутной обороны на долю крупных боевых единиц выпали и другие, не менее хлопотные заботы, в том числе и обеспечение боевой готовности миноносцев, закрепленных с этой целью за кораблями 1 ранга. "Шефство" "Баяна" распространялось на "Боевой" и "Бесстрашный", которым предписывалось "оказывать полное содействие как по ремонту, так и по образованию дополнительного личного состава, в особенности машинной команды", для чего в целях ознакомления с техникой надлежало включать в экипажи миноносцев необходимое число своих специалистов, образовав со временем из них полноценные сменные экипажи.25
Другой не менее важной задачей являлась организация систематического траления внешнего рейда, регулярного минируемого лёгкими силами японцев. Заботы по уничтожению неприятельских заграждений ложились на партию траления порт-артурской эскадры, надзор за работой которой возлагался начальником прибрежной обороны контр-адмиралом Лощинским на капитана 2-го ранга П.Ф. Иванова и капитана 1-го ранга Р.Н. Вирена. В состав партии входили и паровые катера отряда крейсеров, назначаемые по-недельно, причем именно на них командование возложило основную тяжесть работ, справедливо полагая, что "тралить основательнее будет тот, кто сам заинтересован в этом".
Однообразное и чрезвычайно утомительное для личного состава, траление, тем не менее, приносило свои результаты. Только за период с 22 апреля по 1 июня было уничтожено 57 японских мин, а к концу июля их число превысило 100. Из числа офицеров "Баяна" участие в этой игре со смертью принимали лейтенант Подгурский, мичманы Шевелев, Лонткевич, Бошняк, Романов, Соймонов, прапорщик Алмазов, представленные впоследствии к боевым орденам. Не были забыты и нижние чины - за каждую уничтоженную мину команда катера, обезвредившая её, награждалась денежной премией в 25 рублей.26
Быстрое продвижение японских войск и выход их в конце мая на ближние подступы к Порт-Артуру заставили русское командование пересмотреть роль эскадры в обороне крепости и всего полуострова, видевшуюся теперь главным образом в ведении активных действий на коммуникациях противника. Вместе с тем не исключалась и возможность овладения морем и нанесения неприятелю поражения в морском бою, чему способствовало окончание ремонта и вступление в строй повреждённых 27 января "Ретвизана" и "Цесаревича".
Выход эскадры был назначен на утро 10 июня с целью "успеть уйти на ночь в море подальше от миноносцев" и рассчитывая, что неприятельский флот "слабее нашего... и находится в разных местах Жёлтого моря". Днём же предполагалось идти к островам Эллиот и, обнаружив противника, "атаковать его в полном составе или по частям".27
В 4 час. 30 мин. утра вслед за одноименным пароходом, игравшим роль корабля-вехостава тральной партии, на внешний рейд вышел крейсер "Новик", за которым последовали "Диана", "Аскольд", "Севастополь", "Полтава", "Цесаревич", "Победа", "Пересвет" и "Ретвизан". По выходе последнего в 7 час. 10 мин. с якоря снялся и "Баян" (брейд-вымпел командира отряда крейсеров капитана 1-го ранга Н.К. Рейценштейна), покинувший гавань вместе с "Палладой" и в 7 час. 40 мин. вновь вставший на якорь на рейде в 16,5 кб от входного маяка. Дальнейшее движение эскадры было отсрочено проведением тральных работ, завершившихся лишь к 2 час. дня, когда корабли смогли вновь начать движение в открытое море. В 4 час. 40 мин. пополудни по сигналу с флагманского "Цесаревича" эскадра построилась в кильватерную колонну и легла на курс SO 20°, имея ход 10 уз. Арьергард её составляли крейсера во главе с "Баяном". Спустя час, находясь примерно в 20 милях от берега, с русских кораблей заметили приближение неприятеля, идущего на пересечку курса. Считая первоначально, что противник численно уступает нашей эскадре, контр-адмирал В.К. Витгефт вознамерился атаковать японцев, заняв "выгодное фланговое положение впереди кильватера неприятеля, встав... между ним и солнцем", однако выявившееся вскоре преимущество противника в количестве орудий и скорости хода (адмирал Того шёл на сближение со всеми главными силами) заставили отказаться от этого замысла. Придя к выводу, что "успеха боя уже нельзя было ожидать", русский флагман отдал распоряжение о повороте эскадры, которая около 7 час. вечера, ведомая крейсерами, легла на обратный курс.
Спустя два часа концевые корабли подверглись атакам японских миноносцев, не имевших, впрочем, успеха благодаря достаточно плотному огню из орудий всех калибров. Положение осложнялось ещё и наличием при эскадре своих миноносцев, чьи схожие с противником силуэты зачастую вводили комендоров в опасное заблуждение. Так случилось и с минным крейсером "Всадник", державшимся на правом крамболе "Баяна" и принятым в темноте его сигнальщиками за "японца". От гибели этот небольшой корабль спасла лишь "отчаянная сигнализация, предпринятая после первых же снарядов, упавших поблизости...".28
Около 9 час. 15 мин. "Баян" благополучно достиг внешнего рейда, где спустя полчаса, по сигналу флагмана, отдал якорь, поставив одновременно и сетевое заграждение. Ночь прошла беспокойно - эскадра шесть раз отражала минные атаки, причём "наибольшее число нападений" выпало на долю "Аскольда" и "Новика", с успехом отражавших неприятеля "выдержанным прицельным огнем". Четыре японских миноносца были усмотрены и с "Баяна", время от времени открывавшего по ним редкий, "но очень действительный огонь из 6" и 8" орудий...".29 Стрельба не утихала до самого утра; всего крейсер за ночь выпустил 2 8", 27 6", 8 75мм и 16 47мм снарядов. С рассветом эскадра начала втягиваться во внутренний бассейн, а в 10 час. 30 мин. проход миновал и "Баян", встав на своём прежнем месте в гавани.
Быстрое продвижение японских войск к Порт-Артуру и выход их к середине июня на ближние подступы к крепости, поставил перед эскадрой ещё одну задачу -артиллерийскую поддержку приморских флангов сухопутного фронта. Первый такой выход - броненосца "Полтава" совместно с крейсерами "Баян", "Паллада", "Диана" и "Новик", а также двумя канонерскими лодками и 11 миноносцами, для обстрела позиций неприятеля в районе бухты Лунвантан - состоялся 26 июня. Став на якорь в 11 час. утра, корабли открыли огонь, который корректировался с берегового наблюдательного поста. Из своих 8" орудий "Баян" выпустил два снаряда по японским миноносцам, которые после этого отступили. Встав затем на якорь в бухте Тахэ, крейсер открыл огонь из 8" и 6" артиллерии по берегу и по японским крейсерам "Хасидате" и "Ицукусима", которые также были вынуждены прекратить огонь и отойти. В течение дня 26 июня "Баян" израсходовал 15 8" и 11 6" снарядов.
Результаты четырёхчасовой стрельбы были признаны сухопутным командованием успешными и около 3 час. дня корабли возвратились в базу. Этот в общем-то рядовой выход в море, тем не менее, едва не привёл к непредсказуемым последствиям. При входе во внутренний бассейн крепости на крейсере из-за ошибки номера подачи при спуске в погреб тележки с 75мм выстрелами произошло их воспламенение - головная часть одного из снарядов ударила в капсюль соседнего патрона. К счастью, тележку удалось быстро залить водой и взрыва боезапаса не последовало. Не пострадал и личный состав.30 На этом, однако, неприятности не закончились. Уже находясь в западной части бассейна, "Баян" коснулся левым бортом грунта, что вызвало заметное сотрясение корпуса, хотя при последующем осмотре подводной части никаких повреждений обнаружено не было.
В ночь на 4 июля на "Баян", дежуривший в проходе, была совершена попытка нападения с японской гребной шлюпки (меньше риск обнаружения из-за шума двигателя), вооружённой минным аппаратом. Однако атака провалилась: обеспечивавший шлюпку катер потерял её во тьме. На рассвете крейсер обстрелял (два 8" снаряда) японские корабли, пытавшиеся организовать траление мин в бухте Тахэ. Вечером того же дня был произведён выстрел из 8" орудия по показавшимся с SO японским миноносцам. Снаряд упал недолётом вблизи одного из них, миноносцы немедленно развернулись и отошли.
Наступление японцев, предпринятое ими в первой декаде июля 1904 г., вынудило русское командование вновь просить помощи у флота. Утром 13 июля из гавани на внешний рейд вышли канонерские лодки "Отважный", "Гремящий", "Гиляк" и крейсер "Новик", двинувшиеся в сопровождении миноносцев 2-го отряда к бухте Тахэ. Уже около полудня началось развёртывание крейсерских сил русской эскадры - внутренний рейд Порт-Пртура покинули "Баян" (брейд-вымпел капитана 1-го ранга Рейценштейна), "Аскольд" и "Паллада", которые вслед за тралящим караваном также перешли к Тахэ. Здесь корабли разделились - "Аскольд" и "Паллада" встали на якорь, а "Баян" в сопровождении канонерской лодки "Отважный" двинулся к Лунвантану. Заняв позицию в непосредственной близости от бухты, крейсер в 4 час. 30 мин. открыл редкий, но весьма эффективный перекидной огонь по высоте "150", корректировавшийся с берегового наблюдательного поста, и заслужил "сердечную благодарность" пехоты. Однако обстрел вёлся недолго - менее чем через полчаса весь отряд "ввиду позднего времени" снялся с якоря и взял курс к Артуру. Уже на отходе "Баяну" пришлось вступить в бой и с морским противником - броненосцем "Тин-Эн" и бронепалубными крейсерами "Ицукусима", "Мацусима" и "Хасидате", пытавшимися оттеснить наш отряд от берега и сблизившимися с русскими на 48-50 кб. В отличие от неприятеля, чьи залпы давали в основном недолёты, стрельба "Баяна" (израсходовано 6 8" и 15 6" снарядов) была более удачной - 8" снаряд попал в корму "Ицукусимы", заставив японцев ретироваться и не возобновлять в этот день попыток атаковать отряд, около 6 час. вечера благополучно достигший внешнего рейда.31
На следующий день с раннего утра японская артиллерия взобновила интенсивный обстрел русских позиций, а вскоре огневой бой распространился по всему фронту. Ввиду усиливающегося натиска неприятеля командование крепости вынуждено было вновь запросить помощи у флота. В 5 час. 45 мин. утра 14 июля согласно распоряжению командующего эскадрой на внешний рейд последовательно начали выходить "Паллада", "Новик", а спустя ещё полчаса - "Баян" (брейд-вымпел командира отряда крейсеров) и "Аскольд", к которым затем присоединился "Ретвизан".
В 8 час. утра отряд в кильватерном строю ("Паллада", "Баян", "Аскольд" и "Ретвизан") с "Новиком" и канонерскими лодками "Отважный" и "Гремящий" на левом и миноносцами 2-го отряда на правом траверзах вышел к Тахэ, имея задачу артиллерийской поддержки наших сухопутных частей. Недоходя Лунвантана, корабли встали на якорь и в 9 час. 15 мин. открыли огонь по позициям неприятеля. На этот раз стрельба по берегу продолжалась более четырёх часов, в течение которых "Баян" выпустил 7 8", 10 6" и 1 75мм снаряд. Около 2 час. дня на горизонте показались японские крейсера, среди которых различались характерные силуэты "Ниссина" и "Касуги", быстро сближавшихся с русскими кораблями и вскоре открывших по ним огонь из 10" и 8" орудий.32
Не желая ввязываться в перестрелку и считая выполненной основную задачу, русский отряд снялся с якоря и двинулся к крепости, прикрываемый редкими залпами 12" башен "Ретвизана". Достигнув внешнего рейда, корабли вновь встали на якорь в ожидании разрешения последовательно войти во внутренний бассейн, последовавшего только спустя два часа из-за подрыва на мине одной из тралящих шаланд.
В результате "Баян" смог тронуться к проходу лишь в 6 час. 10 мин. вечера вслед за "Аскольдом". Через 15 минут миновали буйки крепостного минного заграждения и начали поворот на курс SO 34°, когда на корабле ощутили сильный и резкий толчок, причём у всех на борту создалось впечатление, что крейсер, "несмотря на его 8000 т водоизмещения, подкинуло, как лёгкую щепку".
Как оказалось, корабль подорвался на японской мине, установленной с углублением около 3 м. Взрыв произошёл по правому борту в носовой части корпуса и хлынувшей в пробоину водой почти сразу же затопило носовую кочегарку, две угольные ямы и коридор рядом с первым котельным отделением, но дальнейшее её распространение удалось предотвратить благодаря надёжно державшим переборкам. В первый момент после взрыва среди экипажа возникла паника, часть матросов кинулась к спасательным поясам, однако стараниями командира и офицеров порядок был быстро восстановлен и в последующем "ни один человек не сошёл со своего места". После короткого замешательства на крейсере были предприняты меры по борьбе за живучесть - спешно подкрепили переборки, а под пробоину подвели два пластыря системы СО. Макарова, однако полностью закрыть её так и не смогли.
Увеличив ход, крейсер с сильным дифферентом на нос, составившим более 2 м, и креном около 5° на правый борт самостоятельно вошёл во внутреннюю гавань и стал на бочки в Западном бассейне, посадив носовую часть на грунт. Вскоре к "Баяну" подошёл спасательный пароход "Силач", которому при помощи своих водоотливных средств удалось удержать воду в затопленных отсеках "на малой высоте". Последующий осмотр повреждений показал, что взрывом пробило наружный и внутренний борта, сорвало крепления продольной переборки позади угольных ям, что и явилось причиной затопления части помещений, в том числе злополучного кочегарного отделения В нём, по счастью, в тот момент отсутствовал личный состав и не были разведены пары.
В док корабль ввели только через неделю - 22 июля. За это время для разгрузки крейсера с него были сняты все б" и часть 75мм орудий. Имеются данные, что эти баянские пушки, перед подготовкой эскадры к выходу на прорыв во Владивосток, пошли на довооружение "Севастополя", "Ретвизана", "Пересвета" и "Победы" (кроме двух 6" орудий, потопленных вместе с баржей у борта "Ретвизана" 27 июля).
Ремонтные работы заняли около двух месяцев (с 23 июля по 15 сентября) и проводились сначала в сухом доке, а затем на плаву. Благодаря опыту Н.Н. Кутейникова и мастерству рабочих Балтийского завода, прибывших в крепость ещё с вице-адмиралом Макаровым, удалось довольно быстро снять, выправить, а затем снова установить деформированные детали обшивки, продольной переборки и внутреннего борта. Когда в середине сентября "Баян" вышел из дока, на нём недоставало всех восьми 6", восьми 75мм, восьми 47мм и двух 37мм орудий, уже установленных на другие корабли и пошедших на укрепления сухопутного фронта.
