4.3. Защита.
Система защиты основывалась на тех же принципах, что и в проекте "Фурутака". Она должна была противостоять непрямым попаданиям 20-см снарядам и любым попаданиям 15-см. Общий вес броневых и защитных плит на этих крейсерах после достройки составил 2023-2033 т.
4.3.1. Защита над ватерлинией.
Вертикальная зашита. Бортовой пояс из стали NVNC имел постоянную толщину 102 мм и наклон наружу (верхней кромкой) 12°. В отличие от проекта "Фурутака" он прикрывал не только МКО, но проходил дальше к оконечностям, охватывая барбеты башен ГК и их погреба, достигая по длине 123,6 м. Но высота пояса за пределами МКО была меньше, доходя только до средней палубы: на длине 81,65 м (по МКО) высота брони была 3,5 м, а на носовых 24,75 м и кормовых 17,2 м -2,0 м. При проектном водоизмещении с 67% запасов 11850 т под водой должно было находиться всего 0,46 м, но увеличение осадки на 1,2 м привело к тому, что в средней части высота пояса над ВЛ составила 1,8 м, а в оконечностях 0,3 м. С концов пояс закрывался прямыми поперечными переборками (если не считать криволинейный участок вокруг барбета №1) из стали NVNC толщиной 76-102 мм.
Горизонтальная защита. Плоская средняя палуба (погибь 254 мм) над МКО на длине 81,65 м состояла из 35-мм плит стали NVNC, но вдоль бортов на ширине 1,52 м от кромки ее толщина составляла 32 мм. Нижняя палуба (НП) за пределами МКО, над носовыми и кормовыми погребами имела толщину 35 мм (сталь NVNC). Верхняя палуба в средней части подкреплялась двумя слоями плит из стали НТ: верхние толщиной 12,7-25,4 мм, нижние 16 мм.
Остальное бронирование. Дымоходы КО до высоты 1,83 м над СП защищались плитами из стали NVNC толщиной 88,5 мм по внешней стороне и 70 мм по внутренней. Барбеты над поясом защищались плитами той же стали толщиной 76 мм, а отсек рулевого привода сверху и с боков – толщиной 25-50 мм. Боевая рубка, как и в проекте "Фурутака", забронирована не была.
4.3.2. Защита под ватерлинией.
Для защиты от подводных взрывов имелись бортовые були и продольные переборки. Обычно були длиной около 93 м и максимальной глубиной в средней части корпуса 2,5 м были пустыми, но в военное время предполагалось частично заполнять их водонепроницаемыми стальными трубами. Хотя трубы и увеличивали водоизмещение на 200 т, они предотвращали потерю плавучести при получении подводной пробоины. Внутренняя стенка буля формировалась изогнутой в форме подковы продольной переборкой, состоящей из двух слоев стали НТ по 29 мм (всего 58 мм), которая проходила от нижней кромки пояса до днища (через двойное дно). Такая ПТЗ, введенная Ю.Хирагой на линкорах типа "Нагато", испытывалась на корпусе недостроенного линкора "Тоса": 8 июня 1924 года в него выстреливали торпеду типа 8 года №1 (боеголовка 300 кг), а 12 июня - торпеду типа 8 года №2 (346 кг). Хотя в обоих случаях в корпус поступало много воды и он получал крен более 6°, специалисты подсчитали, что защита крейсеров типа "Миоко" будет эффективной против взрывов торпед с зарядом 200 кг. Она не смогла бы противостоять прямым контактным взрывам торпед типа 8 года, но ожидалось, что она выдержит их "очень близкие разрывы".
4.3.3. Внутреннее разделение на отсеки.
Как и на проекте крейсеров в 7100 Т, МО и КО разделялись поперечными переборками и, исключая три носовых КО, центральной продольной. Таким образом получилось 4 МО и 9 КО, из которых три носовых содержали по 2 котла, а остальные - по одному.