Сентябрь 1939 г. - июнь 1940 г.
В соответствии с планами руководства германских подводных сил первая группа субмарин, отправленных на боевые позиции, была необычно большой. Каждая лодка получила самостоятельный район для крейсерства, поскольку, по мнению Дёница, общее количество U-ботов было недостаточным для действий групповым методом. У восточного побережья Великобритании лодки действовали позиционным методом, атакуя противника днем из под воды. Во время западных походов немецкие субмарины действовали вне досягаемости береговой авиации противника и перехватывали торговые пароходы, которые объявление войны застало в открытом море. Командиры германских подлодок по возможности старались действовать по призовому праву.
Первое время немецким подводникам грех было жаловаться на отсутствие добычи. До конца сентября 1939 г. им удалось потопить 41 судно общим тоннажем 15 3879 брт, не считая погибших на выставленных минах (здесь и далее цифры ежемесячных успехов ПЛ, даются по исследованию С. Роскилла, которое также включает успехи ПЛ и других стран «оси» на всех театрах боевых действий). Первым судном, потопленным 3 сентября 1939 г. оказался британский лайнер «Атения», ошибочно принятый командиром «семерки» U-30 Лемпом за вспомогательный крейсер. Погибло 128 человек, среди которых было много детей. Этот бесславный эпизод, не только открыл перечень побед германских подводников, но и дал в руки английской пропаганды факт, позволявший объявить германские субмарины тотальным злом.
Чтобы отвлечь внимание мировой общественности от сомнительных успехов в борьбе с торговыми перевозками Дёниц объявляет настоящую войну кораблям британского ВМФ. Первым отправленным на дно боевым кораблем британского флота оказался авианосец «Корейджес», торпедированный U-29 западнее Ирландии 17 сентября 1939 г. На следующий месяц штаб Дёница планирует операцию по проникновению в «святая святых» британского флота — Скапа-Флоу. В ночь на 14 октября 1939 г. U-47 под командованием капитан-лейтенанта Прина проникает в базу и выпускает пять торпед по стоявшему там линейному кораблю «Ройял Оук». По крайней мере, две торпеды попадают в цель, и громадный корабль тонет в течение 15 минут, унося с собой в пучину 786 моряков. Прин же на своей субмарине спокойно уходит в море. Успешная операция вызвала в Германии большое воодушевление. До конца года повреждения от «подлодочных» мин получили крейсер «Белфаст» и линкор «Нельсон», а от торпед U-30 — линкор «Бархэм».
Но шумные победы сопровождаются и первыми проблемами. С октября англичане вводят систему конвоев, и тоннаж потопленных судов сразу начинает снижаться. В октябре немцы уничтожают 34 судна тоннажем 168 140 брт, в ноябре — только 28 (74 623 брт), в декабре — 37 судов, и тоннаж их едва превышает 100 000 брт. Подводные лодки, вынужденные действовать классическим методом, несут ощутимые потери от британских кораблей, оснащенных гидролокаторами «асдик». До июня 1940 г. включительно германский подводный флот теряет 25 подлодок, из которых достоверно потоплены надводными кораблями 16. Вновь вступившие в строй покрывают не более 2/3 этого количества.
Еще более острый характер носят технические проблемы. Оказывается, что торпеды взрываются при попадании в цель далеко не всегда, а в целом ряде случаев взрываются не дойдя до цели. Так, 30 октября 1939 г. к западу от Оркнейских островов U-56 выстреливает веером три торпеды по линкору «Нельсон». Все они попадают в цель, но не взрываются.
Любопытно, что на борту линейного корабля в этот момент находился морской министр и будущий премьер-министр Великобритании Уинстон Черчилль. Жалобы на некачественные торпеды от командиров подводных лодок принимают лавинообразный характер. Уже в октябре 1939 года BdU было вынуждено констатировать, что по крайней мере 30% выпущенных торпед не срабатывали. Первые попытки исправить положение в этой области результатов не дали.
В апреле 1940 г. германские войска оккупировали Данию и вторглись в Норвегию. Хотя у скандинавского побережья были задействованы почти все немецкие боеготовые субмарины (32 единицы), результаты операции выглядели обескураживающе. Лодки произвели 25 атак британских надводных кораблей, но все они окончились безрезультатно. Взбешенный Дёниц писал: «Даже очень придирчивый разбор этих атак установил, что, если бы торпеды были исправны, мы имели бы попадания в следующих случаях: из 4 выстрелов по линейному кораблю — одно попадание, из 12 выстрелов по крейсерам — семь попаданий, из 10 выстрелов по эскадренным миноносцам — семь попаданий, из пяти выстрелов по транспортам — пять попаданий». Если бы германское торпедное оружие срабатывало без сбоев, Норвежская кампания имела бы совсем иной ход, и ее финал наступил бы гораздо раньше. В реально охраняемые суда, германское командование достигло определенных результатов. Так, в мае немецкие U-боты потопили 13 торговых судов (55 580 брт), а в июне - уже 58 (284 113 брт), что явилось лучшим с начала войны результатом. 12 июня впервые с начала войны BdU разворачивает «волчью стаю» из шести лодок, руководимую с берегового командного пункта. Благодаря службе наведения стая атакует несколько конвоев, блестяще подтверждая надежды Дёница на успех. Тем временем войска вермахта за май — июнь 1940 года последовательно захватывают Голландию, Бельгию и северные территории Франции. По условиям капитуляции, Франция передавала все свое атлантическое побережье в руки немцев, которые быстро приступают к созданию здесь новых пунктов базирования подводных лодок — в Лорьяне, Бресте, Сен-Назере, Гавре и местечке Ла-Паллис недалеко от Ла-Рошели. Адмирал Дёниц переносит свою штаб-квартиру в Париж. 5 июля в Лорьян входит U-30 — первая германская подлодка, базирующаяся во французском порту. Перебазирование подводных лодок в эти районы сократило расстояние до операционных зон до 250 миль, а подлодки типа IX теперь могут действовать даже у побережья США.