В 8.00 2 апреля в Порт-Артур прибыл наместник и увидел безрадостную картину. Броненосцы "Цесаревич", "Ретвизан", "Победа", "Севастополь", крейсер "Паллада" и единственный минный заградитель эскадры "Амур" требовали ремонта. Из крупных кораблей эскадры в строю остались лишь два броненосца и четыре крейсера. Из 22 миноносцев в строю было лишь 12, пять находились в доке, остальные ремонтировались и исправляли повреждения. Настроение у всех было подавленным, гибель Макарова стала страшным ударом для личного состава эскадры. Людей снова охватило уныние, флот опять впал в бездействие, и ограничился лишь незначительными выходами в море у порта.
2 апреля крейсера "Ниссин" и "Кассуга" обстреляли Порт-Артур, после чего до 15 апреля японские корабли под Порт-Артуром не появлялись. На русской эскадре это время использовали для постановки минных заграждений с катеров и плотиков. В ночь на 16 апреля японские истребители ставили на рейде мины, но были отогнаны огнем кораблей и батарей. В ночь на 20 апреля японцы предприняли третью попытку загородить проход брандерами. В ней приняло участие 12 пароходов, вооруженных небольшими пушками. Их сопровождали 16 истребителей и 16 миноносцев.
Около 2 часов ночи с дежурного корабля заметили тени и по ним немедленно был открыт огонь с канонерских лодок "Гремящий", "Гиляк", "Отважный" и с береговых батарей. Отражение атак брандеров, которые подходили группами, продолжалось до 5 утра. Ни одному брандеру не удалось загородить фарватер. Это была последняя попытка японцев запереть русскую эскадру. В то же время, у Бицзыво проходила высадка японских войск на Квантунский полуостров. Создавалась реальная угроза блокады Порт-Артура, который теперь мог быть отрезан от русской армии с суши. Русская эскадра, к сожалению, не предприняла никаких действий, чтобы помешать высадке японцев. Вообще, в течение апреля ни один крупный корабль не покинул Порт-Артур. Миноносцы занимались лишь сторожевой службой, охраной фарватера и тралением.
В 11 часов утра 22 апреля наместник выехал из Порт-Артура в Мукден, назначив новым командующим эскадрой начальника Морского штаба контр-адмирала В. К. Витгефта. Наместник оставил ему инструкции, в которых рекомендовалось броненосцы в море не выводить, а действовать только крейсерами и миноносцами. Предписывалось также оказывать полную поддержку начальнику Квантунского укреп-района по обороне крепости. Это полностью ограничивало самостоятельность нового командующего o эскадрой, поэтому никаких активных действий он не предпринимал. По любому вопросу Витгефт немедленно собирал совещания флагманов и командиров кораблей, где эти вопросы обсуждали и решали. "Адмирал Витгефт - человек долга, но мягкий, безынициативный, не способный на быстрые и самостоятельные решения". "Он был большой труженик, но отнюдь не боевой адмирал, не рисковавший принять что-либо на свою ответственность..." - таково было мнение современников об этом человеке, возглавившем эскадру Тихого океана в очень сложный момент.
Бездеятельность русских кораблей позволила адмиралу Того приступить к морской блокаде Порт-Артура. К этому времени японцы смогли оборудовать удобную маневренную базу для своего флота на островах Эллиота в 70 милях от Порт-Артура, что позволило им пресекать возможные попытки русской эскадры атаковать место высадки японских войск и транспорты в море. Первую линию блокады осуществляли истребители, которые находились на внешнем рейде Порт-Артура. Эти корабли немедленно предупреждали Того о выходе русской эскадры и систематически осуществляли минные постановки на внешнем рейде. Блокирующий отряд состоял из крейсеров второй линии, находившихся на расстоянии 10 - 20 миль от порта. Основные силы японцев в основном находились на якоре у островов Эллиота или у берегов Кореи. Организация блокадной службы менялась в зависимости от задач японского флота и от характера деятельности русской эскадры. При получении данных о выходе русской эскадры осуществлялось развертывание основных сил японского флота с целью упреждения русской атаки на транспорты.
В начале мая, после того как Порт-Артур был отрезан с суши, целью блокады стало обеспечение безопасности подвоза японцами войск и грузов; недопущение выхода русских кораблей для оказания помощи русской армии на Ляодунском полуострове; лишение осажденной крепости подвоза питания и грузов; недопущение прорыва русской эскадры во Владивосток. Форма блокады осталась прежней. Был значительно увеличен состав блокирующих сил. Неподалеку от Порт-Артура теперь всегда дежурили несколько броненосцев, крейсера, истребители, канонерские лодки и сторожевые корабли. Состав блокирующих сил должен был во всех случаях превосходить силы блокируемых. Крупные корабли японцев постоянно базировались на островах Эллиота, а истребители перешли на острова Мяо-Тао.
Но русские крупные корабли так и стояли в Порт-Артуре. Активно продолжались лишь минные постановки. В начале мая Витгефт упустил реальный шанс повернуть чашу весов в войне на море в пользу России. Начало этим событиям было положено 29 апреля, когда на мине погиб японский миноносец № 48. 1 мая список японских потерь пополнил авизо "Мияко", погибший на мине в бухте Керр. В ночь на 2 мая столкнулись крейсера "Кассуга" и "Иосино", и через три минуты последний затонул, погибло 32 офицера, 284 нижних чина и 3 вольнонаемных. Но самый "черный день" японского флота наступил 2 мая. В этот день блокаду Порт-Артура осуществляли корабли второй бригады (броненосцы "Хацусе", "Сикисима", "Ясима", крейсер "Касаги", авизо "Тацута") под флагом контр-адмирала Насибы. В 9.55 в 11 милях от Порт-Артура флагманский броненосец "Хацусе" подорвался на мине, потом еще на одной. На корабле было затоплено рулевое отделение, поврежден гребной винт. Отряд изменил курс, но в 9.57 на мине подорвался "Ясима", получивший крен на правый борт. К нему для оказания помощи подошел крейсер "Такасаго". В 11.33 "Хацусе" подорвался на третьей мине и в 11.35 затонул. На броненосце погибло 36 офицеров, 445 нижних чинов и 12 вольнонаемных. Японцы спустили все шлюпки и стали спасать экипаж, им удалось поднять из воды контр-адмирала Насибу, 32 офицера и 317 нижних чинов. Эти события были хорошо видны с русских береговых батарей, и о них сразу стало известно Витгефту. Можно было одним ударом уничтожить половину японских броненосцев - в тот момент японцы имели под Порт-Артуром 2 броненосца, 5 крейсеров, 3 канонерские лодки и 2 истребителя, русские могли противопоставить 4 броненосца и 4 крейсера, 4 канонерские лодки, 16 миноносцев. Но Витгефт на выход эскадры не решился, и в 13.00 в атаку на японцев вышли только миноносцы, которые прикрывал крейсер "Новик". Их атаку японцам, собравшим корабли в отряд, удалось успешно отбить. В отражении этой атаки принимал участие и поврежденный "Ясима". Подошедшие японские корабли начали его буксировку в базу, но вечером он затонул в пяти милях от острова Энкаунтер-Рок. Оба японских броненосца погибли на минном заграждении (50 мин), поставленном "Амуром". Его командир капитан II ранга Ф. Н. Иванов ослушался Витгефта и поставил мины на две мили дальше, чем было приказано. Именно в этом месте и проходил маршрут отряда японских кораблей, блокирующих Порт-Артур.
Вечером 2 мая авизо "Тацута" со спасенным контр-адмиралом Насиба сел на камни у островов Эллиот. 3 мая в тумане столкнулись канонерские лодки "Акаги" и "Осима" и последняя затонула. Еще одной жертвой стал истребитель "Акацуки", подорвавшийся 4 мая на мине в 8 милях от Ляотешаня. Погибло 7 офицеров и 16 нижних чинов.
Тем не менее, все эти тяжелые потери японского флота не изменили ситуацию на море, и японцы по-прежнему контролировали акваторию вокруг Порт-Артура и места высадки войск. Сухопутные войска японцев действовали успешно, и им удалось занять Цзынчжоускую позицию. Наступавшие японские войска поддерживались огнем 4 канонерских лодок и 6 миноносцев. Их огонь по левому флангу 5-го Восточно-Сибирского стрелкового полка Н. А. Третьякова был особенно губительным. Наши войска поддерживали своим огнем канонерская лодка "Бобр", миноносцы "Бурный" и "Бойкий". Они обстреливали позиции японских войск из бухты Хунуэза. В результате оставления цзынчжоуской позиции прекратилось железнодорожное сообщение с Манчжурией, японцы захватили порт Дальний и начали использовать его для базирования и ремонта кораблей, высадки подкреплений, доставки боеприпасов, продовольствия и тяжелой осадной артиллерии. Русские войска отступали к Порт-Артуру. В самой крепости начались спешные работы по укреплению фортов казематов, погребов и береговых укреплений, качество работ было невысоким, не хватало пушек для вооружения батарей на сухопутном фронте. Еще 24 апреля Витгефт собрал совещание, на котором было принято решение о передаче с кораблей на береговые батареи орудий, боезапаса и прислуги к орудиям. Все работы поручили проводить капитану II ранга Клюпфелю. Первоначально с кораблей сняли десантные пушки, пулеметы и прожекторы, потом начали демонтаж других орудий. В результате к 1 июня с кораблей эскадры сняли: 1хЗО5-мм орудие, 19х152-мм, 23х75-мм, 7х47-мм, 46х37-мм и 8 прожекторов. Перед выходом эскадры в море 10 июня эти орудия стали спешно ставить обратно, но далеко не все успели вернуть.
19 мая наместник прислал Витгефту телеграмму, в которой говорилось: "Ввиду всякой случайности, флоту надобно, защищая крепость, готовиться к последней крайности - выйти в море для решающего боя". 23 мая Витгефт собрал флагманов и командиров кораблей, которые в ходе обсуждения решили после исправления кораблями повреждений прорываться во Владивосток, а сейчас постараться максимально помочь войскам остановить продвижения японцев. С 25 мая для поддержки войск активно использовали крейсер "Новик", канонерские лодки и миноносцы. Японцы не теряли времени и постоянно ставили мины на внешнем рейде крепости. На одной из них 8 мая подорвался миноносец "Бесшумный", но сумел вернуться в базу и был отремонтирован. На эскадре была создана специальная "партия траления" под командованием полковника Престина, которая каждый день искала вражеские мины, обеспечивала выходы и возвращения кораблей эскадры в крепость. В свою очередь, русские также постоянно ставили мины на пути японских кораблей. Минный заградитель "Амур" получил повреждение от удара о подводный камень во время одного из выходов и в море больше не выходил. Его стали использовать как плавучую базу. Минные постановки продолжились с миноносцев, катеров, плотиков и джонок. Каждый раз ставили не более 20 мин.
Поскольку Порт-Артур был отрезан с суши, необходимо было восстановить сообщение с наместником. Для этого решили использовать быстроходные миноносцы, которые должны были прорывать японскую блокаду и доставлять в Чифу сообщения Витгефта. Потом забирать приказы наместника и возвращаться обратно. Лучше всего подходил миноносец "Лейтенант Бураков", "наиболее ходкий и наименее ценный", имевший скорость хода не менее 28 узлов. 2 - 4 июня состоялся его первый поход в Инкоу. Миноносец успешно прорвал японскую блокаду и доставил в крепость телеграммы наместника.
В ночь на 10 июня состоялся бой в бухте Тахэ, в котором приняли участие семь русских миноносцев. Тем временем, к 9 июня все ремонтные работы на "Цесаревиче", "Ретвизане", "Победе" и других кораблях эскадры были завершены, на корабли спешно возвращали снятые ранее орудия. Было принято решение - прорываться во Владивосток. Утром 10 июня корабли стали выходить на внешний рейд и становиться на якорь. Как только вышел - последний броненосец эскадра снялась с якоря, но были обнаружены мины и пришлось срочно начать траление. Лишь в 14.00 эскадра смогла выйти в море. В ее состав входили "Полтава", "Победа", "Пересвет", "Севастополь", "Ретвизан", "Цесаревич", "Баян", "Аскольд", "Паллада", "Диана", "Новик", "Всадник", "Гайдамак" и 11 миноносцев. В 15.00 русская эскадра смогла дать ход в 13 узлов, но прорыв так и не состоялся. Того был заранее извещен дежурными кораблями о выходе русской эскадры и встретил ее всеми своими силами (4 броненосца, 12 крейсеров, 30 истребителей и миноносцев) в 20 милях от Порт-Артура. Витгефт не стал вступать в бой. Опасаясь ночных атак истребителей и миноносцев, он повернул обратно в Порт-Артур. На обратном пути в 21.35 броненосец "Севастополь", чтобы не столкнуться с "Пересветом", вышел из протраленного фарватера и подорвался на мине. Ночь ему пришлось провести в бухте Белый Волк, а утром 11 июня портовое судно "Силач" на буксире привело его в крепость. Вечером 10 июня русская эскадра вернулась в крепость. Японцы пытались ее атаковать истребителями, но все их атаки были успешно отбиты русскими кораблями. Так была упущена возможность для русской эскадры прорваться во Владивосток и атаковать неприятеля с большими шансами на победу. Единственный раз за всю войну 1-я Тихоокеанская эскадра была в полном составе и все ее корабли были полностью исправны и готовы к бою с противником. Второго такого шанса у артурской эскадры уже не будет.
Вернувшись в крепость эскадра стала готовиться к новому прорыву, ожидая исправления повреждений "Севастополя". А пока корабли эскадры оказывали активную поддержку войскам. 26 июня "Полтава", "Баян", "Диана", "Паллада", "Новик", 3 канонерские лодки и 11 миноносцев обстреливали позиции неприятеля в бухте Тахэ и отражали атаки японских кораблей. В ночь на 11 июля в бухте Тахэ японцы атаковали русские корабли минными катерами с броненосцев "Микаса" и "Фудзи". В результате их атаки миноносец "Лейтенант Бураков" был потоплен, а миноносец "Боевой", получив торпедное попадание в левый борт - выведен из строя. 13 июля позиции японских войск обстреливали "Баян", "Аскольд", "Паллада", "Диана", "Новик", 3 канонерские лодки и 11 миноносцев. 14 июля для обстрела привлекались "Ретви-зан", "Баян", "Аскольд", "Паллада", "Новик", 3 канонерские лодки и 11 миноносцев. При возвращении в крепость крейсер "Баян" подорвался на мине. Поврежденный корабль привели в базу и немедленно начали ремонт, но к выходу эскадры 28 июля работы завершить не успели больше в море он не выходил. Артурская эскадра лишилась самого мощного и самого нового броненосного крейсера. 15 июля Витгефт собрал совет флагманов, на котором было решено - эскадре прорываться во Владивосток после исправления повреждений "Севастополя".
17 июля считается первым днем осады крепости. В этот день японцам удалось выйти непосредственно к рубежам ее обороны. Японские войска насчитывали 60 тысяч человек, 400 орудий и 72 пулемета. Они имели большое количество различных осадных орудий большого калибра и как только их подвезли на позиции на Волчьих горах, немедленно начали обстреливать укрепления крепости и порт. Первый обстрел состоялся 25 июля. В этот день получили повреждения многие укрепления крепости и броненосцы "Ретвизан" и "Цесаревич", адмирал Витгефт был ранен осколком. Обстрелы эскадры продолжились и в последующие дни. 26 июля на джонке из Чифу была доставлена телеграмма наместника. В ней говорилось: "По повелению его величества приказываю идти во Владивосток, избегая при этом боя. Напоминаю всем начальствующим лицам о подвиге "Варяга" и предупреждаю, что выход эскадры в море в случае падения крепости поведет ее к несомненной гибели. Вся ответственность за этот позор Андреевского флага и честь родного флота целиком ляжет на вас, адмиралов и командиров. Настоящую телеграмму сообщить им всем под расписку. Адмирал Алексеев". 25 июля исправление повреждений "Севастополя" было завершено, выход эскадры в прорыв был запланирован на 28 июля. На кораблях спешно готовились к предстоящему походу - грузили уголь, продовольствие и боеприпасы, устанавливали орудия, ранее переданные на сухопутный фронт. Но установить успели не все и эскадра вышла в море с недостатком в 1хЗО5-мм орудие (на "Севастополе"), 10х152-мми 12х75мм орудий.
