Телеграмма о начале боевых действий пришла во Владивосток рано утром 27 января. По плану наместника корабли крейсерского отряда, в случае начала войны, должны были действовать на коммуникациях противника в Сан-гарском проливе. Днем 27 января ледокол "Надежный" взломал лед вокруг кораблей и крейсера вышли в море. 29 января на подходе к берегам Японии был перехвачен и потоплен японский пароход "Наканоура Мару"(1084 т). 1 февраля крейсера вернулись во Владивосток. Исправив повреждения, полученные во время шторма, и пополнив запасы, 11 февраля отряд вновь вышел в море. Целью этого похода стал корейский порт Гензан. Ни в море, не в порту судов противника обнаружено не было, и 17 февраля корабли вернулись в базу.
Активность владивостокских крейсеров заставила японское командование перебросить из Желтого моря крейсера "Идзумо", "Адзума", "Якумо", "Ивате", "Кассаги" и "Иосино". 22 февраля эти корабли появились под Владивостоком. В течение 45 минут они обстреливали город, маневрируя вне досягаемости русских береговых батарей. Было выпущено 200 снарядов. Русские крейсера пытались преследовать японцев, но помешали льды. После обстрела во Владивостоке приступили к сооружению новых батарей, прикрывающих подходы к городу со стороны моря и начали подготовку к постановке минных заграждений. Также было начато создание тральных сил. 24 февраля вместо капитана I ранга Н. К. Рейценштейна новым начальником отряда был назначен контр-адмирал К. П. Иессен. 4 марта он прибыл во Владивосток из Порт-Артура и привез с собой новую инструкцию командующего, в которой перед крейсерами ставились более конкретные задачи, а начальнику отряда предоставлялась большая свобода действий. Это способствовало повышению боеспособности отряда и активизации его действий.
10 апреля отряд начал свое третье крейсерство, без "Рюрика", но к отряду присоединились миноносцы № 205 и 206. 12 апреля в порту Гензан миноносцем был потоплен японский пароход "Гойо Мару" (600 т). Крейсерство продолжилось и 13 апреля был потоплен каботажный пароход "Хануей Мару" (75 т). и войсковой транспорт "Кинсю Мару" с японским десантом. От пленных русские узнали, что против них начала активные действия эскадра контр-адмирала Камимуры, переброшенная из Желтого моря. Иессен решил возвращаться во Владивосток, куда корабли благополучно пришли 14 апреля. Им удалось разойтись с японской эскадрой в тумане. 16 апреля японцы начали минные постановки у Владивостока, ими было выставлено 75 мин в Уссурийском заливе.
Ситуация усложнилась аварией 2 мая крейсера "Богатырь", который в тумане сел на камни у мыса Брюс. Снять его сразу не удалось, и начались спасательные работы. Рядом с местом аварии постоянно дежурили русские крейсера и миноносцы, было развернуто несколько полевых батарей. Но японские корабли не появились. Реальная возможность уничтожить беззащитный русский крейсер была ими упущена. "Богатырь" разгрузили и, сняв с камней, успешно привели на ремонт во Владивосток. Больше в походах отряда он участие не принимал. 31 мая "Громобой", "Россия" и "Рюрик" вышли в свое четвертое крейсерство. Оно оказалось самым удачным, и его результаты повлияли на весь ход военных действий. Русские крейсера направились к Цусимскому проливу и действовали против главных коммуникаций японских воинских перевозок в Корею. 2 июня был обнаружен и потоплен войсковой транспорт "Идзумо Мару" (3229 брт). Вскоре "Громобой" обнаружил войсковой транспорт "Хи-таци Мару" (6175 брт), на борту которого находилось 1095 японских солдат и офицеров, 120 человек экипажа, 320 лошадей. Но главная ценность заключалась в его грузе - транспорт перевозил 18х280-мм мортир для осады Порт-Артура! Есть информация, что на его борту могли перевозить и паровозы с широкой колеей, поскольку японцам удалось захватить в Дальнем 290 вагонов. Вражеский транспорт, со столь ценным грузом, был расстрелян русским крейсером. 3 июня русские крейсера захватили английский пароход "Аллатон", перевозивший контрабанду. 7 июня отряд вернулся во Владивосток.
2-8 июня миноносцы № 203, 205 и 206 предприняли набеговую операцию к острову Хоккайдо, в ходе которой были потоплены шхуны "Ансей Мару", "Хачиман Мару", "Сей-учи Мару" и захвачена шхуна "Хакацу Мару".
15 июня крейсера вновь вышли в море. Планировался набег на Гензан и к отряду присоединились 8 миноносцев и вспомогательный крейсер "Лена". 17 июня миноносцы зашли в гавань Гензана, обстреляли порт и потопили пароход "Коун Мару" и парусник "Сейхо Мару". При этом был потерян миноносец № 204. Оставшиеся миноносцы и "Лена" вернулись во Владивосток, а крейсера направились к Цусимскому проливу. Вечером 18 июня у острова Ики с кораблей заметили дымы японской эскадры и повернули обратно. Японцы попытались перехватить русский отряд, ночью в атаку были посланы истребители, но их атаки были успешно отбиты. Утром 19 июня крейсера захватили английский пароход "Чельтенхем" с контрабандой. 20 июня русские корабли благополучно вернулись в базу.
Самым продолжительным стало шестое крейсерство, проходившее вне пределов Японского моря. 4 июля корабли вышли из Владивостока. Рано утром 7 июля прошли Сангарским проливом и вышли в Тихий океан. Японцы заметили прорыв русских крейсеров, но сделать ничего не могли. В тот же день крейсерами был потоплен пароход "Такасима Мару" (318 т), парусные шхуны "Кито Мару" и "Хокусей Мару". 9 июля захвачен немецкий пароход "Арабия" с контрабандой. Утром 10 июля отряд встретил английский пароход "Найт коммандер", который перевозил военную контрабанду. В тот же день были потоплены шхуны "Джидзай Мару" и "Фукуий Мару". 12 июля отряд потопил немецкий пароход "Тэя", перевозивший контрабанду и в качестве приза захватил английский пароход "Калхас" с контрабандой. На кораблях отряда начал заканчиваться уголь, и они повернули обратно. 16 июля крейсера прошли Сангарским проливом и 19 июля пришли во Владивосток, пройдя более 3000 миль. В результате этого 16-дневного крейсерства удалось добиться значительных успехов. Хотя не было потоплено ни одного транспорта с войсками, настоящая паника охватила торговых представителей Японии, Англии, Германии и США. Судоходные компании резко сократили рейсы судов в Японию. Страховые компании перестали страховать суда от военного риска. Поставки военных грузов в Японию практически прекратились.
