В середине 1930-х гг. все боевые самолеты японской морской авиации окрашивались единообразно. Металлические машины, к которым относился и А5М, сохраняли естественный цвет алюминиевого сплава, из которого изготавливалась их обшивка, - серовато-серебристый, почти матовый. В тон к нему покрывалась эмалью и полотняная обтяжка рулей. Но со временем металл поражался коррозией, особенно при эксплуатации на авианосцах. Поэтому с 1940 г. для предохранения от влаги на все поверхности сверху наносили прозрачный лак. Со временем металлические листы тускнели, становясь темнее, а лак приобретал желтый оттенок. Некоторые авторы описывают этот оттенок как "янтарный" или "светло-красновато-коричневый", другие - как "золотистый".
Хвостовое оперение истребителей и заднюю часть фюзеляжа возле него красили в красный цвет. Красная часть ограничивалась линией, идущей под углом примерно в 45°° к оси самолета от верхушки киля, передняя кромка которого оставалась серо-серебристой. От яркой окраски оперения истребителей окончательно отказались в 1940 г.
Капот двигателя покрывался матовой черной краской, не дававшей бликов при прямом солнечном освещении. Иногда в верхней части фюзеляжа наносили черную полосу, идущую до козырька пилотской кабины. Изнутри капот краской не покрывался. Сам двигатель имел естественный цвет металла. Металлические винты сверкали полированным алюминием. Иногда, чтобы уберечь глаза пилота от бликов, заднюю сторону лопастей красили гладкой эмалью коричневого цвета. На кончиках лопастей наносили две поперечные красные полоски шириной по 30 мм. Втулка винта, не закрывавшаяся на А5М коком, никаких покрытий не имела. Диски колес были светло-серыми, бомбодержатели под крылом - черными.
Опыт боевых действий в Китае заставил заменить эту яркую окраску камуфляжем сегментного типа с сочетанием коричневого и темно-зеленого цветов. Иногда зеленый имел сероватый или оливковый оттенок. Краска наносилась распылителем большими полосами неправильной формы; линии раздела цветовых полей всегда были криволинейными. Полосы ориентировались под углом 40 - 45° к направлению полета. Такой камуфляж покрывал все верхние и боковые поверхности истребителей (включая большую часть капота мотора), снизу они оставались серебристо-серыми или красились светло-серой эмалью. Очертания линии раздела низа и верха варьировались, иногда ее выполняли волнистой. В хвостовой части фюзеляжа линия приподнималась к передней кромке стабилизатора. Обтекатели шасси имели цвет нижних поверхностей, так же, как подвесные сбрасываемые баки.
Этот тип камуфляжа ввели к концу 1937 г. для самолетов частей, действовавших в Китае с сухопутных аэродромов. В других районах такая окраска не применялась. Позднее и в Китае, когда японцы завоевали подавляющее превосходство в воздухе, вернулись к прежнему варианту окраски.
В 1941 г. инструкция 7/149 потребовала перекраски всех морских самолетов полуматовой бледно-серой краской. Но новшество внедрили в основном на заводах, старых машин в строевых частях оно практически не коснулось. В начале 1942 г. штаб императорского флота ввел новый вариант камуфляжа, определявшийся инструкцией 17/15. Согласно ей верхние и боковые поверхности самолета имели темно-зеленый цвет, низ мог быть светло-голубым, светло-серым или серебристым по усмотрению командования на месте. Капоты моторов оставались черными. Фактически к этой окраске перешли к середине 1943 г. Длительный срок реализации инструкции определялся нехваткой необходимых эмалей. По новой схеме была перекрашена часть А5М4, дислоцированных непосредственно в Японии и еще числившихся боевыми. Однако таких машин было сравнительно немного.
Особую категорию составляли учебные самолеты. Они выглядели очень ярко: оранжевые со всех сторон при черном капоте мотора. Это позволяло издалека разглядеть потенциально опасного курсанта. В 1944 г. верхние и боковые поверхности учебных машин перекрасили в стандартный темно-зеленый цвет, нижние остались оранжевыми.
Кабина пилота всегда была светлосерой со слабым зелено-голубым оттенком. Прочие внутренние поверхности вообще не окрашивались. Кресло пилота - темно-серое, с коричневой кожаной спинкой. Привязные ремни - цвета хаки. Приборная доска - оливковая с черными циферблатами приборов. Ручка управления - темно-серая с черной рукояткой. Педали сохраняли естественный цвет металла. Различные ручки и краны красились в оливковый цвет. При этом вентили кранов и верхушки ручек имели цвет, соответствующий назначению: для управления двигателем, шасси, вооружением - красный, ручного топливного насоса и бензиновых кранов - коричневый, управления щитками - серый, кислородная система - синий. Японский опознавательный знак, "хиномару", принятый официально в 1920 г., имел вид красного круга. Он наносился на шести позициях: сверху и снизу на обеих консолях крыла и на обоих бортах в задней части фюзеляжа. Размеры знака инструкциями не оговаривались, но обычно на крыле диаметр был на треть больше, чем на фюзеляже. Точное положение знака на крыле тоже не указывалось, на фюзеляже же знак должен был располагаться сразу за задней кромкой крыла. Но на А5М можно встретить и размещение его над зализом крыла. На светлом фоне красный круг рисовался без окантовки, на зелено-коричневом или зеленом камуфляже его дополняли белой обводкой шириной 25 - 50 мм с тонкой черной линией снаружи. Последний вариант использовали и для учебных машин.
Кроме опознавательных знаков истребители обязательно несли кодовые обозначения. Их ввели в 1926 г. Они состояли из четырех или пяти знаков и дефиса. Слева от последнего располагалось обозначение части. До 1937 г. это был иероглиф японской слоговой азбуки "катакана", дававший один или два слога из названия части или авианосца. После начала войны с Китаем в палубной авиации иероглифы заменили латинскими буквами. В 1939 - 1940 гг. эту систему дополнили. Если в соединение входил только один авианосец, самолеты его авиагруппы несли только одну букву. Если их насчитывалось два или больше, буква была общей для всего соединения, а далее добавлялись римские цифры - "I", "II" или "III". Например, в 1940 г. на самолетах, приписанных к авианосцу "Хосе", писали обозначение GI, "Рюдзе" - GII.
Части морской авиации, базировавшиеся на суше, использовали аналогичные обозначения, но некоторые из них сохранили традиционные иероглифы вплоть до конца войны. Кроме того, на суше никогда не применяли римские цифры. Зато встречались обозначения подразделений с применением арабских цифр, по типу U1, U2. В Китае с целью сохранения секретности использовали и цифровые коды частей. Например, 12-й полк "скрывался" под цифрой "3".
За дефисом шли три цифры. Первая показывала назначение самолета. Для А5М это всегда была единица - "истребитель". Две следующие являлись тактическим номером машины. Так, "9-122" расшифровывалось как: "9" - 14-й полк, "1" - истребитель, "22" - собственный номер машины. Надпись выполнялась на вертикальном оперении белым по красному, параллельно линии полета или с наклоном, так чтобы на самолете, стоящем на земле, она располагалась горизонтально. В 1937 - 1939 гг. обозначения иногда дублировались также на крыле сверху и снизу. С 1944 г. надписи на учебных машинах стали желтыми.
В 1940 г. для авианосных соединений ввели дополнительные обозначения в виде полос, охватывающих хвостовую часть фюзеляжа. Так, самолеты авиагрупп кораблей 4-го соединения несли узкие полосы: "Рюйхо" - одну, "Сехо" - две, "Касуга-мару" - три. Специальные обозначения для определенных авианосцев существовали и ранее. Так, в 1937 - 1938 гг. истребители на борту "Сехо" несли косую желтую полосу на фюзеляже. Обозначения в виде полос несли также командирские машины. В палубной авиации полосы рисовали на вертикальном оперении. Командир эскадрильи имел право на три полосы, отряда - на две, звена - на одну. На А5М при красном оперении их выполняли наклонными, параллельными кодовому обозначению. При светло-сером оперении полосы шли горизонтально. В береговых частях машина командира эскадрильи отличалась довольно широкой косой полосой на фюзеляже за задней кромкой крыла. Дополнительно косые полосы наносили на крыло. Иногда в пределах полка или авиагруппы выделялись самолеты различных эскадрилий. В этом случае непосредственно перед набежной кромкой стабилизатора наносилась цветная полоса: белая - 1-я эскадрилья, синяя - 2-я или желтая - 3-я.
В Японии, так же как и в других странах, для приобретения боевых самолетов практиковался сбор денег у населения. Пожертвования делали, по большей части, различные фирмы. В этом случае на машину наносилась дарственная надпись. Иероглифы указывали дарителя, дату приемки и иногда также содержали какой-то патриотический лозунг. Надпись наносили на фюзеляж за опознавательным знаком и на крыло сверху, причем в последнем случае она разбивалась на две половины, располагавшиеся слева и справа от фюзеляжа. Судя по фотографиям, показывающим единообразие подобных надписей, регламентировались и их размеры, и написание иероглифов.
На истребителях имелись также различные технические надписи и значки. В частности, обязательно присутствовала наносившаяся по трафарету табличка с основными данными машины. Обычно она располагалась на капоте мотора слева в нижней его части, иногда табличку дублировали на хвостовой части фюзеляжа, непосредственно перед оперением, также внизу. На черном капоте она была белой, на фюзеляже - черной.
