Всеми проблемами, связанными с набором и обучением летного и технического персонала, занималась Коку Сокамбу (Генеральная Инспекция Армейской Авиации). Обучение летного персонала, включая летчиков-истребителей, осуществлялось в несколько этапов в армейских летных школах (Рикугун Хико Гакко), которые были организованы в нескольких городах в Японии и Маньчжоу-го. Пилотов IJAAF, показавших выдающиеся успехи, посылали на офицерские курсы в Армейские воздушные академии (Коку Сикан Гакко). Наземный персонал обучался в Армейской школе авиационных техников (Рикугун Коку Сеиби Гакко) в Токуразаве, Япония.
К весне 1944 года основной учебной единицей IJAAF был Кьоику Хикорентай (учебный авиаполк), которую затем заменили меньшие по размерам Кьоику Хикотай (учебная авиагруппа) и Ренсей Хикотай. Эти подразделения во время войны действовали в районах, где активность противника отсутствовали или была незначительной -главным образом в самой Японии, Маньч-жоу-го, Корее и Формозе. В конечном итоге они были организованы и на оккупированных территориях: в Малайе, голландской Ост-Индии, Индокитае и Филиппинах. С середины 1944 года Кьоику Хикотаи перешли в подчинение более крупным подразделениям Кьоику Хикошиданов (учебных авиадивизий), которые были сформированы на базе летных школ (сами школы получили название Кьодо Хикошидан). Кьоику Хикорентаи и Кьоику Хикотаи осуществляли начальное и продвинутое обучение, в то время как за боевую подготовку (включая элементы воздушного боя) несли ответственность строевые части, а позднее - специально сформированные подразделения Ренсей Хикотай.
Как уже упоминалось раньше, первой и, возможно, самой известной летной школой IJAAF была Армейская школа авиации в Акено. В конце 1937 года она получила несколько предсерийных и первые серийные Ki-27. Они использовались в Акено до 1943 года, когда их стали заменять на Ki-43 и Ki-44. В сентябре 1940 года в Тачиараи, префектура Фокуока, была организована ещё одна летная школа, которая также специализировалась на подготовке летчиков-истребителей. В ней Ki-27 использовались до конца войны.
В 1938-1942 годах различными модификациями Ki-27 были оснащены летные школы в Ирумагаве (Япония) и Харбине (Маньчжурия), а в 1942 году школа в Кумагайе (Япония) - все они занимались подготовкой летчиков-истребителей. Кроме того.
В июне 1938 года первые Ki-27 поступили в Армейскую школу авиационных техников в Току-разаве. Между прочим, в разное время через эту школу прошли все типы использовавшихся IJAAF самолетов.
С апреля 1942 года Ki-27 стали поступать в учебные полки. До марта 1944 года, когда эти подразделения были заменены меньшими по размерам, Ki-27 были на вооружении, в числе прочих, 101-го, 106-го, 108-го, 114-118-го и 121-го Кьоику Хикорен-тая, а с марта 1943 года - 111-го и 112-го Кьоику Хикорентаев. В феврале 1944 года появились первые Кьоики Хикотаи, оснащенные различными модификациями Ki-27: 11-й, 32-й, 33-й, 36-й и 37-й. В марте к ним присоединились 1-й, 6-й, 8-й, 12-й, 14- й, 17-й, 18-й, 19-й, 22-й, 24-29-й, 31-й, 34-й и 35-й Кьоики Хикотаи. В июне 1944 года японцы сформировали 43-й Кьоики Xико-тай, а в июле 39-й, 40-й, 42-й и 44-й. Последними такими частями, получившими Ki-27, стали сформированные в декабре 1944 года 20-й и 21-й Кьоики Хикотаи. Большинство из них эксплуатировали Ki-27 до конца войны, обычно одновременно с Ki-79. Только в нескольких случаях их заменили другими истребителями, такими как Ki-43 "Хаябуса" и Ki-61 "Хиен".
В мае (по другим данным - в июле) 1944 года был сформирован 5-й Ренсен Хикотай, на вооружении которого наряду с другими типами самолетов был Ki-27. Несколько Ki-27 можно было найти и в сформированных в июне 1944 года 1-м и 7-м Ренсен Хикотаях.
С начала 1943 года различные учебные подразделения и летные школы IJAAF стали получать двухместные Мансю Ki-79. До конца войны они служили в многочисленных Кьоики Хикатаях (например в 17-м, 19-м, 25-м, 26-м, 27-м, 31-м, 33-м, 36-м, 39-м, 40-м, 43-м и 44-м), а также в летных школах в Мито, Тачиараи, Токуразава и Ирума-гаве в Японии и в Харбине, Маньчжурия, а позднее в сформированных на их базе Кьо-ики и Кьодо Хикошиданах. Они также использовались для подготовки инструкторов в Кьодо Хикотае в Ютсономие. В большинстве случаев новые Ki-79 заменяли устаревшие самолеты Тачикава Ki-55.
Ki-79 можно было увидеть в Армейских юношеских летных школах (Рикугун Шонен Хико Гакко) в Токио, Оцу и Онте в Японии, где юные пилоты проходили подготовку, прежде чем стать кадетом IJAAF. В конце войны в этих школах готовились будущие члены так называемых "специальных штурмовых подразделений" IJAAF -Камикадзе, так как считалось, что уже нет времени сделать из мальчишек опытных пилотов. Ki-79 использовались наряду с такими старыми самолетами, как Тачикава Ki-9, Ki-7 и Ki-55. В качестве "школ самоубийц" использовались также некоторые Кьоики Хикотаи и подразделения для подготовки инструкторов - Кьодо Хикотаи.
