Операции на Балтике
К концу лета 1941 года ремонтные работы на большинстве «тридцать пятых» закончили, и они могли снова приступить к активным действиям. К этому времени организационная структура миноносных сил несколько изменилась. В апреле была сформирована новая 3-я флотилия, в которую вошли миноносцы типа 37 (впрочем, остававшиеся не-боеготовыми, как минимум, до ноября). В августе расформировали 1-ю флотилию — таким образом, все корабли типа 35 оказались во 2-й. По окончании ремонта Т-1, Т-9 и Т-10 немедленно вывели в резерв; Т-4 и Т-12 передали в подчинение группе ВМС «Вест», а Т-2, Т-5, Т-7, Т-8, Т-11 довелось повоевать на востоке.
22 июня 1941 года фашистская Германия напала на Советский Союз. Морская часть плана «Барбаросса» не предусматривала развертывания в Балтийском море значительных сил флота. Ведение боевых действий возлагалось на единственную флотилию подводных лодок, минные заградители, торпедные катера и различные мобилизованные корабли— сторожевики, тральщики, охотники. Действиями в Финском заливе руководил FdT капитан-цурзее Бютов (12 марта 1941 г. первым из миноносников удостоен Рыцарского креста).
Первой операцией 2-й флотилии миноносцев (с апреля ею командовал корветтен-капитан Эрдман) на Балтике стало участие в демонстрационной высадке на о. Саарема под условным наименованием «Вествинд». В ранние часы 13 сентября 1941 года Т-2, Т-5, Т-8, Т-11 вместе с двумя флотилиями торпедных катеров, тремя транспортами и тремя охотниками за подводными лодками вышли из Лиепаи и направились к юго-западной оконечности Сааремы. После полудня соединение подверглось обстрелу береговой батареи №315 с полуострова Сырве, налету истребителей и атаке торпедных катеров № 67 и № 164 под командованием капитан-лейтенанта С.А.Осипова. Катерники заявили о потоплении трех транспортов, артиллеристы — одного миноносца. К сожалению, в действительности немцы потерь не понесли и свою задачу выполнили. Решив, что противник намеревается высадить десант, советское командование перебросило на побережье Сырве полевую артиллерию с северной оконечности острова, откуда и готовилось реальное наступление. 15 сентября миноносцы вернулись в базу.
К концу месяца ситуация на театре коренным образом изменилась. Будучи убежденным, что после падения Ленинграда корабли Краснознаменного Балтийского флота предпримут попытку прорваться в нейтральную Швецию, 20 сентября Гитлер лично отдал приказ о формировании так называемого Балтийского флота (Baltenflotte) под командованием вице-адмирала Отто Цилиакса. Северная группа, в которую вошли линкор «Тирпиц», тяжелый крейсер «Адмирал Шеер», легкие крейсера «Нюрнберг», «Кельн», эсминцы Z-25, Z-26, Z-27, 2-я флотилия миноносцев и 3-я флотилия торпедных катеров, получила приказ о развертывании в районе Аландских островов. Южная группа в составе крейсеров «Лейпциг», «Эмден» и нескольких торпедных катеров была передислоцирована в Лиепаю. 23 сентября обе группы вышли из Свинемюнде и заняли выжидательные позиции. Однако донесений о выходе советского флота не поступало, а воздушная разведка сообщала, что после массированных налетов на Кронштадт он вряд ли возможен. Поэтому уже 25-го числа «Тирпиц» и «Шеер» с миноносцами Т-2, Т-5 и пятью торпедными катерами вернулись в Лиепаю. Через два дня Гитлер отменил свое решение. «Нюрнберг» и «Кельн» с эсминцами были отозваны в Готенхафен. Южная группа, между тем, получила приказ поддерживать сухопутные войска на островах Саарема и Хиума.
В полночь 26 сентября «Лейпциг», «Эмден», Т-7, Т-8 и Т-11 вошли в Рижский залив и заняли позицию у восточного берега Сырве. В 6 часов утра крейсера открыли огонь, корректировавшийся береговыми наблюдателями и бортовым гидросамолетом. Вскоре к ним присоединились миноносцы: они выпустили по берегу 51 снаряд, после чего стрельбу пришлось прекратить из-за плохой видимости. На следующий день обстрел был продолжен из бухты Лыу на западной оконечности полуострова. В огневой поединок с немецким соединением вступили советские береговые батареи № 315 и № 25а. Затем командующий береговой обороной Балтийского района генерал-лейтенант А.Б. Елисеев бросил в бой отряд торпедных катеров в составе ТКА № 67, № 83, № 111 и № 164 под командованием капитан-лейтенанта В.П. Гуманенко.
Приближающиеся катера были замечены немцами с находившейся поблизости 17-й флотилии тральщиков, а в 0.17 их обнаружили сигнальщики «Эмдена». Командир соединения капитан-цурзее Штихлинг немедленно приказал, крейсерам прекратить стрельбу и развить полный ход. Через две минуты «Эмден» перенес огонь на катера, дистанция до которых составляла 55 кбт. В 9.25 советские катерники начали атаку. С дистанции 7 — 10 кбт они дали торпедные залпы, но ни один из них не достиг цели. По немецким данным, наблюдатели крейсеров заметили на удалении только один пенный след. В 9.33 от прямого попадания в моторное отделение ТКА №83 потерял ход и загорелся. Подоспевший ТКА № 111 снял с него экипаж, после чего катера покинули поле боя. Миноносцы Т-7, Т-8 и тральщик М-151 некоторое время преследовали нападавших в южном направлении, но попали под плотный и точный огонь береговых батарей и поспешили отойти к главным силам.
По возвращении катерники доложили о потоплении двух миноносцев и нанесении тяжелых повреждений крейсеру и миноносцу! Кроме того, по донесениям с батареи № 25а, она добилась трех прямых попаданий в миноносец. Сводка Совинформбюро гласила: «27 сентября береговые батареи и корабли Краснознаменного Балтийского флота разгромили вражескую эскадру». Немецкая сторона заявляла о потоплении двух катеров, поскольку на единственную реальную победу претендовали артиллеристы каждого крейсера. Расстреляв в ходе отражения нападения большое количество снарядов главного калибра, «Лейпциг» и «Эмден» были вынуждены уйти в Лиепаю для пополнения боезапаса.
В 14.27, когда отряд находился на траверзе Вентспилса, сигнальщики обнаружили след торпеды. Одновременно командир Т-7 капитан-лейтенант Квэт-Фаслем доложил об установлении контакта с подводной лодкой. Поднятая им тревога заставила крейсера изменить курс, и торпеда прошла буквально перед форштевнем «Лейпцига». Т-7 контратаковал невидимого противника глубинными бомбами. Спустя несколько минут была замечена вторая торпеда, причем акустики «Лейпцига» доложили еще об одном контакте. Уверенный, что его атакуют сразу две субмарины, Штихлинг выделил для их преследования Т-7 и Т-11, а крейсерам приказал полным ходом отходить на юг. Миноносцы сотрясали воду взрывами глубинных бомб, но достоверных свидетельств поражения противника не наблюдали. Акустический контакт был утрачен, поэтому через 45 минут они получили приказ присоединиться к отряду.
Данный эпизод по сей день остается загадкой. Единственной советской подлодкой, имевшей возможность осуществить эту атаку, была Щ-319 (капитан-лейтенант Н.С.Агашин). Она вышла из Кронштадта 20 сентября с задачей действовать в районе Лиепаи. Лодка не вернулась из похода и даже не доложила о форсировании Финского залива, что ставит под сомнение саму возможность ее нахождения близ Вентспилса 27 сентября. Поэтому не исключено, что торпедные следы и акустические контакты лишь плод фантазии немецких моряков.
Вечером того же дня соединение бросило якоря в Лиепае и больше участия в боях на Саарема не принимало. Последней акцией миноносцев в балтийских водах в 1944 году стало участие в операции «Вестфален» — демонстрации у западного побережья о. Хиума. 12 — 14 октября Т-2, Т-5, Т-7 и Т-8 сопровождали крейсер «Кельн» к мысу Ристна на обстрелы целей, важнейшей из которых была батарея № 44.21 октября «Балтийский флот» был расформирован. 2-я флотилия некоторое время участвовала в сопровождении конвоев в Скагерраке, а в середине ноября была передана в подчинение командованию группы «Вест».