В ходе реорганизации флота "Храбрый" причисили к третьему отряду минных судов, куда входили минные крейсера "Абрек", "Лейтенант Ильин", "Посадник" и 20 миноносцев, все они относились к 5-му флотскому экипажу. По результатам баллотировки командир лодки был произведен в капитаны 1 ранга. Офицеры, непопулярные в своей среде и набравшие менее 50% голосов, подлежали увольнению.
После катастрофического поражения в Русско-японской войне на флоте сложилась парадоксальная ситуация, когда адмиралов и штаб-офицеров некуда было девать, и не достигших предельного возраста стали увольнять на полную пенсию с чином и мундиром. А вот обер-офицеров явно не хватало, приходилось задерживать прапорщиков запаса по морской и механической части, приветствовался переход из армии на флот равным чином. Руководство доросло до понимания тезиса, что "кадры решают все". Был расширен прием в морские учебные заведения и в юнкера флота. Для прохождения морской практики назначались самые современные суда.
В кампанию 1907 г. "Храбрый" был причислен к учебному отряду Морского инженерного училища императора Николая I вместе с блокшивом "Стрелок", учебным судном "Ласточка" (бывшее английское турбинное судно "Каролина"), номерными миноносцами и миноносками. В начале лета, приняв воспитанников 3-го класса, суда перешли в Бьорке. Для изучения конструкции механизмов и обязанностей кочегаров и машинистов было совершено восемь практических выходов по 4 - 6 часов. Затем в ходе 15 плаваний по 18 часов обучаемые осваивали вахтенную службу при машинной установке. Одновременно знакомились с устройством судна и основами военно-морского дела.
С момента окончания ремонта в Тулоне лодка проплавала без особых происшествий по механической части почти восемь лет. Командир С.А.Воеводский объяснял это исключительным рвением и самоотверженностью старшего судового механика К.П.Максимова, который лично вникал во все мелочи, исправлял все неполадки своими руками, подменяя машинистов и кочегаров, "что не есть нормальное положение дела". В 1907 г. во Франции на заводе Никлосса были заказаны фирменные водогрейные трубки и 58 коллекторов для котлов. Десантные орудия Барановского заменили на пулеметы, а бесполезные 37-мм пушки Гочкиса сняли вообще. Установили оптические прицелы и внутрибазовые дальномеры, а также радиостанции. С введением новой классификации судов русского флота все канонерские лодки свели в один класс - IX.
Все последующие кампании, вплоть до Первой мировой войны, "Храбрый" входил в состав отряда Морского корпуса, куда на лето включались различные крейсера, учебные суда и номерные миноносцы. В мае на корабли стали прибывать воспитанники 4-й роты, из числа переведенных из общих классов, а также принятых из армейских кадетских корпусов и юношей из гимназий и реальных училищ. Лодка совершала плавания по Финскому заливу и Балтийскому морю. В 1912 г. в Ревеле весь отряд участвовал вместе с Балтийским действующим флотом в торжествах с участием государя по случаю закладки порта императора Петра Великого. Кроме воспитанников корпуса, на лодке морскую практику проходили ученики-специалисты и юнги.
