После подъема и ремонта корабль стал выполнять особые задания командования. В конце 1945 г. было торжественно отмечено 50-летие спуска на воду "Красного Знамени". Холодная война, разразившаяся между бывшими союзниками, не позволила Советскому Союзу сократить боевой состав флота, в отставку ушли лишь мобилизованные с началом войны суда, крайне нужные и в народном хозяйстве. Поэтому в мирное время ветеран оставался в строю.
Вооружение его дополнили английскими РЛС - станциями обнаружения типа 291 и управления огнем главного калибра типа 284. После войны канонерская лодка неоднократно участвовала в морских, корабельных парадах на Неве. Наряду с повседневной службой корабль привлекался для выполнения специальных заданий. Так, для перевода из Гдыни в Пиллау громадного, грузоподъемностью в 72 000 т, плавучего дока, брошенного немцами при отступлении, был сформирован караван, в состав которого вошли канлодка "Красное Знамя", спасатель "Нептун", ледокол "Тасуя" и буксир Ф-2. С большим трудом "Тасуя" и Ф-2, маневрируя между затонувшими судами, вывели док на рейд, где пять суток пережидали шторм. Наконец погода установилась, и приступили к буксировке. После того как "Тасуя" сдвинула док с места и повела его на выход со скоростью 0,5 уз., к ее левому борту пришвартовалось "Красное Знамя", а к правому - "Нептун". При этом канлодка, не имевшая на корме швартового шпиля, пытаясь выбрать слабину буксира ходом, порвала 10-дюймовый манильский трос. Вместо него завели 6-дюймовый стальной. Лодка и спасатель восприняли нагрузку, и на них подали буксир с вышедших в голову "Тасуй" и Ф-2. Образовав две колонны по два судна, общими усилиями док разогнали до расчетной скорости 3,5 уз. Караван двигался через Данцигскую бухту, где стояла мертвая зыбь, строго по графику. Внутренняя связь в ордере осуществлялась на УКВ, а внешняя - через радиостанцию "Красного Знамени". Переход продолжался и ночью, визуальная ориентация осуществлялась по маякам и, кроме того, в начале каждого часа, на пять минут, в Пиллау включали прожектор, направленный в зенит. График движения составили так, чтобы прибыть на место утром. У входа связка, встреченная тральщиками, была распущена. В гавань док завели "Тасуя" и Ф-2.
На 62 году почти непрерывной службы, 7 апреля 1956 г., "Красное Знамя" прошло переформирование в учебную канонерскую лодку. Сотни морских специалистов прошли практику на ее палубе.
Изыскивая средства на развитие подводного флота, Н.С.Хрущев обратил внимание на надводные корабли, многие из которых, даже находящиеся в постройке, по его указанию вывели из боевого состава. Дошла очередь и до "Красного Знамени". В начале марта 1959 г. учебную лодку преобразовали в плавказарму, однако в этом качестве ценность ее из-за малой вместимости была невелика. В середине следующего года канонерку сдали в ОФИ (отдел фондового имущества), и она встала в очередь на разделку на металлолом.
К одному из очередных юбилеев Великого Октября на экраны вышел кинофильм "Балтийская слава" - о подвиге моряков в Моонзундском сражении. Ряд сцен в этой киноленте снимались на канлодке "Красное Знамя". Она изображала эсминец "Гром", хотя сама отличилась в сражении куда больше последнего...
В 1967 г., когда отмечалось 300-летие российского Военно-морского флага, в Георгиевском зале Зимнего дворца состоялась юбилейная выставка из фондов различных музеев, в том числе и Центрального военно-морского, где, наряду с другими экспонатами, был представлен вымпел канонерской лодки. Его растянули по балюстраде верхнего балкона, ибо из-за большой длины иным способом развесить реликвию было невозможно.
