Тральные силы КБФ до начала Великой Отечественной войны базировались следующим образом: 1-й дивизион БТЩ (шесть БТЩ) на Лиепаю; 2-й дивизион БТЩ (восемь БТЩ) - на главную базу Таллин (ОВР). С началом летней кампании 1941 г. было предпринято повторное протраливание фарватеров и районов, уже очищенных от мин. В этих работах участвовали почти все тральные силы флота, включая отозванный из Лиепаи 1-й дивизион. 20 июня он вышел из Кронштадта для повторного траления в районе ликвидированного в 1940 г. финского минного заграждения, стоявшего северо-восточнее Гогланда. Однако в связи с обострением обстановки это траление было прервано, и дивизион вернулся в Кронштадт для пополнения запасов.
В середине июня, когда обнаружилось усиленное движение германских и финских транспортов и малых судов в устье Финского залива, Т-216 и Т-218 были выделены для несения дозора на линию Ханко - Тахкуна. Им было приказано, базируясь в Таллине, выходить в дозор поочередно. С 16 по 19 июня в дозоре был Т-218, а 19 июня его сменил Т-216. К концу суток 21 июня тральные силы КБФ в основном находились в Кронштадте. В Таллине стояли Т-208, Т-212, Т-213 и Т-218. "Фугас" шел в Лиепаю, куда прибыл за два часа до первой бомбардировки. Вскоре после объявления оперативной готовности №1 начальник штаба КБФ приказал командиру ОВР главной базы выслать один из БТЩ в ближний ночной дозор на подходах к Таллину. Но назначенный в дозор "Крамбол" не обнаружил ничего подозрительного.
22 июня 1941 г. в боевой готовности находилось всего 12 БТЩ, в первые дни войны вступили в строй три других, в начале июля - еще два, а проходивший приемные испытания восемнадцатый корабль этого типа, Т-217, вступил в строй только в середине августа. Действительное наличие боеспособных тралящих кораблей по ряду причин всегда было ниже списочного состава. При этом из-за нехватки сторожевых кораблей тральщики использовались не только по прямому назначению, но и для несения дозорной и конвойной службы, перевозки войск, буксирования поврежденных судов, минных постановок и выполнения других задач.
В 4.50 Военный совет КБФ объявил по флоту о начале военных действий фашистской Германией. Около 6.30 командование КБФ получило радиограмму народного комиссара ВМФ с приказанием произвести оборонительные минные постановки в устье Финского залива, на подходах к Ирбену и ВМБ Лиепая, предусмотренные "планом прикрытия", разработанным перед войной.
Первой во второй половине дня 22 июня была начата постановка позиционного заграждения в районе ВМБ Лиепая. 22 - 23 июня "Фугас" совершил шесть выходов и, отбивая зенитным огнем атаки вражеских самолетов, выполнил поставленную перед ним задачу, затем ушел в Вентспилс.
Неизвестно, каков был путь дозорного Т-216 в ночные часы, когда противник ставил минные заграждения у входа в Финский залив. Никаких донесений об этой минной постановке или об обнаружении шедших без огней неизвестных кораблей не поступило. В сложившейся обстановке каждый тральщик был на счету и, кроме того, нельзя было оставлять Т-216 в дозоре без поддержки. Экстренной радиограммой, посланной в 5.30 22 июня, начальник штаба КБФ приказал ему вернуться в Таллин. По неизвестной причине до командира тральщика это распоряжение не дошло.
Вероятно, по получении радиограммы о начале войны на тральщике поставили параванный трал, чтобы одновременно нести дозор и производить разведывательное траление. В 9.40 командир БТЩ донес по радио, что одна мина взорвалась в трале, а другая подсечена. Позднее в штабе КБФ получили второе донесение о том, что в девяти милях севернее маяка Тахкуна взрывом мины был уничтожен трал. Обобщая полученные данные минной разведки, Т-216 в 16.45 донес по радио об обнаружении в 9 - 12 милях северо-западнее маяка Тахкуна минной банки из шведских мин типа "Мотала", поставленных, предположительно, минувшей ночью. В реальности были обнаружены южная часть заграждения "И-14" и северная часть заграждения "И-15" из мин ЕМС.
В ответ на первое донесение начальник штаба КБФ в 10.25 приказал командиру БТЩ "протралить подозрительный район", а около 16 часов ему поступило второе приказание "немедленно вернуться в Таллин". Несение корабельного дозора в устье Финского залива было прекращено. Командиру ОВР приказали протралить выходной фарватер от Таллинского рейда до маяка Сурупи. Эта задача была выполнена "Штагом" и "Крамболом", вернувшимися вечером на Таллинский рейд. Координаты обнаруженной Т-216 минной банки не были немедленно объявлены по флоту.
22 - 23 июня отряд в составе минных заградителей "Марти" и "Урал", двух лидеров, трех эскадренных миноносцев и кораблей обеспечения за тралами БТЩ "Шкив", "Штаг" и "Крамбол" совершил переход из Таллина к месту минной постановки. Участвовавшие в минной постановке три миноносца шли в строю кильватерной колонны на траверзе минных заградителей, не прикрываясь тралами базовых тральщиков, но это прошло благополучно, поскольку на всем пути отряда не было минных заграждений противника. Постановка мин была закончена в 7.42 23 июня, после чего все корабли с теми же мерами обеспечения, но несколько иными курсами вернулись в базу.
26 июня, перед второй минной постановкой на подходах к Ирбену, для предварительной минной разведки был послан БТЩ "Фугас", имевший на борту 40 минных защитников. Точно выполняя порученную ему задачу, он протралил параван-тралом район намеченного к постановке минного заграждения "61-А" и подходы к нему. Идя затем на соединение с эскадренными миноносцами "Стойкий", "Сердитый", "Сторожевой" и "Энгельс". "Фугас" своевременно обнаружил два торпедных катера противника и уклонился от выпущенных ими торпед. Присоединяясь к миноносцам, командир БТЩ доложил о происшествии командиру группы. Тем не менее, в 2.20 27 июня немецким катерам удалось тяжело повредить торпедой эсминец "Сторожевой".
Остальные корабли, не останавливаясь, продолжали идти в район минной постановки. Удачно уклонившись еще от одной атаки вражеских торпедных катеров, миноносцы поставили две линии мин, а "Фугас" - линию минных защитников. На обратном пути "Фугас", посланный для оказания помощи "Сторожевому", пересек заграждение "И-90" с включенным РУ, то есть в безопасных условиях. Эсминец был отбуксирован на рейд Куйвасту тральщиком и присоединившимся к нему миноносцем "Энгельс".
