С началом боевых действий БТЩ обеспечивали постановку оборонительных минных заграждений в районах Одессы и Керчи С 1 июля они привлекались к конвоированию судов на коммуникациях Крыма и Кавказа. Корабли распределили между портами следующим образом: Севастополь - 7 БТЩ, Батуми - 2 (Т-411, Т-407), Новороссийск - 2 (Т-403, Т-412), Одесса - 2. Т-406 и Т-408 выделили для обеспечения 1-й бригады подводных лодок в Феодосии. В дозор Главной военно-морской базы выходили, сменяя друг друга. "Шкентель", "Щит", "Взрыватель", "Гарпун", "Якорь", "Трал" и "Искатель".
С конца августа тральщики обеспечивали коммуникации с Одессой. В конвой, обычно состоявший как из боевых кораблей, так и из транспортов, назначалось по одному БТЩ. Главным врагом считалась авиация, от которой, несмотря на ограниченные возможности ПВО тральщиков, удавалось отбиться. Периодически происходили ложные обнаружения отсутствовавших на тот момент подводных лодок противника. 12 сентября командир находившегося в Феодосии БТЩ "Минреп" получил приказание: сопровождать в Одессу транспорт "Стахановец". Транспорт задержался с погрузкой и лишь в 21.00 БТЩ снялся со швартовов и начал движение. При проходе боновых заграждений сыграли "боевую тревогу", а затем объявили "боевую готовность № 1". Уставший командир корабля допустил ошибку - проложил по карте курс на выход из порта, не обратив внимания на минную вешку, свидетельствующую о наличии в данной точке сброшенной с самолета германской донной мины. Штурман тральщика этой ошибки также не заметил и, находясь на ходовом мостике, вел лишь исполнительную прокладку. Погода была свежая.
Около 23.00 "Минреп" вышел на внешний рейд Феодосии, ожидая запаздывающий транспорт. Внезапно впередсмотрящий матрос доложил: "С правого борта - минная вешка!" И тут же вдоль правого борта послышался скрежет буйрепа. При прохождении вешки в районе прожекторного мостика раздался сильный взрыв - и корпус БТЩ мгновенно переломился в районе 88-го шпангоута - там, где проходят коридоры гребных валов. В течение одной-двух минут "Минреп" скрылся под водой. Из находившихся на борту 77 человек удалось спастись лишь тем, кто в момент взрыва был на верхней палубе. Сторожевые катера подобрали из воды 16 человек, и в их числе одного трюмного машиниста, которому удалось вынырнуть из погружающегося корпуса. Погибли все офицеры "Минрепа", кроме командира БЧ-2/3 лейтенанта П.А.Мясникова, прибывшего на тральщик 1 августа 1941 г. Часть спасенных моряков впоследствии скончалась на берегу и была похоронена на городском кладбище Феодосии. Скромный памятник морякам "Минрепа" сохранился и поныне.
24 сентября немецкие войска начали прорыв наших позиций на Перекопском перешейке. Для артиллерийской поддержки сухопутных войск 26 - 27 сентября был направлен БТЩ "Груз". Конечно, одна 100-мм пушка имела чисто моральный эффект и переломить ход событий не могла. Части Красной Армии начали отход к Севастополю.
30 сентября 1941 г., при стоянке в Стрелецкой бухте в 23.00 БТЩ "Взрыв" подвергся бомбовому удару немецкой авиации. Взрывом двух 250-кг авиабомб в 30 м по правому борту БТЩ накренило до 15° на левый борт, но затем корабль выпрямился. Третья бомба попала в стоявший рядом с кораблем большой артиллерийский щит. В районе стеллажей глубинных бомб на юте появился дым. Опасаясь взрыва кормового артпогреба, командир корабля приказал его затопить. Вскоре удалось уточнить, что горят бочки с дымосмесью. пробитые осколками, и затопление отменили. В обшивке надводного борта позже насчитали до 30 пробоин, а в надстройках - до 40. Поврежденными оказались 45-мм пушка, тральная лебедка и кран. Потери составили 26 человек убитыми и ранеными. Тральщик своим ходом перешел на Севастопольский морской завод и с 1 по 18 октября прошел средний ремонт.
3 октября "Якорь" совместно с эсминцем "Смышленый" сопровождали транспорты "Чехов" и "Абхазия", а также учебное судно "Днепр" (шло в балласте) на переходе Новороссийск - Севастополь. В 19.20 "Днепр" был потоплен немецкими торпедоносцами. "Якорю" удалось спасти 163 человека, 40 погибло, в том числе командир и комиссар учебного судна.
13 октября был утвержден план эвакуации Одессы. На следующий день Т-413, обеспечивая выход транспорта "Урал-лес" из Одесского порта, столкнулся с морским буксиром "Симеиз" и получил пробоину. Транспорт, по счастью, смог прийти в Севастополь без конвоя. 15 октября в эвакуации Одессы приняли участие "Щит", "Искатель", "Мина" и "Взрыватель". На следующий день Т-405 заминировал внешний рейд порта. 20 - 24 октября БТЩ привлекались к постановке дополнительных минных заграждений.
