31 октября, в связи с возросшей опасностью массированных ударов авиации противника по кораблям в главной базе, командующий флотом приказал перевести крупные корабли в порты Кавказа. ОВР и, соответственно, БТЩ остались обеспечивать проход кораблей в главную базу, контроль за фарватерами, сопровождать прибывающие и уходящие суда.
3 ноября начались бои на внешних рубежах обороны Севастополя. Одновременно шла эвакуация приморских батарей, постов СНиС. в город прорывались армейские части. 7 ноября "Взрыв" был направлен для поиска потерянных при эвакуации Тендровского боевого участка баржи и шхуны. "Искатель" вечером отправили в район с.Кучук-Узень для установления связи с окруженными частями Красной Армии. В 1.50. приняв огни и ракеты за условные сигналы, БТЩ подошел в условленном районе к берегу на 5 кбт, но был обстрелян и получил 4 прямых попадания. "Искатель", поставив дымовую завесу, открыл ответный огонь, а затем ушел.
15 ноября 1941 г. стоявший в Стрелецкой бухте лагом к стенке "Взрыв" вновь попал под удар бомбардировщиков противника. В 10.18 вблизи корабля разорвалось несколько бомб. Самый близкий разрыв произошел на траверзе кормы в 8 м от левого борта. Осколками было нанесено до 50 пробоин, перебило кабель обмотки противоминной защиты, повреждения получили тральная лебедка, электрокран, "сорокапятка" и дымаппаратура. Личный состав открытых кормовых боевых постов погиб. Румпельное отделение и тральная кладовая начали затопляться. От попаданий осколков воспламенились дымовые шашки. Пожар ликвидировали энергичными действиями команды в течение 5 минут. Затопленные помещения осушили, на пробоины рабочие мастерских ОВР наложили заплаты на сварке. К 18.00 "Взрыв" был готов к выходу в море. Тральщик убыл 18 ноября с конвоем в Туапсе, где с 24 ноября по 3 декабря прошел восстановительный ремонт.
19 ноября вышедший с грузом артиллерийских снарядов для Севастополя БТЩ "Якорь" столкнулся с транспортом "Котовский" в районе Геленджика. В условиях плохой видимости, при дожде и слабом волнении моря тральщик не успел отвернуть от таранного удара транспорта. Основные повреждения получил в левый борт в районе полубака. Были разрушены каюты, смяты и разорваны обшивка, настилы палубы полубака, главной палубы и платформы до района ходового мостика, повреждены магистрали, противоминная обмотка, смят и разрушен погреб носового орудия. Образовался сильный крен и дифферент на нос. Переборка на 25-м шпангоуте, несмотря на незначительную трещину, сохранила общую прочность. Для борьбы за живучесть корабля были приняты энергичные меры, что позволило вернуться в Геленджик своим ходом. Приготовленные для Севастополя боеприпасы выгрузили, часть листов обшивки срезали, на месте пробоины установили деревянный, обтянутый брезентом фальшборт. Перед переборкой на 25-м шпангоуте установили отражательные щиты. В итоге "Якорь" смог на полном ходу благополучно дойти до Севастополя и встать на ремонт на СМЗ. 1 и 3 декабря для обстрела позиций противника в районе Балаклавы привлекались крейсера "Красный Крым" и "Красный Кавказ", а также тральщики Т-406, Т-413, Т-410 и Т-411. 8 декабря БТЩ "Трал" обеспечивал переход танкера "Апшерон" с грузом мазута из Туапсе в Севастополь. На подходе к ГВМБ "Апшерон" подорвался на мине собственного оборонительного заграждения (команда снята, погибло три члена экипажа). 28 декабря БТЩ "Взрыватель" и "Мина", стоя на якорях в Севастопольской бухте, обстреливали совместно с ЭМ "Безупречный" позиции противника. На следующий день "Мина" помогала пришедшим линкору "Парижская коммуна", крейсеру "Молотов", эсминцам "Безупречный" и "Смышленый".
