По проекту клипера должны были вооружаться тремя 6-дюймовыми (152-мм) нарезными орудиями на поворотных платформах для стрельбы на оба борта и четырьмя 6-фунтовыми (87-мм) орудиями. Но после вхождения в строй подобное вооружение имел лишь клипер "Джигит", остальные корабли получили, кроме штатной артиллерии, по четыре скорострельных 44-мм орудия Энгстрема и 25,4-мм картечницы Пальмкранца, а на "Разбойнике" 87-мм орудия были заменены 107-мм.
На последнем корабле серии - "Опричнике"- по предложению капитана 1 ранга Н.В.Копытова на верхней палубе по бортам, в носовой части соорудили спонсоны, что позволило вооружить клипер четырьмя 152-мм орудиями. Остальная артиллерия "Опричника" состояла из двух 107-мм орудий и шести скорострельных пушек Гочкиса.
1 февраля 1892 г. приказом № 18 по Морскому министерству была введена новая классификация кораблей Российского Императорского флота. Винтовые клипера отнесли к крейсерам 2 ранга. К тому времени их артиллерийское вооружение было следующим:
Это вооружение практически не менялось до окончания службы клиперов.
Орудия для кораблей были изготовлены Обуховским и Тульским заводами. По силе артиллерии клипера типа "Крейсер" приравнивались к английским шлюпам типа "Дэринг" (в современной литературе более известны как тип "Корморан"/"Гиацинт"). Шлюпы строились для решения тех же задач, что и российские клипера. Водоизмещение "англичан" составляло 1130 - 1420 т, скорость 12 - 13 уз., вооружение - 6 - 8 орудий. Серия, построенная в 1880-х гг., включала 17 единиц.
Клипера могли вести огонь на расстоянии от 10 (малокалиберная артиллерия) до 35 кбт (главный калибр) снарядами весом от 0,08 до 41,5 кг. Дистанция до цели вычислялась с помощью рейковых дальномеров. 152-мм орудия стояли на деревянных станках поворотной системы, 107-мм - на деревянных бортовых станках. С 1857 г. 152-мм пушки разместили на металлических станках системы генерала Пестича. Запас снарядов: 140 штук - для 152-мм, 150 - для 107-мм орудий. Кранцы первых выстрелов - по два на орудие.
"Минная лихорадка", ставшая модной на флоте, коснулась и клиперов, которые стали снабжать всеми видами минного оружия. Первым русским клипером, получившим в 1867 г. мины на откидных шестах, был клипер "Гайдамак". Он удачно применил их на маневрах флота в июле 1869 г. на Транзундском рейде, атаковав старый клипер "Наездник", служивший в качестве мишени. На новые клипера, с учетом опыта использования нового оружия пароходом "Великий князь Константин" в ходе русско-турецкой войны (1877 - 1878 гг.), навесили шестовые мины, буксируемые мины Гарвея, мины на кормовом буксируемом плотике, бросательные мины. По бортам установили "минные рамы" для четырех торпед.
На "Крейсере" и "Джигите" появились носовые надводные однотрубные торпедные аппараты. В придачу к минному оружию клипера приказом № 120 от 7 октября 1878 г. получили в нагрузку по миноноске. Миноносный флот только начал создаваться, и до появления самостоятельной структуры минных сил эти маленькие кораблики были закреплены за крупными. Команда миноноски- командир, инженер-механик (минер), 1 матрос-рулевой, 1 унтер-офицер-кочегар - входила в дополнительный штат основного корабля. Командир клипера отвечал за снабжение и боевую подготовку миноноски.
К "Крейсеру" была приписана миноноска "Аист", к "Джигиту" - "Снег", к "Разбойнику"-"Акула", к "Наезднику" - "Журавль", к "Стрелку" - "Крокодил", к "Пластуну" - "Скворец". В 1880 г. миноноски свели в собственные отряды по 15 единиц в каждом, и клипера освободили от опеки этих корабликов.
В целом вооружение клиперов соответствовало поставленным перед ними задачам и духу времени.
